r - 如何使用 R 中的以下数据框绘制无向网络？

Question

> nodes1 <- c('A','B','C')
> nodes2 <- c('S','C','B')
> values <- c(1.0,0.45,0.44)
> data <- data.frame(nodes1,nodes2,values)

上面的数据框有三列。前两列表示节点，第三列表示它们之间的权重。这是一个无向图。我查看了networkD3包文档，但找不到简单的方法。

先感谢您 ！

Answer 1

要使用 中的forceNetwork()函数networkD3，您需要一个用于链接的数据框和一个用于节点的数据框。使用上面的向量，您可以创建适当的数据框并将它们传递给forceNetwork()这样的...

library(networkD3)
nodes <- data.frame(id = unique(c(nodes1, nodes2)), group = 1)
links <- data.frame(source = match(nodes1, nodes$id) - 1, 
                    target = match(nodes2, nodes$id) - 1, 
                    value = values)
forceNetwork(Links = links, Nodes = nodes, Source = 'source', Target = 'target', 
             Value = 'value', NodeID = 'id', Group = 'group')

数据框需要一列用于每个节点的nodes“id”或名称，一列用于每个节点的组（1如果没有分组，您可以设置为）。运行上面的代码后，nodes数据框是这样的……

  id group
1  A     1
2  B     1
3  C     1
4  S     1

每个links链接/边需要 1 行数据框，链接的“源”一列，每个链接的“目标”一列，每个链接的“值”一列。'source' 和 'target' 值等于nodes它们引用的数据帧中节点的索引，但它们必须为零索引才能与底层 JavaScript 一起使用。运行上面的代码后，links数据框是这样的……

  source target value
1      0      3  1.00
2      1      2  0.45
3      2      1  0.44

Answer 2

我认为您可以使用 igraph，边缘的宽度由数据框中列中的值确定。

library("igraph")
graph <- make_graph(t(data[,c("nodes1" , "nodes2")]), directed = F)
E(graph)$weight <- data$values
plot.igraph(graph, edge.width=E(graph)$weight)