问题标签 [mgcv]

虽然这个问题已经在stackoverflow上讨论过，但我不太清楚如何解决我的具体情况

我有一个光栅文件，我将其读入：

我的回答是在场和不在场（分别编码为 1 和 0）（共 9674 分）。我gam使用包构建了一个模型mgcv，如下所示：

当我运行它时，我收到以下错误：

我认为这个错误是由我的栅格中的 NA 引起的。如果删除 NA，则网格的总数等于存在-不存在点的数量。我不确定现在该怎么做：

我尝试过的一件事是：

这从我的光栅中删除了 NA，但是在我运行模型之后，它带有一些非常有趣的图表，我完全确定这是错误的。当预测变量是光栅并且响应是向量时如何运行游戏的任何建议。我在与栅格相同的投影中具有响应的 XY 坐标。谢谢您的帮助。

mgcv我使用包构建了我的游戏模型

我想建立一个最小的足够模型，即删除那些没有任何解释能力的变量。我使用以下drop功能执行此操作：

但是，这给了我一个错误，上面写着：

谁能告诉我这个错误是什么意思以及如何解决它？

谢谢

我有 2 个高度相关的变量（尽管不是完全线性的，因此是广义加性模型），它们是在一个时间段内测量的。我可以在这些之间构建一个可靠的 GAM，其中包含大量的偏差解释和良好的验证图。因此，例如在一些假设数据上（忽略此示例中解释的验证图和偏差），

现在在一个单独的数据框中，我在更长的时间段内测量了这些变量之一。有没有办法在这段时间内预测第二个响应变量？所以例如...

我试过这个似乎不起作用。

我收到此错误消息

b2_predict <- predict.gam(gam,df2$a2)
model.frame.default(ff, data = newdata, na.action = na.act) 中的错误：
变量“b1”的类型（列表）无效

知道如何解决吗？

有没有一种方便的方法可以从 gam 图中提取数据，而无需实际绘制 gam 对象？

这是一个虚拟示例。 plot.data里面有我想要的数据，但我不希望绘图窗口受到影响。

对于这样一个简单的问题，我深表歉意，但在浏览该网站时还没有找到答案。我正在尝试在 R 中绘制一系列无脊椎动物捕获数据的 GAM 模型。其中一个预测变量始终是一年中日期数 (DOY) 的平滑项。这应该始终占据 x 轴的空间。y 轴应该是线性或平滑的天气变量预测器。使用 vis.gam() 函数，我可以生成一个表面等高线图，其颜色渐变表示任何 xy 对的响应的预测值。当第二个预测变量为非线性时，如：

然后该图看起来应该是（抱歉无法发布图像，但这里是绘图命令）：

但是当预测器是线性的时：

轴开关：

如果您有办法将与时间相关的变量返回到 x 轴，那将非常感激。提前感谢您的帮助。

麦克风

我正在通过 mgcv 包运行 GAM 模型，family = cox.ph()并将我的数据按地层（strata = id）分组。数据对应于单个动物的一个使用位置和与该个体相关的可供使用的 20 个随机位置。

该模型运行顺利，但我不确定如何绘制与 x 变量的关系。DWL是一个连续变量。我使用以下图表来绘制预测：

trans我对在绘图语法中使用参数感到有点困惑。使用cox.ph()您的家庭 agument，logit-link评估您对 x 变量的预测 y 响应的正确方法是DWL什么？

谢谢，

P法雷尔

我最近遇到了从以前工作的代码运行 GAM 模型的问题。我相信它与更新的 R 版本和 mgcv 包的更新版本有关。所以很高兴知道是否有人有同样的问题或有解决方案。

我目前正在运行：R 版本 3.2.2 (2015-08-14) -- Windows 上的“消防安全”。我正在使用 mgcv 包 1.8-7。

下面是在我的计算机上运行时重新生成错误消息的示例代码。

这是mgcv 1.8-7。

这行得通。

给出以下错误消息：

.C(C_gdi1, X = as.double(x[good, ]), E = as.double(Sr), Eb = as.double(Eb), 中的错误：参数数量不正确 (48)，预期为 47 'gdi1'

谢谢你的帮助！

我在 ggplot2 中使用 stat_smooth 函数，决定我想要“拟合优度”，并为此使用了 mgvc gam。我突然想到我应该检查以确保它们是相同的模型（stat_smooth vs mgvc gam），所以我使用下面的代码进行检查。看起来，它们有不同的结果，如图所示（Plot: stat_smoother gam (red), mgcv gam (black)）。但是，我不知道为什么他们有不同的结果。两者之间的某些默认参数是否不同？是 gam 在数字 x 上运行，而 stat_smooth 是在 POSIXct x 上运行（如果是这样 - 我不知道该怎么做）？看起来 stat_smooth 更平滑，但是 k 值是一样的......

我认为有几篇关于如何在 ggplot2 中绘制 gam 输出的帖子，但我真的很想知道为什么 stat_smooth 和 mgcv 首先给出不同的结果。我对 GAM（和 R）很陌生，所以我很可能错过了一些简单的东西。但是，我在询问之前做了谷歌并搜索了这个论坛。

我的数据有点大，很容易共享，所以我使用了一个示例数据集——我已经将源代码放在了代码中，以及dput()所有内容的下方，然后是我sessionInfo()的。

我试图提出一个质量问题，但这只是我的第二个问题。曾经。所以，建设性的批评是值得赞赏的。

谢谢！

部分解决方案

我仍然不知道为什么这两种方法会给出不同的答案，这让我很困扰。但是，经过大量互联网搜索，我确实找到了以下解决方法：

现在至少我知道我可以从一些 mgcv 函数中获得的摘要和数据符合质量信息与我的图相匹配。

我需要在 R 中运行 2 个不同的脚本而不重新启动会话。在第一个我使用包mgcv，在第二个我需要gam。我写了一个脚本，它分离和删除包mgcv并安装和加载gam。但是在我想运行 gam() 函数之后，我收到一个错误，告诉我mgcv找不到。我将其解释为 R 正在寻找mgcv用于安装它的软件包...

这是一个MWE：

返回错误：

有什么想法而不是重新启动会话？

编辑：

不幸的是，Floo0 使用 package::function 建议的解决方案不是一个选项。

我在 plot.gam 函数中观察到关于地毯位置的行为，这对我来说似乎很奇怪：当用变量绘制一个平滑项时，据我所知，地毯不是它们应该在的位置。我使用 R 版本 3.2.0 和 mgcv 1.8-6。那么我是不是弄错了，plot.gam 的行为方式应该如此，我只是不明白它在做什么？或者 plot.gam 中是否有错误？

感谢您花时间看一看！

这是一个示例（我期望它们出现的地毯将绘制为红色）：