问题标签 [knitr]

我正在尝试从 RStudio 0.96 中的 R Markdown knitr 文档上传图像。我尝试运行以下代码，这只是一个最小的示例。但是，我收到以下错误消息：

• 什么可能导致此错误消息？
• 如何使用 knitr 将图像上传到 Imgur 并避免出现此错误消息？

在 Rstudio 0.96 中的 R Markdown 文件上按“Knit HTML”时会运行哪些命令？

我的动机是，当我在另一个文本编辑环境中时，我可能想运行相同的命令，或者我可能想将命令合并到一个更大的makefile.

我正在转换Sweave并knitr非常喜欢它。非常感谢亿辉！

让我烦恼的一件事是情节窗口会弹出并变得活跃。所以当我在knitr工作的时候写作时，我的编辑经常会失去注意力。即使代码块中没有生成绘图，也会发生这种情况。

有没有办法避免这种情况？

这是我的sessionInfo ()，以防万一：

我想研究如何以不需要使用放置在 HTML 标头中的样式的方式生成格式化的 HTML 表格。我已经广泛地询问过这个问题，但是收到了一个使用标题提到的答案和另一个涉及使用 pandoc 的答案（更新：请参阅这篇文章的底部关于自提出这个问题以来发布的新答案。我想要一个R 函数将格式化的 HTML 表格所需的所有 HTML 格式写入一个位置。

我最近一直在玩gvisTable，它能够在一个地方写下所有相关信息：

以下代码

将以下内容输出到 R Markdown 文档中：

当它被放置在上下文中时，就会产生一个 gvisTable。请参阅此输出中的第二个表。

因此，一个简单的 R 函数已经输出了创建一个相当复杂的表格所需的所有 HTML。最终，我希望在 LateX 中看到相同程度的表格格式控制，仅适用于 R Markdown。鉴于此类帖子经常出现在博客上、通过联合发布、RSS 阅读器等等，格式化命令在正文中会很好。

问题

• 是否可以使用类似于 gvis 的方法（例如，HTML 正文中的脚本）来格式化 HTML 表格（例如，行、单元格格式、单元格高度和宽度、字体等）？
• 是否有任何现有的 R 函数支持生成此类表？
• 这个问题的假设是否有意义，或者是否有其他方法可以实现我使用 R Markdown 进行精确 HTML 表格格式化的更广泛目标？

更新

Joe 在我之前的问题中添加了一个答案，他提到了三个选项（正文中的样式；在标题中嵌入样式的 javascript；和范围样式块）。所以我想剩下的主要问题是是否存在任何接口来促进使用带有 R Markdown 代码块的这种方法。

在 R markdown（knitr 包）中，我可以访问在代码块中计算的文档正文中的变量吗？

根据RStudio 团队的回复，“标准”解决方案是按照“将 R Markdown 与 RStudio 一起使用”的说明进行操作，并注意第三个屏幕截图中带有“发布”按钮的按钮。我非常感谢他们建立了一个非常简单的解决方案。

但是，带有漂亮箭头和地球图片的“发布”按钮不会出现在我的预览窗口中，无论我多么想要它。

我RStudio.version()在 Mac OS X Lion (10.7) 中使用 RStudio (0.96.231)，带有最新的 R 版本和更新markdown包knitr。我有一个 RPubs 帐户，并按照RPubs 说明从 RStudio 中创建和预览从 R markdown 文件呈现的 html。

这似乎与RStudio 支持博客上关于 not-seeing a Publish button的帖子有关。

但是，这个问题是不同的，因为它实际上需要将内容放到RPubs上。我在 RStudio 支持博客上发布了一个类似的问题。

Rstudio 团队已经回答了如何从 R Markdown 源代码中获取嵌入在 RStudio 渲染的 html 中的图形；特别是通过将我指向这个非常有用的页面来解释 RStudio使用knitr呈现和打包R Markdown的方式：

使用 RStudio 渲染 R Markdown

最后，如果您还没有听说过 R-markdown（我刚刚听说过），请访问此处了解有关 R-markdown的详细信息。

命令行knitr相当于R CMD Sweave myfile.rnw什么？

我经常有一个主要的 R Markdown 文件或 knitr LaTeX 文件，其中我source有一些其他 R 文件（例如，用于数据处理）。但是，我认为在某些情况下，将这些源文件作为它们自己的可重现文档会是有益的（例如，一个 R Markdown 文件，它不仅包含用于数据处理的命令，而且还生成一个可重现的文档来解释数据处理决策）。

因此，我想source('myfile.rmd')在我的主 R Markdown 文件中有一个命令。这将提取和获取 .R 代码块中的所有 R 代码myfile.rmd。当然，这会产生错误。

以下命令有效：

results='hide'如果需要输出，可以省略where 。即，knitr 从myfile.rmdinto输出 R 代码myfile.R。

但是，它似乎并不完美：

• 它会导致创建一个额外的文件
• 如果需要控制显示，它需要出现在自己的代码块中。
• 它不像简单那么优雅source(...)。

因此我的问题是： 有没有更优雅的方式来获取 R Markdown 文件的 R 代码？

有没有办法在没有环绕格式标签的情况下将 R 代码输出注入到生成的文档<pre><code class="r">中<pre><code>？我问这个是因为我想使用 .Rmd 而不是 .Rhmtl 但同时注入一些额外的 HTML 行。使用 eg 这样做cat("HTML code")会失败，因为输出被<pre><code>.

我尝试运行以下 .Rmd 文件（带有额外的 HTML 行）的示例，该文件无法正确运行：

我之前询问过将 R Markdown 转换为 HTML 的命令。

将 R Markdown 文件转换为 PDF 文档的好方法是什么？

一个好的解决方案会尽可能多地保留内容（例如，图像、方程式、html 表格等）。该解决方案需要能够从命令行运行。一个好的解决方案也是跨平台的，理想情况下最小化依赖关系，以便更容易共享 makefile 等。

具体来说，有很多选择：

• 是否将RMD转MD转HTML转PDF；或 RMD 到 MD 到 PDF；或 RMD 转 PDF
• 如果markdown在 R 中使用包，需要指定哪些选项
• 是否使用pandocR 中内置的包或其他

这是一个示例rmd 文件，它可能为任何提议的解决方案提供了合理的测试。它被用作这篇博文的基础。