问题标签 [mpi-io]

我有一个电话MPI_File_write_all：

的大小buf可以变化，100^3 只是一个例子。在某些我仍然没有完整处理的情况下，调用MPI_File_write_all失败并出现浮点异常。我能测试的所有东西——buf数组、值data_size——都检查正常。

知道是什么原因造成的吗？无论优化级别如何，Cray 和 gnu 编译器都会出现同样的错误。

抱歉，我没有可以重复问题的小代码。将其剥离为基本要素仍然会为该页面留下太大的代码。

我有一个文本文件，其中包含一个带有矩阵尺寸的标题，然后是矩阵。这是一个 3x3 矩阵的示例：

我不断地使用 MPI-IO 获取垃圾值，发现它只适用于二进制文件，而不适用于文本文件。

我以为我会读入一个字符流并转换为整数，但我不确定如何解决这个问题，因为矩阵元素的位数是可变的。我真的不确定如何解决这个问题？

我正在运行具有数千个 MPI 进程的模拟，并且需要将输出数据写入一小组文件。例如，即使我可能有 10,000 个进程，我只想写出 10 个文件，每个文件写入 1,000 个（在某个适当的偏移量处）。AFAIK 正确的方法是为将写入相同文件的进程组创建一个新的通信器，使用 为该通信器打开一个共享文件，MPI_File_open()然后使用MPI_File_write_at_all(). 那是对的吗？以下代码是我编写的一个玩具示例：

我可以使用 编译mpicc file.c -lm并运行 20 个进程mpirun -np 20 a.out，并且我得到了预期的输出（四个文件，每个文件有五个条目），但我不确定这是否是技术上正确/最优化的方法。有什么我应该做的不同的事情吗？

我想将一些 .dat 文件中的数据读取到 Fortran 代码以进行后处理。作为一个测试用例，我只是将一个处理器用于 MPI，并尝试将单个数据文件读取到我的代码中。数据文件内容如下：

但是，应该存储此数据文件内容的矩阵（在本例中为 Vn）显示所有 0 值。从数据文件读取并存储到矩阵的代码的相关部分如下：

我想将 Fortran 代码中的一些输出数据读出到数据文件中以进行后处理。给我的代码使用 MPI 写入这些数据文件。对于最基本的情况，当处理器的数量应该是 1 和Nx, Ny, Nz are all set to 1 and l is 3时，写入数据文件的输出应该都是 1。但是，写入数据文件的输出是一些不可读的格式，如以下：

下面附加了写入数据文件的代码的相关部分。

我是 MPI 新手，正在努力阅读二进制文件。具体来说，我有一个 $198\times 50\times 50$ 的整数数组（具体来说是 16 位整数）存储在二进制文件中。我想使用 2 个计算节点来处理这个文件。所以有两个 MPI 进程，每个进程将处理一半的输入。我正在使用函数 MPI_FILE_READ_AT 来读取各个区域。我希望数组值填充我传递给函数调用的变量/参数“桶”。但是从“桶”条目中打印出来的健全性检查告诉我桶中的值都是不正确的。我觉得我的论点有问题。

我有一些数据要写入文件的特定位置。每个位置都以数组的形式提供给我。目前，我通过使用 mpi_file_write_at 在特定位置写入每个变量来编写它们。位置既不是连续的也不是有序的，所以程序在文件中来回移动。

但我知道获得良好性能的推荐方法是使用文件视图和集体编写例程。所以我认为解决方案是创建一个 mpi_type_indexed 数组 ALL_POS 用作位移数组。然后用这个类型用mpi_file_set_view来描述文件。但是当我这样做时，每次数组未排序时程序都会崩溃。

下面是一个重现我的问题的最小示例。程序编译但有段错误。如果将 DISPLACEMENTS(3) 的值更改为优于 DISPLACEMENTS(2) 的值，程序将毫无问题地运行。（有时它似乎也适用于某些低于 DISPLACEMENTS(2) 的值，例如 99）

那么是否可以创建具有无序位移数组的索引类型并将其用作视图？我在文档中找不到任何相反的说法。唯一的限制似乎是在 blocklenghts 数组上，它必须是正整数。

下面的代码给了我 4 个变量，用 10 列保存 4 个不同的行，而我需要在 10 行中保存 4 列。我正在使用 hexdump 语法从文件中提取

使用 Hexdump 命令：

如果您尝试在转换后打开 hextest1.dat，它似乎就像我发布的那样。

我有一段代码在使用 MPI-IO 的文件中写入数据。当我使用它时效果很好mpi_file_write，但如果我切换到集体mpi_file_write_all我会得到错误的结果。除了调用 write 函数来使用集体写作例程之外，我是否需要进行更多更改？

该mpi_file_write文件包含预期的结果，4 行形式为“1 2 3 4”。

但与mpi_file_write_all结果文件不同：数据顺序错误：

所以我想知道我是否做错了什么。mpi_file_write和mpi_file_write_all我错过的有什么区别吗？

我使用的是 OpenMPI 3.0 版。

我写了一个简单的 C 程序来尝试 MPI-IO；程序读取一个文本文件，每个进程输出它读取的部分的第一个字符。该程序适用于不同大小（100KB、30MB、500MB、2.5GB），但当我尝试 7.5GB 文件时，出现此错误：

我尝试了集体方法（MPI_File_read_at_all）和独立方法（MPI_File_read），它们都无法读取7.5GB的文件。这是负责阅读的代码：

任何想法为什么在尝试 7.5GB 文件时会出现此错误？

提前致谢！