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我想将丰富的 html 小部件（主要是 plotly 和 networkD3）与将它们排列为 R 网格中的图的可能性结合起来，以将它们导出为 pdf 图形以用于出版物。但是，如果我在 R 中创建一些 html 小部件对象并尝试使用gridExtra::grid.arrange()排列它们（请参见下面的最小示例），我会收到以下错误：

Error in gList(list(x = list(links = list(source = c(0, 0), target = c(1,  : 
only 'grobs' allowed in "gList"

我搜索了“将 html 小部件转换为 grobs 或绘图”以便能够将它们排列在网格中，但找不到任何相关信息。我可以采用长期手动方式，首先使用 htmlwidgets::saveWidget() 将 html 小部件保存为网站，然后使用webshot ::webshot()将其转换为 pdf 并使用矢量图形编辑器手动排列图形（例如墨景）。但是，尽管需要手动操作，但所有转换步骤都可能导致质量下降。

也许我可以以某种方式将 LaTeX R-Markdown 文档中的图形与表格或列一起排列，并指定纸张尺寸以适合我的情节。但不知何故，这感觉不是一个理想的解决方案，因为我可能想在几列和几行中动态排列我的图表，添加标题等，这会使 LaTeX/knitr 中的排列变得相当复杂。

因此，在我开始手动将所有内容编织在一起之前，我想问一下您是否知道一种更好的方法来安排一些 html 小部件图并将它们导出为 R 中的 pdf？

最小的例子

这是一个重现我的问题的最小示例。假设我的目标是一个图表，将两个不同过程的能量流相互比较（带有 networkD3 的桑基图），通过将它们排列在一个网格中，如下所示： 示例性排列的桑基图

这将是我的代码：

library(networkD3)
library(grid)
library(gridExtra)

## Create simplified Data
dfSankey <- list()
dfSankey$nodes <- data.frame(Name = c("Final Energy","Conversion Losses","Useful Energy"))
#1st process
dfSankey$links1 <- data.frame(Source = c(0,0),Target=c(1,2),Value=c(30,70))
#2nd process
dfSankey$links2 <- data.frame(Source = c(0,0),Target=c(1,2),Value=c(10,60))

## Draw Sankeys
plSankey1 <- sankeyNetwork(Links = dfSankey$links1, Nodes = dfSankey$nodes, Source = 'Source',
                          Target = 'Target', Value = 'Value', NodeID = 'Name')
plSankey2 <- sankeyNetwork(Links = dfSankey$links2, Nodes = dfSankey$nodes, Source = 'Source',
                           Target = 'Target', Value = 'Value', NodeID = 'Name')

#Arrange them next to each other
grid.arrange(plSankey1,plSankey2)

这会导致开头提到的错误消息。

Windows 7、R-Studio 0.99.903、R 版本 3.2.3、网格 3.2.3、gridExtra 2.2.1、networkD3 0.2.13

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1 回答 1

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在 Amit Kohli 的启发下，我开始尝试使用 flexdashboard、各种 Rmarkdown 格式（html、pdf、isolides、...）、Rpresentations - 但与我的目标相比，它们都有一些缺点。

在我看来，最好的视觉效果可以通过闪亮的应用程序来实现。然后使用chrome将生成的网站保存为 pdf，最后使用 briss 裁剪pdf。

library(networkD3)

## Create simplified Data
dfSankey <- list()
dfSankey$nodes <- data.frame(Name = c("Final Energy","Conversion Losses","Useful Energy"))
#1st process
dfSankey$links1 <- data.frame(Source = c(0,0),Target=c(1,2),Value=c(30,70))
#2nd process
dfSankey$links2 <- data.frame(Source = c(0,0),Target=c(1,2),Value=c(10,60))

# Define UI for application that draws two Sankeys in columns
ui <- shinyUI(fluidPage(column(6,
                               h2("Process 1", align = "center"),
                               uiOutput("plot1.ui")
                               ),
                        column(6,
                               h2("Process 2", align = "center"),
                               uiOutput("plot2.ui")
                               )
))

# Define server logic required to draw the sankeys
server <- shinyServer(function(input, output) {

    #Render plot area relative to flow height
    output$plot1.ui <- renderUI({
      sankeyNetworkOutput("Plot1", height = "400px")
    })
    output$plot2.ui <- renderUI({
      sankeyNetworkOutput("Plot2", height=paste0(400*(70/100),"px"))
    })

    #Render Sankeys
   output$Plot1 <- renderSankeyNetwork({
     sankeyNetwork(Links = dfSankey$links1, Nodes = dfSankey$nodes, Source = 'Source',
                   Target = 'Target', Value = 'Value', NodeID = 'Name', fontSize = 15, nodeWidth = 10)
   })

   output$Plot2 <- renderSankeyNetwork({
     sankeyNetwork(Links = dfSankey$links2, Nodes = dfSankey$nodes, Source = 'Source',
                   Target = 'Target', Value = 'Value', NodeID = 'Name', fontSize = 15, nodeWidth = 10)
   })
})

# Run the application 
shinyApp(ui = ui, server = server)

编写一个闪亮的应用程序并进行所有这些手动转换只是为了在 pdf 中安排两个 html 小部件图形仍然感觉有点矫枉过正，但至少生成的 pdf 图片看起来非常令人愉悦。

我希望这对其他人也有帮助。

于 2016-10-19T11:09:51.323 回答