问题标签 [mpi-rma]

我已经使用 MPI 为特定应用程序实现了一种分布式数组。我尝试使用 RMA (MPI_Get) 来获取由其他进程负责的数组部分的更新值。我们已经完成了教程中指定的操作： MPI_Win_create MPI_Win_fence 一堆 MPI_Get（每个进程大约 8.000） MPI_Win_fence

问题是所有进程都挂在第二个 MPI_Win_fence 并且永远不会返回。任何人都可以提供一些帮助吗？MPI_Get的数量有问题吗？

问候， 阿德尼尔索

Donzis & Aditya 的一篇论文表明，可以使用可能在模板中有延迟的有限差分方案。这是什么意思？FD 方案可用于求解热方程并读取（或对其进行一些简化）

意思是，下一个时间步的值取决于上一个时间步的相同位置及其邻居的值。

通过将（在我们的案例中为一维）域拆分到不同的处理器上，可以轻松解决这个问题。但是，在处理器上计算边界节点时，我们需要通信，因为该元素u[t,i+-1]仅在另一个处理器上可用。

下图说明了该问题，该图取自引用的论文。

MPI 实现可能使用MPI_Send和MPI_Recv进行同步计算。由于计算本身相当容易，因此通信可能会成为瓶颈。

论文中给出了该问题的解决方案：

而不是同步过程，只需使用可用的边界注释，尽管它可能是较早时间步的值。然后该方法仍然收敛（在某些假设下）

对于我的工作，我想实现异步 MPI 案例（这不是论文的一部分）。同步部分使用MPI_Send并且MPI_Recv工作正常。我将内存扩展了两个元素作为相邻元素的幽灵单元，并通过发送和接收发送所需的值。下面的代码基本上是上图的实现，在计算前的每个时间步执行。

现在，我绝不是 MPI 专家。我想通了，这MPI_Put可能是我需要的异步案例和阅读一点点，我想出了以下实现。

在时间循环之前：

在时间循环内：

它将所需的元素放在窗口中，即boundary（具有两个元素的数组）放在相邻的处理器上，u[0]并u[NpP+1]从boundary数组本身获取值。这个实现是有效的，我得到的结果与MPI_Send/Recv. 但是，这并不是真正的异步，因为我仍在使用MPI_Win_fence，据我了解，这确保了同步。

问题是：如果我取出MPI_Win_fence里面的值boundary永远不会更新并保持初始值。我的理解是，如果没有您，将采用其中可能（或可能不会）已由相邻处理器更新的MPI_Win_fence任何可用值。boundary

有没有人知道在MPI_Win_fence解决问题的同时避免使用内部的值boundary永远不会更新？

我也不确定我提供的代码是否足以理解我的问题或给出任何提示。如果是这种情况，请随时询问，因为我会尝试添加所有缺少的部分。

我正在尝试使用 MPI-2 功能进行单向通信来编写分布式哈希表程序。每个进程在开始时都会向所有其他进程公开一个内存 (B)。然后，希望每个进程可以在不同步的情况下访问对方的内存。到目前为止，我所拥有的如下所示（来自示例http://mpi.deino.net/mpi_functions/MPI_Put.html的修改代码）。最后，在某些情况下，我得到了错误的 B[99] 值（因运行而异）。我究竟做错了什么？

编辑：我现在通过最后的等待调用解决了上述问题，但我想等待每个 MPI_Get 调用完成。但看起来唯一的选择是需要全局同步的 MPI_Win_fence，或者每个 MPI_Get 调用的 MPI_Win_start/MPI_Win_complete。是否可以如下所示调用后者一次，并在每次 MPI_Get 调用后以某种方式等待？

我正在使用MPI_Raccumulate具有预定义聚合功能的从源到目的地的单向通信功能。

我想在MPI_Raccumulate程序结束时检查所有呼叫是否已完成（发送方发送数据，接收方成功接收数据）。MPI_Wait但是，似乎不是解决这个问题的方法；它只等待检查源缓冲区是否可更新（用户可用）。

有没有办法（1）检查一个特定的 MPI 单侧通信调用是否已完全完成（在发送方和接收方）？(2) 确认每个处理器中没有发送/接收 MPI 请求？

我的应用程序应该使用单向通信，但需要确认在特定任务结束时没有更多通信。

谢谢

关于 MPI 3.0 中的 Remote Access Memory，有两种通信调用：MPI_Put 和 MPI_Get。我使用以下内容将本地数据放入共享内存（为了说明，我从https://software.intel.com/en-us/blogs/2014/08/06/one-side-communication复制了一些语句）：

这里 num_procs 是处理器的数量，id 是处理器等级。它们分别从以下位置返回：

在 MPI_Put 之后，来自每个处理器的数据应该被放入共享内存中。然后我的代码想使用从这个共享内存中获取数据

我的问题是：我是否可以运行 NUM_ELEMENT_get 与 NUM_ELEMENT 不同的案例？这意味着与它们发送的数据相比，相同的处理器将从共享内存中获取不同数量的数据。另一个问题是单个处理器获得的数据可能来自不同的处理器。那么如何在上面的 MPI_Get 调用中指定 id-1 和 num_procs-1 的参数呢？我没有尝试实现这一点，但正在考虑在我的代码中设计 MPI 实现。

太感谢了。

以下代码在进程 0（主）中创建一个窗口，其他进程在其中放入一些值，我每次都试图从其他进程中获取主窗口来打印它，但我得到的结果完全令人困惑。这是代码：

这实际上给了我以下结果：

你能帮我弄清楚我的代码有什么问题吗？谢谢。

编辑：显然问题是 MPI_Get 没有填充“本地”缓冲区......

我想在进程之间使用共享内存。我尝试了 MPI_Win_allocate_shared 但是当我执行程序时它给了我一个奇怪的错误：

./src/mpid/ch3/include/mpid_rma_shm.h第 592 行的文件中的断言失败：local_target_rank >= 0 internal ABORT

这是我的来源：

我得到以下结果：

有人可以帮我找出问题所在以及该错误的含义吗？非常感谢。

我想知道在 MPI 中的 n 个进程之间确保对共享资源（例如内存窗口）的独占访问的最佳方法是什么。我已经尝试过 MPI_Win_lock 和 MPI_Win_fence 但它们似乎没有按预期工作，即：我可以看到多个进程同时进入一个关键区域（MPI_Win_lock 和 MPI_Win_unlock 之间包含 MPI_Get 和/或 MPI_Put 的代码）。

我会很感激你的建议。谢谢。

我正在编写具有 MPI-3 远程内存访问功能的混合 MPI/OpenMP 代码。我假设 MPI_THREAD_SERIALIZED 可用。

我可以这样做吗？

这里主线程对整个 MPI 进程调用一次 lock 和 unlock。OMP 线程在需要时调用 MPI_Get。我可以为每个 MPI_Get 调用 lock 和 unlock，但是，我认为这需要更多时间。

似乎在工作。但是，我不确定这是否正确使用。

我注意到 MPI 3.1 标准中的这些位：

给用户的建议。将内存附加到窗口可能需要使用稀缺资源；因此，不建议在可移植程序中附加大的内存区域。

给实施者的建议。高质量的实现将尝试使尽可能多的内存可用于附加。

我已经查看了来自各种实现（即 MPICH、Cray MPICH、OpenMPI、SGI MPT 和 Intel MPI）的 MPI_Win_attach 的手册页，并且没有看到这些实现对内存量的任何记录限制可以附加内存。我应该不要太担心这里给出的“给用户的建议”吗？