问题标签 [knitr]

我试图在下面编写可重现的示例。它是 .Rmd 和 .r 的混合体。希望你能明白为什么。

我遇到的问题是非英文字符的处理方式不同，具体取决于代码是直接在控制台中运行还是在针织为 HTML 时运行。

在下面的示例中，我创建了一个带有字符 ü 和 ö 的小型 data.frame，将其写入 csv，然后再次将其读回。

如果写入和读取都发生在块内部或外部，那么一切都很好。

但是如果写入和读取发生在不同的地方，那么就会使用不同的编码（我认为）。和字符混淆。

这意味着在读取数据时，我在编译 .Rmd 文件时需要与直接在 R 中工作时不同的编码。

据我所知，语言环境总是相同的，所以我不明白发生了什么。

有任何想法吗？

直接写入和读取 csv 以创建新的数据文件

现在尝试编织整个文档（只是运行块的行为不同）

这第二个块将起作用，因为 data.frame 是在块内创建的

会话信息：

要更改输出的前导字符，.Rmd 中的 knitr 块有一个注释选项，例如

有没有办法在全局范围内设置它，而不是为每个块单独设置？

不起作用，我在文档中的任何地方都找不到它。

我想在 R 中制作一个带有两个图的降价文件中的单个数字knitr。layout(t(1:2))通常，使用or很容易做到这一点par(mfrow=c(1,2))。我可以用 来做到这一点knitr，还是它总是会产生两个单独的数字？

这是一个最小的工作示例，它在您的工作目录中创建一个名为./junk.Rmdand的文件以及两个文件（仅包括第一个图）和（包括我想要的两个图）。./junk.md./figure/junkislands1.png./figure/junkislands2.png

问题不在于它创建了两个 .png 文件，而在于 markdown 文件junk.md包含了这两个文件。

当我将该降价转换为 html 时，它包含两个 .png 文件，而我只想要一个同时绘制两个数字的文件。

这是从 knitr 生成的文件junk.md：

几天前，我开始编写德语 R-Script。knit()不幸的是，以下代码块在我创建文档时不起作用：

谁能帮我解决这个问题？

PS：我正在使用Linux。

我正在着手进行 knitr 设置。我在 Windows 7 Enterprise 机器上安装了最新版本的 R (2.15.1)、Lyx 2.0（包括 MiKTex 2.9 发行版）和 RStudio 0.96.304。如果我打开 Lyx 并简单地查看教程，我可以获得 pdflatex 输出，因此基本系统正在运行。然后我下载了最小的 Rnw 示例，将其作为 testknitr.Snw 保存在我的工作目录中，在 RStudio 中打开该文件，然后按下编译 PDF 按钮。knitr 输出以关于解析器包的单个警告完成，并生成文件 testknitr.tex。pdflatex.exe 然后运行，但失败，日志文件中的特定错误似乎是

尝试使用 TexWorks 编译 testknitr.tex 时，我收到了同样的错误。我使用 knit("testknitr.Rnw") 从 R 内部创建了该文件 - 由于 RStudio 中的默认设置，扩展名不同。我确实告诉 MikTek 在编译时自动更新包。对CTAN的一些研究表明 alltt 环境是 ltxbase 包的一部分，当我查看包管理器时会安装该包。事实上，它似乎是整个事情的核心部分！

好的 - 我正在阅读最小示例页面上的评论，并发现了解决该问题的方法，并且它是 19 小时前的一个已知错误。是的，我仔细检查了 RStudio 设置为使用 knitr，而不是 sweave。我现在收到一个新错误：

编辑：好的！事实证明，这个错误并不是致命的——如果花时间看的话，工作目录中有一个可爱的 pdf 最小示例。RStudio 认为编译失败而实际上却失败了，这有点令人担忧？

我喜欢将包含多个 R Markdown 和 Markdown 文件的存储库上传到 github。

这是github 上此类降价文件的示例。这是一个屏幕抓取。

而我认为它需要参考

我考虑的事情：

imgur：我可以通过添加以下代码来使用外部图像托管（例如，参见此示例）：

但是，由于各种原因，我不想这样做（我在防火墙后面上传时遇到问题；它很慢；它会产生不必要的依赖）

Rpubs：还有非常酷的Rpubs 。但是，在发布时，它似乎更适合单个降价文档而不是多个 R 降价文档。而且它没有在源 R Markdown 和 Markdown 文档之间提供如此紧密的联系。

问题

• 是否有使用 R Markdown 和 knitr 生成 Markdown 文件的工作流程，这些文件在上传到 github 时允许 Markdown 文件显示存储在 github 存储库中的图像？

我正在尝试使用 scan(dec=",") 命令从 Excel 导入（复制和粘贴）一些数据，逗号作为小数点，但是在编译这个块时我遇到了 knitr 的问题：

我收到此错误：第 22 行：意外的“，”

谢谢你的帮助

我正在尝试在 Ubuntu 10.04 中编写一个 Bash 脚本，该脚本打开一个导出 CSV 的 Python 文件，然后运行以下 Rscript，目标是导出带有 Dashboard.Rmd 绘图的 HTML：

Dashboard.Rmd 是一个 R 降价，它从第一步开始在 csv 上调用 read.csv，制作数据框并创建绘图，但该部分工作正常。据此，我认为Rscript应该复制在R Studio中按下“Knit HTML”的动作。但是，它创建的 html 与上次按下 Knit HTML 时相同；即即使CSV 不同，html 也不会反映更改。

我还尝试为 knit 和 markdownToHTML 使用单独的行，效果相同。执行 knit 时，它似乎没有从 Rmd 获取代码。当我在打开 Dashboard.Rmd 的情况下将该 Rscript 中的命令输入 R Studio 的控制台时，它确实会正确更新 html。但是我不确定如何将其转换为 Bash 脚本。我还尝试了使用 envir=new.env()、envir=R_GlobalEnv 和 envir=parent.frame() 的 knit2html，但没有成功。任何帮助，将不胜感激！

我的.Rmd文件包含多语言文本。当我将生成的 html 页面加载knit2html到我的 joomla 站点时，多语言文本已被正方形替换。您是否知道请求utf-8编码的 html 页面的方法，或任何其他解决问题的方法？

我正在使用带有 R Markdown 的 knitr 包来创建 HTML 报告。使用“+”时，我在将代码放在单独的行上时遇到了一些麻烦。

例如，

将返回以下 HTML 文档

通常这很好，但是一旦我开始添加额外的行就会出现问题，我想将它们分开以使代码更容易理解。运行以下：

将导致所有代码在一行中出现，使其更难遵循：

任何解决此问题的帮助将不胜感激！