问题标签 [mpi-io]

我正在尝试使用 MPI 编写并行 IO 程序，我需要将数据写入文件，格式为：02 03 04在文件中而不是2 3 4.

将是我正在尝试做的串行对应物。我环顾四周，但到目前为止找不到任何答案。关于我如何解决这个问题的任何想法？

我在 fortran-90 框架中使用 MPI。

我想在一个文件中写入从不同处理器计算的所有数据。我还想以可读格式而不是二进制格式写入数据。此时此刻，在我的程序中，每个处理器编写一个不同的文件。因此，我有另一个后处理程序来读取文件以创建单个文件。

在这里，具体问题：

1) 可以使用 MPI-IO 选项编写格式化文件吗？

2）我可以在哪里学习？

在此先感谢您，

此致

是否有同步 MPI 共享文件指针的标准方法，以便MPI_File_get_position_shared在所有进程上返回相同的值？

例如下面的程序：

将打印

如果我MPI_File_sync(fh)用MPI_Barrier(MPI_COMM_WORLD): 替换它确实有效，可以保证正常工作吗？

我有一段代码的并行部分，我在块中写出 n 个大型数组（代表一个数字网格），然后在不同大小的块中读取。为此，我使用了 Stream 访问，因此每个处理器独立写入其块，但在本节测试 2 个处理器组时，我发现时间不一致，耗时 0.5-4 秒。

我知道你可以用 MPI-IO 做类似的事情，但我不确定有什么好处，因为不需要同步。我想知道是否有办法提高我的写入性能，或者 MPI-IO 是否有理由成为本节的更好选择。

这是代码部分的示例，我在其中创建文件以norb使用两组（mygroup= 0 或 1] 写入数组：

我有以下简单的 MPI 代码：

运行和编译

所以在上面的代码中，我基本上想两次写入同一个文件。每次来自不同的过程。数据是格式为 int、double、double 的结构体，因此 4+8+8=20 字节的数据。我们有该结构的两个对象，但都使用相同的值初始化。因此，我们将两个 20 字节的数据块写入文件 test.bin，我希望在二进制表示中看到这种“对称性”，但我得到：（我提供了两个不同 cli 工具的两个不同输出。）

现在，如果我们查看 xxd 的输出，我们会看到：

前 20 个字节：

• 整数：0100 0000
• 双倍：fe7f 0000 0000 0000
• 双倍：0000 e03f 0000 e03f

第二个 20 字节：

• 整数：0100 0000
• 双倍：ff7f 0000 0000 0000
• 双倍：0000 e03f 0000 0000

现在基本上，我不完全确定为什么这里的双打不同。

我想使用 MPIMPI_File_read_all读取input.txt包含二进制整数的文件0,1,2,...,1000。

在我的实现中，我使用从 10*10 数组MPI_Type_create_subarray中创建一个 5*5 子数组。mysub希望从文件中读取以下矩阵。

但是我的程序改为读取以下整数（也会导致程序最后阶段的分段错误）：

这是我的代码

我有这个数据框：

我想是否可以使用 MPI I/O 范例来阅读它。

特别是，我想根据处理器的数量来划分行。假设你有 4 个处理器。我希望每个处理器读取两行：处理器 0，第 1,2 行；处理器 1，第 3,4 行；等等。

我研究了一些材料。据我所知，我必须做一种偏移并将文件写在一行中。另一种可能性是使用与子网格相关的东西。

但是，正如您所注意到的，每一行都有不同类型的变量。

你们有人可以给胶水吗？到目前为止，我发现的有关 MPI I/O 的内容非常理论化，没有实际示例。

谢谢，迭戈

当我尝试构建一个简单的数组并使用 MPIIO 写入输出文件时，输出文件非常大且不正确。简单数组“buff”为 2 * 3，每个元素都等于 1。我首先创建了 1 * 1 的子数组文件类型，然后创建了一个新的输出文件“out.dat”。我使用 set_view 函数和 write_all 来编写这个 buff 数组。我编译它并使用 6 个内核运行它，以便一个内核编写一个元素。我希望我能得到一个“out.dat”和一个值为 1 的 2*3 数组。

我成功编译运行这段代码，结果都是0，而且体积很大。

结束程序测试

我正在尝试使用 MPI_SET_VIEW 和 MPI_WRITE_ALL 编写一个 4 * 4 数组。xx 是一个 4 * 4 数组，我希望此代码为 xx = (0,1,2,3; 0,1,2,3; 0,1,2,3; 0,1,2,3)。globle_size 和 local_size 等于 4 和 2。我首先创建了一个子数组 2 * 2 文件类型，因此我将这个 4 * 4 数组分成 4 个部分，即 2 * 2。然后我设置了这个文件类型的视图，并且写xx。结果应该等于 (0,1,2,3; 0,1,2,3; 0,1,2,3; 0,1,2,3)，但事实并非如此。结果有些是对的，有些是错的。

1 当我做 j=ls2,le2, i = ls1,le1, xx(i,j)=i 时，数组 xx() 是 4*4 数组还是 2*2 数组？ls1=ls2=0,le1=le2=1。

2 对于 MPI_WRITE_ALL，我应该使用 4 * 4 数组还是 2 * 2 数组？我应该算什么？1 还是 4？

3 对于 MPI_WRITE_ALL，我应该使用文件类型作为类型样式吗？

下面的问题是使用 mpiio 写一个 4 * 4 buff 数组。我使用 4 个核心，所以子数组应该是 2 * 2。问题是，当我将 buff 设置为 integer(2,2)，并将所有 MPI_DOUBLE_PRECISION 设置为 MPI_INTEGER 时，代码运行良好。但是，MPI_DOUBLE_PRECISION 给出了错误的结果。这很奇怪，因为我认为设置 buff 数组时没有错误。