问题标签 [kernel-density]

我不定期地测量了一个带有时间戳的现象的观察结果：

现在我想在 x 轴上绘制这些点并对它们应用核密度函数，这样我就可以使用各种带宽直观地探索时间密度。应该会出现这样的结果，尽管下面的示例没有使用 x 轴标记；我想要标签，例如，特定日期（1 月 1 日、1 月 5 日等）：

然而，重要的是，测量点本身在图中是可见的，如上所示。

我对 R 非常非常陌生，所以请原谅我的问题的基本性质。简而言之，我做了很多谷歌搜索来试图回答这个问题，但我发现即使是可用的基本指南和论坛上的简单讨论都假设我拥有比我更多的先验知识，特别是在概述所有内容时编码术语是什么以及改变它们对情节意味着什么。

简而言之，我有一个选项卡格式的表格，其中包含三列数据，我希望在单个图表上绘制密度。我希望线条是不同的图案（点线、虚线等。任何可以很容易区分它们的东西，我不能使用颜色，因为我的主管是色盲）。

我有读取数据并可以访问我感兴趣的列的代码：

我从这里去哪里？

我有由大小为 1x5 的向量组成的数据，每个向量代表一个 pikel: [x,y,r,g,b]，x并且y是 position: 0 <= x <= M, 0 <= y <= N。r,g,b是像素的颜色：0 <= r,g,b <= 255.

我想使用多元 Epanechnikov 核来估计密度估计。我读到有两种方法可以做到这一点：

1. 乘法方法 - 计算每个维度的内核，然后将它们相乘。
2. 计算向量的范数并计算该值的核。

这两种方法究竟如何处理我的数据？知道 Epanechnikov 内核为归一化值> 1或< -1.

我正在用 C++ 编程。

我有一个关于kde2d (Kernel density estimator).我正在为同一变量空间中的两组不同数据计算两个不同的 kde2d 的问题。当我将两者与 Filled.contour2 或轮廓进行比较时，我发现散点图中点密度较低的集合（总点数也较少，因子为 10）的轮廓值密度较高。我期望具有较高点密度的集合将具有较高的密度轮廓值，但就像我上面所说的那样，情况并非如此。它必须与带宽（h）的选择有关吗？我正在使用equals h，我尝试更改但结果并没有太大变化。我的错误是什么？

一个例子

我正在使用 beanplot 包的 beanplot 函数，我想不出一种方法来使用该wd=参数并获得良好的结果。

我想要的是

• 显示宽度取决于样本大小的 beanplots。
• （现在）了解 'wd=' 的用途以及如何使用它。

到目前为止，当我尝试使用 wd 参数时，作为一个列表它给了我一个错误，作为一个向量，它给了我一些奇怪的东西（wd 似乎乘以密度估计值）

例子

我想在 R 中划分两个密度分布（或两个直方图）。我什至会“使用运算符从另一个中减去一个”——但除了采样和减法之外，我没有看到明显的方法/分开很长的路。

是否有一个函数/R 包允许人们在不采样的情况下操纵 R 密度？

我是 R 的新手，是 CERN 的根移植者，如果相关的话。

我对 R density() 函数在边缘情况下的行为有点困惑......

假设我将越来越多的 x=0 点添加到模拟数据集中。我期望的是密度估计会很快收敛（我故意模糊这意味着什么......）到 x = 0 处的 delta 函数。在实践中，拟合肯定会变窄，但速度很慢，如下图所示：

但是，如果您在模拟数据中添加一点点噪声，则行为会好得多：

就让睡狗躺着？还是我错过了有关密度（）的使用的一些信息？

我在标题为：s1m 的数据框中有蛋白质-蛋白质相互作用的数据。每个 DB 和 AD 对都进行交互，我也可以绘制它：

数据图如下所示：

然后我使用我在这个网站上找到的代码来绘制填充轮廓线：

它给了我生成的图像（减去涂鸦）：

我的问题：我需要在原始s1m数据框中的每一行数据上标注一个对应于等高线图高度的数字（因此我在上图中涂鸦）。我认为列表 z 具有我正在寻找的值，但我不确定。

最后，我希望我的数据看起来像这样，这样我就可以分组研究蛋白质相互作用：

我有一个通过scipy.stats.gaussian_kdex,y获得的点分布。这是我的代码和输出的样子（数据可以从这里获得）：KDEx,y

带有坐标的红点（与 2D 图中的每个点一样）具有由（内核或）给出的 0 到 0.42 之间(x1, y1)的关联值。让我们这么说吧。fKDEf(x1, y1) = 0.08

我需要与那些评估为小于f的区域中的积分限制相结合，即：.xyff(x1, y1)f(x, y)<0.08

对于我所看到python的可以通过数值积分来执行函数和一维数组的积分，但是我还没有看到任何可以让我在二维数组（f内核）上执行数值积分的东西此外，我不确定如何我什至会识别该特定条件给出的区域（即：f(x, y)小于给定值）

这完全可以做到吗？

我正在制作这样的密度图如何在 matplotlib 中创建密度图？我打算在情节上制作几个点，我的问题是我需要知道最高峰的确切 x 值是多少。

我可以通过循环找到它：

在此 bb 具有峰值的 x 值之后，但执行此循环的时间太长。目前大约需要 25 秒，未来数据量会更大

我希望这不是重复的，但至少我找不到这个问题的答案。