问题标签 [mamba]
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python - 使用 Mamba 而不是 Conda 作为 Anaconda 的包管理器怎么会有问题?
Mamba 将自己定位为更快的直接替代 Conda 的替代品。使用 Mamba 而不是 Conda 作为 Anaconda 的包管理器怎么会有问题?
python - 如何在 mamba 包管理器中更改固定包
当我尝试在 minimamba 发行版(mamba 0.14)中安装 python 包时,安装的 python 版本没有依赖解决方案(如下所示的固定包)。我怎样才能允许这个包被降级以允许依赖解决方案?
我已经尝试了 --no-pin 参数,没有任何变化。
r - 在 Mambaforge 的 Snakemake 工作流程中使用 R
我正在用 Snakemake 构建管道。一条规则涉及一个 R 脚本,该脚本使用readr
. 当我使用--use-singularity
and运行管道时出现此错误--use-conda
谷歌建议readr
由于缺少tzdata而崩溃,但我不知道如何安装 tzdata 包并readr
查看它。我在Mambaforge容器中运行整个管道以确保可重复性。Snakemake 建议在 Miniconda 容器上使用 Mambaforge,因为它更快,但我认为我的错误涉及 Mambaforge,因为使用 Miniconda 可以解决错误。
这是重现错误的工作流程:
我使用snakemake --use-conda --use-singularity
. 当 Snakemake 工作流从 Mambaforge 奇点容器运行时,如何运行 R 脚本?
conda - 尽管在 conda-forge 中找到了包,但无法满足 conda 包:包 XXX 需要包 YYY,但无法安装任何提供程序
我正在尝试制作一个简单的环境:
mamba env create -f my_env.yaml -n some_env
,之后我丢失了包裹:
但是,我可以看到qt
存在于conda-forge
:
如果我添加qt=5.6
到my_env.yaml
,则错误会更改为另一个包。到底是怎么回事?听起来我的conda
或mamba
安装有问题。我试过conda clean -a
了,但问题仍然存在。
知道为什么会这样吗?
python - 曼巴无法创建环境
我刚刚从 anaconda.com 安装了 Anaconda。安装进行得很顺利。之后,我试图从这个 environment.yml 文件创建一个新环境。(nbdev.yml)
我试过conda env create -f nbdev.yml
但它只是停留在解决环境问题上。然后我了解到mamba是 conda 的快速替代品。所以我输入了mamba env create -f nbdev.yml
and
。
docker - Mamba 将软件包安装到错误的环境中
背景是,我负责维护我们团队用于分析的精美 Docker 映像。它使用Jupyter 笔记本图像作为基础,然后添加各种自定义、额外的包等。
一位团队成员最近想运行 Tensorflow。没问题,我会运行mamba install
并将其添加到图像中。然而,这产生了一个问题:Tensorflow 2.4.3(最新版本)在某种程度上与 R 4.1.1(也是最新版本)或生态系统中的其他东西不兼容,导致 R 被降级到 3.6.3。所以我创建了一个新环境并将 TF 安装到其中:
但是当我重建镜像时,我发现虽然 tensorflow env 已经创建,但 Tensorflow 包已安装到基本 env 中,而不是 tensorflow env。有人遇到过这种情况么?如果我登录到容器,我可以验证 tensorflow 环境是否已创建:它只是不包含 Tensorflow 包。
如果从容器内部运行create
,activate
和命令,我不会遇到这个问题。install
只有当我尝试在 Dockerfile 中执行此操作时。
我使用 mamba 而不是 conda 因为后者需要永远运行,考虑到安装的软件包数量。事实上,尝试conda install tensorflow
在大约 5 小时后运行崩溃。
conda - Mamba 安装程序抱怨已安装的版本
我正在尝试使用他们网站上给出的 Mamba 将 pytorch 安装到 Anaconda 中。
但曼巴抱怨
但是,当我列出我已经安装的软件包时,似乎安装了所需的版本:
我只是将 mamba 安装到新的 Miniconda(使用 nomkl)中。conda 运行了很长时间,并且还会停止一些冲突信息。
我该怎么做才能使用上述命令安装 pytorch?
anaconda - 解决环境:使用 current_repodata.json 失败,将使用下一个 repodata 源重试。Conda 无法创建新环境
** Conda 无法创建新环境:卡在“执行事务”**
我正在使用 MacOS、BigSur 11.6,并更新了 conda 和 mamba
conda update --all
conda update mamba
并且,按照软件安装指南的指导,我尝试创建一个新的环境:
conda create -n fermi -c conda-forge -c fermi fermitools python=3 clhep=2.4.4.1
还尝试了开发版本:
conda create -n fermi-2.0.24 -c conda-forge -c fermi/label/dev fermitools=2.0.24
和曼巴
mamba create -n fermi -c conda-forge -c fermi fermitools python=3 clhep=2.4.4.1
所有试验都卡在“执行事务\”(> 1h)
按 ctrl+c 时,所有试验都显示相同的错误消息:
“ ERROR conda.core.link:_execute(699): 安装包‘conda-forge::gdk-pixbuf-2.42.6-h2e6141f_0’时出错。” “回滚事务:完成”
我的uname -v:
达尔文内核版本 20.6.0:2021 年 8 月 30 日星期一 06:12:21 PDT;根:xnu-7195.141.6~3/RELEASE_X86_64
我的conda --version
康达 4.10.3
这里似乎有关于类似问题的长期讨论。有人认为,在“执行事务\”运行了很长时间后,点击“进入”解决了问题。这会很棒,但没有奏效。
问题#6986似乎仍然存在,目前尚不清楚如何处理它。
关于如何解决这个问题的任何想法?先感谢您!
python - 无法在 Mamba/Conda 环境中导入 WinPty
我将尝试概述我在这篇文章中面临的问题:
问题
由于某种原因,winpty
无法在base
AWS 虚拟机上的 mamba/conda 环境中导入该模块,我在 AWS 上的 EC2 实例上运行 Windows Server 2016。每当我尝试导入winpty
时,我都会得到这个ImportError
:
但是,当我在自己的本地 Windows 机器(我的 Windows 10 笔记本电脑)上安装mamba 时,可以毫无问题地导入winpty
已安装到本地机器上的mamba 环境的 mamba。base
我注意到其他应用程序以及Spyder
. 出于某种原因,在 Windows Server 2016 虚拟机上,Spyder 在加载时崩溃,但在我的本地计算机上,Spyder IDE 5.1.5 可以在base
mamba/conda 环境中加载而没有任何问题。
下面的输出conda info
将告诉您有关base
我的虚拟机中 conda/mamba 环境的所有详细信息:
我试过什么
我努力了:
- 卸载曼巴/重新安装它
- 创建一个名为的新虚拟环境
test_mamba_env
,然后在这个新环境中我:- 运行
mamba install jupyterlab -c conda-forge
它将安装 jupyter lab 和 winpty - 尝试运行
python
然后执行import winpty
,我得到了与ImportErro
以下相同的结果:
- 运行
在这一点上,我不知道是什么导致了我的虚拟 Windows Server 2016 机器中的错误。
任何帮助将不胜感激!
anaconda - 如何从 mambaforge 安装基本 Conda env 中的每个包?
我刚刚在 Windows 10 上安装了mambaforge,我还没有按照mamba docs中的建议安装 Anaconda 。我想要实现的是安装与从 scracth 安装 Anaconda 时获得的相同的软件包。
有没有办法检索Anaconda中安装的软件包列表并使用mamba安装它们?或者我必须在安装 Mamba 之前安装 Anaconda 吗?我的目标是拥有一个用于测试目的的基本 Anaconda 环境。
我试过:mamba create -n fullanaconda anaconda
但我得到:“没有提供来自曼巴的请求的蟒蛇”。(来源)
感觉就像我错过了一些重要的东西,任何帮助将不胜感激。
mamba info
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