问题标签 [mgcv]
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r - 带有栅格预测器的 GAM 模型中的错误
虽然这个问题已经在stackoverflow上讨论过,但我不太清楚如何解决我的具体情况
我有一个光栅文件,我将其读入:
我的回答是在场和不在场(分别编码为 1 和 0)(共 9674 分)。我gam
使用包构建了一个模型mgcv
,如下所示:
当我运行它时,我收到以下错误:
我认为这个错误是由我的栅格中的 NA 引起的。如果删除 NA,则网格的总数等于存在-不存在点的数量。我不确定现在该怎么做:
我尝试过的一件事是:
这从我的光栅中删除了 NA,但是在我运行模型之后,它带有一些非常有趣的图表,我完全确定这是错误的。当预测变量是光栅并且响应是向量时如何运行游戏的任何建议。我在与栅格相同的投影中具有响应的 XY 坐标。谢谢您的帮助。
r - 在游戏模型中实现丢弃功能时出错
mgcv
我使用包构建了我的游戏模型
我想建立一个最小的足够模型,即删除那些没有任何解释能力的变量。我使用以下drop
功能执行此操作:
但是,这给了我一个错误,上面写着:
谁能告诉我这个错误是什么意思以及如何解决它?
谢谢
r - 基于在单独数据帧上进行的 GAM 预测值
我有 2 个高度相关的变量(尽管不是完全线性的,因此是广义加性模型),它们是在一个时间段内测量的。我可以在这些之间构建一个可靠的 GAM,其中包含大量的偏差解释和良好的验证图。因此,例如在一些假设数据上(忽略此示例中解释的验证图和偏差),
现在在一个单独的数据框中,我在更长的时间段内测量了这些变量之一。有没有办法在这段时间内预测第二个响应变量?所以例如...
我试过这个似乎不起作用。
我收到此错误消息
b2_predict <- predict.gam(gam,df2$a2)
model.frame.default(ff, data = newdata, na.action = na.act) 中的错误:
变量“b1”的类型(列表)无效
知道如何解决吗?
r - 从游戏图中保存数据而不实际绘制数据?
有没有一种方便的方法可以从 gam 图中提取数据,而无需实际绘制 gam 对象?
这是一个虚拟示例。 plot.data
里面有我想要的数据,但我不希望绘图窗口受到影响。
r - 在 r 中交换 2 预测 GAM 的轴
对于这样一个简单的问题,我深表歉意,但在浏览该网站时还没有找到答案。我正在尝试在 R 中绘制一系列无脊椎动物捕获数据的 GAM 模型。其中一个预测变量始终是一年中日期数 (DOY) 的平滑项。这应该始终占据 x 轴的空间。y 轴应该是线性或平滑的天气变量预测器。使用 vis.gam() 函数,我可以生成一个表面等高线图,其颜色渐变表示任何 xy 对的响应的预测值。当第二个预测变量为非线性时,如:
然后该图看起来应该是(抱歉无法发布图像,但这里是绘图命令):
但是当预测器是线性的时:
轴开关:
如果您有办法将与时间相关的变量返回到 x 轴,那将非常感激。提前感谢您的帮助。
麦克风
r - 使用 mgcv gam 模型进行条件 Logisitc 回归分析
我正在通过 mgcv 包运行 GAM 模型,family = cox.ph()
并将我的数据按地层(strata = id
)分组。数据对应于单个动物的一个使用位置和与该个体相关的可供使用的 20 个随机位置。
该模型运行顺利,但我不确定如何绘制与 x 变量的关系。DWL
是一个连续变量。我使用以下图表来绘制预测:
trans
我对在绘图语法中使用参数感到有点困惑。使用cox.ph()
您的家庭 agument,logit-link
评估您对 x 变量的预测 y 响应的正确方法是DWL
什么?
谢谢,
P法雷尔
r - 使用 R 3.2.2 从 mgcv 包运行 GAM 函数
我最近遇到了从以前工作的代码运行 GAM 模型的问题。我相信它与更新的 R 版本和 mgcv 包的更新版本有关。所以很高兴知道是否有人有同样的问题或有解决方案。
我目前正在运行:R 版本 3.2.2 (2015-08-14) -- Windows 上的“消防安全”。我正在使用 mgcv 包 1.8-7。
下面是在我的计算机上运行时重新生成错误消息的示例代码。
这是mgcv 1.8-7。
这行得通。
给出以下错误消息:
.C(C_gdi1, X = as.double(x[good, ]), E = as.double(Sr), Eb = as.double(Eb), 中的错误:参数数量不正确 (48),预期为 47 'gdi1'
谢谢你的帮助!
r - stat_smooth gam 与 gam {mgcv} 不同
我在 ggplot2 中使用 stat_smooth 函数,决定我想要“拟合优度”,并为此使用了 mgvc gam。我突然想到我应该检查以确保它们是相同的模型(stat_smooth vs mgvc gam),所以我使用下面的代码进行检查。看起来,它们有不同的结果,如图所示(Plot: stat_smoother gam (red), mgcv gam (black))。但是,我不知道为什么他们有不同的结果。两者之间的某些默认参数是否不同?是 gam 在数字 x 上运行,而 stat_smooth 是在 POSIXct x 上运行(如果是这样 - 我不知道该怎么做)?看起来 stat_smooth 更平滑,但是 k 值是一样的......
我认为有几篇关于如何在 ggplot2 中绘制 gam 输出的帖子,但我真的很想知道为什么 stat_smooth 和 mgcv 首先给出不同的结果。我对 GAM(和 R)很陌生,所以我很可能错过了一些简单的东西。但是,我在询问之前做了谷歌并搜索了这个论坛。
我的数据有点大,很容易共享,所以我使用了一个示例数据集——我已经将源代码放在了代码中,以及dput()
所有内容的下方,然后是我sessionInfo()
的。
我试图提出一个质量问题,但这只是我的第二个问题。曾经。所以,建设性的批评是值得赞赏的。
谢谢!
部分解决方案
我仍然不知道为什么这两种方法会给出不同的答案,这让我很困扰。但是,经过大量互联网搜索,我确实找到了以下解决方法:
现在至少我知道我可以从一些 mgcv 函数中获得的摘要和数据符合质量信息与我的图相匹配。
r - 如何防止 R 尝试加载 mgcv
我需要在 R 中运行 2 个不同的脚本而不重新启动会话。在第一个我使用包mgcv
,在第二个我需要gam
。我写了一个脚本,它分离和删除包mgcv
并安装和加载gam
。但是在我想运行 gam() 函数之后,我收到一个错误,告诉我mgcv
找不到。我将其解释为 R 正在寻找mgcv
用于安装它的软件包...
这是一个MWE:
返回错误:
有什么想法而不是重新启动会话?
编辑:
不幸的是,Floo0 使用 package::function 建议的解决方案不是一个选项。
r - 地毯虫?绘图时地毯的错误位置(库 mgcv 中的 plot.gam)通过变量平滑因子
我在 plot.gam 函数中观察到关于地毯位置的行为,这对我来说似乎很奇怪:当用变量绘制一个平滑项时,据我所知,地毯不是它们应该在的位置。我使用 R 版本 3.2.0 和 mgcv 1.8-6。那么我是不是弄错了,plot.gam 的行为方式应该如此,我只是不明白它在做什么?或者 plot.gam 中是否有错误?
感谢您花时间看一看!
这是一个示例(我期望它们出现的地毯将绘制为红色):