我之前询问过将 R Markdown 转换为 HTML 的命令。
将 R Markdown 文件转换为 PDF 文档的好方法是什么？
一个好的解决方案会尽可能多地保留内容（例如，图像、方程式、html 表格等）。该解决方案需要能够从命令行运行。一个好的解决方案也是跨平台的，理想情况下最小化依赖关系，以便更容易共享 makefile 等。
具体来说，有很多选择：
markdown在 R 中使用包，需要指定哪些选项pandocR 中内置的包或其他rmarkdown 包：现在rmarkdowngithub 上有一个与 Pandoc 接口的包。它包括一个render功能。该文档非常清楚地说明了如何在一系列其他格式中将 rmarkdown 转换为 pdf。这包括在 rmarkdown 文件中包含输出格式或运行向 rend 函数提供输出格式。例如，
render("input.Rmd", "pdf_document")
命令行：
当我从命令行运行render时（例如，使用 makefile），我有时会遇到无法找到 pandoc 的问题。据推测，它不在搜索路径上。以下答案解释了如何将 pandoc 添加到 R 环境。
因此，例如，在我运行 OSX 的计算机上，我通过 RStudio 拥有 pandoc 的副本，我可以使用以下内容：
Rscript -e "Sys.setenv(RSTUDIO_PANDOC='/Applications/RStudio.app/Contents/MacOS/pandoc');library(rmarkdown); library(utils); render('input.Rmd', 'pdf_document')"
因此，许多人建议 Pandoc 是要走的路。请参阅下面有关拥有最新版本 Pandoc 的重要性的注释。
我使用以下命令将 R Markdown 转换为 HTML（即，此 makefile 的变体），其中RMDFILE是不包含组件的 R Markdown 文件的名称.rmd（它还假定扩展名为 is.rmd和 not .Rmd）。
RMDFILE=example-r-markdown
Rscript -e "require(knitr); require(markdown); knit('$RMDFILE.rmd', '$RMDFILE.md'); markdownToHTML('$RMDFILE.md', '$RMDFILE.html', options=c('use_xhml'))"
然后这个命令转换为pdf
Pandoc -s example-r-markdown.html -o example-r-markdown.pdf
markdownToHTML意味着图像引用是文件而不是存储在 HTML 文件中的数据（即，我'base64_images'从选项列表中删除）。正如@daroczig 所提到的，拥有最新版本的 Pandoc 以输出 pdf 文件非常重要。在 2012 年 6 月 15 日的 Ubuntu 上，我在包管理器中被 1.8.1 版的 Pandoc 卡住了，但从更改日志看来，对于 pdf 支持，您至少需要 1.9+ 版的 Pandoc。
因此，我安装了caball-install. 然后跑：
cabal update
cabal install pandoc
Pandoc 安装在~/.cabal/bin/pandoc
因此，当我运行pandoc它时，它仍然看到旧版本。有关添加到路径的信息，请参见此处。
我认为您确实需要pandoc，这是专门为这项任务设计和构建的出色软件 :) 除了pdf之外，您还可以将md文件转换为例如docx或odt等。
好吧，在 Linux 上安装最新版本的 Pandoc可能具有挑战性（因为您需要haskell-platform从源代码构建整个 ˙），但在 Windows/Mac 上非常容易，只需下载几兆字节。
如果你有 brewed/knitted markdown 文件，你可以只调用pandoc例如 bash 或使用systemR 中的函数。后者的 POC 演示在Ṗandoc.convert我的小包的函数中实现（当我尝试时，你一定非常厌烦抓住每一个机会把你的注意力集中在那里）。
现在（2014 年 8 月）您可以使用RStudio将 R Markdown 转换为 PDF。基本上，RStudio 使用pandoc将 Rmd 转换为 PDF。
您可以将元数据更改为：
有关更多详细信息 - http://rmarkdown.rstudio.com/pdf_document_format.html
对于看起来更像从浏览器打印时获得的选项，wkhtmltopdf提供一个选项。
在 Ubuntu 上
sudo apt-get install wkhtmltopdf
然后使用与 pandoc 示例相同的命令来获取 HTML：
RMDFILE=example-r-markdown
Rscript -e "require(knitr); require(markdown); knit('$RMDFILE.rmd', '$RMDFILE.md'); markdownToHTML('$RMDFILE.md', '$RMDFILE.html', options=c('use_xhml'))"
接着
wkhtmltopdf example-r-markdown.html example-r-markdown.pdf
生成的文件如下所示。它似乎没有处理 MathJax（这里讨论了这个问题），并且分页符很难看。然而，在某些情况下，这种风格可能比更多 LaTeX 风格的演示文稿更受欢迎。
只需两步：
从这里安装最新版本的“pandoc”：
调用中的pandoc函数library(knitr)
library(knitr)
pandoc('input.md', format = 'latex')
因此，您可以将“input.md”转换为“input.pdf”。
我发现使用 R studio 是最简单的方法，但是如果想从命令行进行控制，那么一个简单的 R 脚本可以使用rmarkdown渲染命令（如上所述）来完成。完整的脚本细节在这里
#!/usr/bin/env R
# Render R markdown to PDF.
# Invoke with:
# > R -q -f make.R --args my_report.Rmd
# load packages
require(rmarkdown)
# require a parameter naming file to render
if (length(args) == 0) {
stop("Error: missing file operand", call. = TRUE)
} else {
# read report to render from command line
for (rmd in commandArgs(trailingOnly = TRUE)) {
# render Rmd to PDF
if ( grepl("\\.Rmd$", rmd) && file.exists(rmd)) {
render(rmd, pdf_document())
} else {
print(paste("Ignoring: ", rmd))
}
}
}
如果你不想安装任何东西，你可以输出 html。然后打开 html 文件 - 它应该在浏览器窗口中打开，然后右键单击打印。如果您使用的是 Mac，请在打印窗口中选择右下角的“另存为 pdf”。瞧！
请按照以下简单步骤操作：
1：在 Rmarkdown 脚本中运行 Knit(Ctrl+Shift+K) 2：然后在打开 html markdown 后单击在浏览器中打开（左上角），然后在您的网络浏览器中打开 html 3：然后使用 Ctrl+P 和另存为 PDF 。