问题标签 [knitr]

有没有办法更改 Knitr 中的默认库？我收到此错误：

我使用 RStudio 并在 rstudio 的支持上阅读了有关此问题的主题，但我仍然遇到同样的问题。

当我通过 knitr 向 R 提交以下类型的函数调用时，任何人都可以帮助我了解如何关闭 LyX/knitr 中的缓存：

或一大块：

每次我处理文档时，我都会得到与第一次完全相同的值。我知道这一定很简单，但这让我发疯了。非常感谢，-加里

从 github 下载所需的软件包后，我正在尝试 slidify，如本文档中所述，开始使用 Slidify。在使用 create_deck() 创建了卡片组后，我在网上找到的测试代码上使用了函数 slidify()。这是代码：

我将上面的代码保存为 test_slidify.Rmd 并使用 slidify("test_slidify.Rmd") 调用它。但是，我一直遇到以下错误，在下面的末尾：

我已经下载了最新版本的 slidify 和其他必需的软件包，但仍然遇到此错误。感谢任何帮助。最后，slidify 是否只创建一个 .md 文件或一个 html 文件，就像在带有 knitr 的常规 Rmarkdown 中一样。我们如何将生成的 .md 文件转换为 html 文件。

我只是遇到了一个（奇怪的）问题，当向一些 Elsevier 期刊提交（pdf）LaTeX 手稿时，需要完整的数字文件名才能通过他们的 pdf 构建和检查系统找到，即：

有没有简单方便的方法告诉 Sweave 或 knitr 这样做？

编辑：

• 我熟悉 sweave 的include=FALSE选项
• 我也觉得很能打补丁utils:::RweaveLatexRuncode

但是，目前我希望有更方便和优雅的东西。

它还涉及将 .Rnw 文件作为补充材料或插图分发。从教学的角度来看，我不喜欢这些使源代码对于我希望他们阅读它的新用户更加复杂的调整。

（这也是我非常欣赏最近print=TRUE在 Sweave 中引入的原因）

我使用了 knitr 和 LaTeX，但我正在考虑更改为 Markdown，因为这似乎与 Word 更兼容（htlatex 和 Pandoc 工作，但它远非舒适）。我目前的问题是在 Hmisc 包中找到 latex() 的替代方法。我发现的唯一选择是 xtable，但它似乎没有创建多列。

这是一个例子：

生成此表：

我想创建一个自动 knitr 报告，该报告将为我的数据框中的每个数字字段生成直方图。我的目标是在不必指定实际字段的情况下执行此操作（此数据集包含 70 多个，我还想重用该脚本）。

我尝试了几种不同的方法：

• 将绘图保存到对象，p然后p在循环 后调用
  • 这仅绘制最终图
• 创建一个绘图数组PLOTS <- NULL，并将绘图附加到循环中PLOTS <- append(PLOTS, p)
  • 从循环中访问这些图根本不起作用
• 甚至尝试将每个文件保存到.png文件中，但宁愿不必处理保存然后重新访问每个文件的开销

恐怕情节装置的复杂性正在逃避我。

问题

如何使以下块输出循环中的每个图到报告中？目前，我能做到的最好的结果是通过将其保存到一个对象并在循环之外调用该对象来生成最终绘图的输出。

knitr在 RStudio 中使用的 R 降价块：

从这一点来说，我希望进一步定制情节。

有没有办法结合animation package和降价？我想生成我想在从 r markdown 生成的 html 文件中包含和描述的动画。

当然，我可以在已经生成的 r markdown 文件中嵌入代码saveHTML或saveGIF文件，但我想自动化这个过程。

我正在使用 Windows、R 15.1 和最后一个 RStudio。

任务是创建一个文件（word、rtf、pdf、html 或其他），将 R 的输出（例如：不是创建输出的代码）捕获为该格式（包括文本和图像）。

这样做的方式应该尽可能少地改变原始 R 脚本。

如果我只关心文本或图像，那么我会使用 ?sink 或 ?pdf。但我不知道如何以简单的方式将两者组合成一个输出。

我知道有一种方法可以使用 r2wd 导出 R 输出，但它在原始代码中涉及到太多的奖章以符合我的口味（我想 sweave 解决方案也是如此，尽管我没有经验告诉我）

以下是未来示例的示例代码：

更新：我被问到不是 Sweave 或ReproducibleResearch 任务视图中的其他选项。

原因是：

1. 我（还）不知道 LaTeX
2. 即使知道 LaTeX，我也想要一些具有简单默认值的东西来简单地将所有输出按顺序转储在一起。“简单”意味着 - 尽可能少的额外代码/文件管理开销。

我知道像 sweave 或 brew 这样的东西更具可扩展性，但我想看看是否有针对较小项目/脚本的更“简单”的解决方案。

我正在尝试使用 knitr 生成一个报告，该报告对数据集的不同子集执行相同的分析集。该项目包含两个 Rmd 文件：第一个文件是设置工作空间和文档的主文档，第二个文件仅包含执行分析和生成相关图形的块。

我想做的是编织主文件，然后它将为每个数据子集调用第二个文件并将结果包含在单个文档中。下面是一个简单的例子。

主文件：

分析模板.Rmd：

问题是 knitr 不允许使用非唯一的块标签，因此analysis-template.Rmd第二次调用时编织失败。这个问题可以通过不命名块来避免，因为随后会自动生成唯一的标签。然而，这并不理想，因为我想使用块标签为导出的图创建信息文件名。

一个潜在的解决方案是使用一个简单的函数，将当前柱面附加到块标签：

但似乎 knitr 不会评估块标签位置中的表达式。

我还尝试使用修改当前块标签的自定义块挂钩：

但是更改块标签不会影响生成图的文件名，所以我认为 knitr 没有使用新标签。

关于如何更改块标签以便可以多次调用同一个子文档的任何想法？或者也许是实现这一目标的替代策略？

我有以下 RYacas 表达式：

这个的latex表达式如下：

我希望能够以 knitr 可以理解的格式编写此方程式，但唯一的解决方案是将乳胶表达式复制到 knitr 为

当我组成​​一个 R 块时

这没用。有任何想法吗？非常感谢！