问题标签 [imagej]

我正在尝试使用 jython 在斐济进行一些图像处理，但遇到了麻烦。我正在尝试开发一个插件，其中图像由 boxcar 内核卷积。通过录制宏，我得到以下可以粘贴到 jython 脚本中的内容：

运行（“卷积...”，“text1 = [0.04 0.04 0.04 0.04 0.04\n0.04 0.04 0.04 0.04 0.04\n0.04 0.04 0.04 0.04 0.04\n0.04 0.04 0.04 0.04 0.04.04\n0.04 0.04.0.04.0 \n]");

其中 text1 是用于卷积的字符串。但是，问题在于插件要求用户可以定义 boxcar 内核的大小。因此，我无法将其硬编码到脚本中。有谁知道如何进行。只要最终结果是 boxcar 卷积，我对替代方法持开放态度。

非常感谢您提前

我们必须使用 imagej 测量图像某些区域的荧光强度。我们提出了以下步骤来测量强度。虽然看起来确实正确，但我的问题是——>我们实际上是使用以下步骤正确测量强度，还是我们错误地测量了其他东西并认为该值就是强度？

1. 将图像设为 8 位
2. 对图像设置阈值（图像 > 调整 > 阈值）以勾勒出所有区域，然后单击应用
3. 打开分析 > 分析粒子。确保单击“添加到管理器”
4. 分析 > 分析粒子 > 显示 > 裸轮廓。这将打开一个新图像。
5. 打开彩色显微镜图像。然后，图像 > 叠加 > 从 ROI 管理器。
6. 图像 > 叠加 > 到 ROI 管理器。
7. 在 ROI Manager 中：按“测量”。（将弹出带有单个数据点的结果窗口）
8. 在结果窗口中单击鼠标右键，然后单击汇总。
9. 记录平均强度数据

我们是否使用上述步骤正确测量平均强度数据？

感谢 imageJ 库，我已经找到了图像的边缘。

现在，我想要一个包含这些边的数组。

这里有一个关于它的话题，但我无法发表评论，也没有答案： Find Edges with ImageJ Programmatically

我正在尝试通过某些因素增加图像的对比度x

到目前为止，我能够读取图像，并像这样获得它的处理器

我知道ContrastEnhancer.java但ContrastAdjuster.java我不确定它们将如何使用。最终，我想要这样的东西

谢谢！

我目前正试图让我的头缠在 imagej 上，只是试图复制图像并吐出输出。总体思路是获取图像，从图像处理器中获取像素阵列，将其复制到新阵列中，然后从该阵列构建新图像。

现在在这里，存在 aPixels_org[0] 的值，正如您在控制台输出中看到的那样。但即使我进行了所有检查，它仍然会抛出 arrayoutofbounds 异常。

这是代码...（顺便说一句。只是一个记录器对象，只是一个健全性检查，以检查数组值是否存在于下面的 if 条件中。请告知是否有更好的方法，因为我是一个 C++ 人, 并且习惯于直接检查东西，因为 java 不允许 if(int){} 检查)

我从一个函数中获取 aPixels_org，一个 dthe aPixels_dup 就是这样创建的

其中 iWidth*iHeight 是所需数组的大小。我还尝试使用 array.length() 选项直接生成大小。问题代码是

这是错误

这是控制台输出

我的输出到此结束，程序因上述错误而崩溃。如您所见，所有 4 个值都以某种形式存在。我用谷歌搜索了错误，发现错误是

抛出以指示已使用非法索引访问数组。索引为负数或大于或等于数组的大小。

我在这里遗漏了一些明显的东西吗？

关于

有没有办法通过仅使用 Java 代码而不是 Matlab 等来找到图像（手、静脉）中的分叉点和脊终点？我可以通过 Java 的 ImageJ 库来实现这一点吗？

我在从动态加载的类中动态加载 java 类时遇到问题。

我的类是一个ImageJ插件，它通过classloader. 我在加载引用与插件NoClassDefFoundError在同一个包中的东西的模块时。ImageJ

我具体做的是：

1. ImageJ 加载插件 (A)
2. (A) 获取系统类加载器
3. (A) 将 jar url 添加到类加载器
4. (A) 尝试使用在 jar 中加载所需的类 (B)Class.forName

我无法加载 B 类，因为我得到了NoClassDefFoundError由 B 指向 A 中的类而在当前类加载器中找不到的结果。

我认为我需要首先使用ImageJ用于加载插件的相同类加载器才能加载我的模块并仍然找到对以前加载的 jar 的引用ImageJ。我想这样做而不必重新编译ImageJ。

有什么方法可以解决这个问题而不必ImageJ修改代码或修改它？

伪类示例

我有一张图像，我试图根据图像的红色、蓝色或绿色来提取某个通道。

例如，如果我的图像主要是红色，我想提取红色通道。我已经有了可以为我提取频道的代码：

如何确定哪个频道最强？

谢谢！

编辑：

我最终按照@mmgp 提到的那样做。总结每个通道的所有强度并使用以下方法选择最大的：

嗨，我正在制作一个用于图像处理的 java 应用程序。我正在使用带有图像缓冲区的普通 java。我想使用 imageJ 代码，但我不知道如何将它与我已经编写的代码结合起来。

我想做的是使用训练有素的 WEKA 模型对图像进行分类。我知道 ImageJ/Fiji 的 Advanced Weka Segmentation 插件的存在，但我使用的是定制的特征向量，它无法使用它。

无论如何，在我试图执行的 ImageJ 宏中：

这实质上是为 weka 运行终端命令。在 linux 终端中，它运行良好，但是，在宏中调用它并没有做任何事情。它甚至不会产生错误。

一开始，我认为问题在于我试图在系统的 JVM 上运行一个 java 程序，该程序是从运行在不同 JVM 上的 java 程序调用的（ImageJ/Fiji 与他们自己的 JVM 捆绑在一起）。出于这个原因，我尝试使用系统的 JVM 运行 ImageJ/Fiji，但没有运气。

有人对此有任何提示吗？我将不胜感激...谢谢！