问题标签 [imagej]

For questions regarding programming in ECMAScript (JavaScript/JS) and its various dialects/implementations (excluding ActionScript). Note JavaScript is NOT the same as Java! Please include all relevant tags on your question; e.g., [node.js], [jquery], [json], [reactjs], [angular], [ember.js], [vue.js], [typescript], [svelte], etc.

0 投票
1 回答
278 浏览

imagej - 学习使用 Scilab 和 ImageJ

我正在尝试学习使用 Scilab 和 ImageJ,这是使用计算机编码命令制作图形和电子表格等的软件。我从来没有学过如何编码,你能指导我到任何网站/课程/在线教程吗?有帮助吗?

0 投票
3 回答
7495 浏览

macros - 没有图像打开 - 斐济/ImageJ 宏语言

我在斐济写了一个宏来对特定文件夹中的所有图像执行一组操作。但是我遇到了麻烦,无法克服一个问题。运行宏时,我收到一条错误消息,显示“没有打开图像”。这是什么意思?(输入文件夹中的图像是 .tif 类型的)

这是宏:

有人可以尽快帮我解决吗?谢谢!

0 投票
2 回答
3885 浏览

matlab - 无法打开以这种方式压缩的 tiff 文件 (2) - imageJ/FIJI

我有两组从 MATLAB 生成的图像 - 一组是我从图形窗口手动保存到 tif 文件时,另一组是通过使用imwriteMATLAB 中的函数以 tif 格式保存的图像。

当我尝试使用第一组图像在斐济(图像 J)中执行某些操作时,它可以工作,但是当我尝试在第二组中执行相同操作时,我收到一条错误消息,提示“无法打开以这种方式压缩的 tiff 文件(2 )'。有我需要安装的插件吗?

第一组的 imfinfo - 由图形窗口中的 saveas tif 创建:

第二组的 imfinfo - 由 imwrite 创建。imwrite(bw,fullfile(文件名),'tiff');

0 投票
1 回答
986 浏览

python - 细胞计数:选择性;只计算所有染色阳性的细胞

如果我在不同的荧光通道中拍摄多张图像(在用一些抗体/标记物染色细胞后),我如何自动定量每个标记物阳性细胞的比例?有没有人在 Python 中做过这样的事情?

我已经可以使用 Fiji (ImageJ) 来计算仅包含一种染色类型的细胞,但我不能让它对包含两种染色类型的合并图像进行选择性计数。由于 Fiji 与 python 交互良好,我正在考虑编写一个脚本,查看每个仅包含一种染色类型的图像,然后获取相应图像的 xy 坐标并检查它们之间的匹配。我不确定这是否是个好主意,我想知道是否有人做过类似的事情或有更有效的方式来完成任务?

谢谢你的帮助!

0 投票
2 回答
8308 浏览

java - imageJ 如何获得像素 rgb 值?

我有一个简单的插件可以保存多边形坐标:

但我想得到这样的坐标rgb值: 在此处输入图像描述

你能帮我解决这个问题吗?谢谢!

0 投票
1 回答
6623 浏览

imagej - 如何获取自动阈值插件使用的阈值

我有以下代码,我从目录中读取图像并使用 ImageJ Auto Threshold 插件来分割我的图像。

我想使用“Otsu dark”方法获得阈值,并修改该值(例如按一个因子缩放)并将其应用于我的图像进行分割。

0 投票
1 回答
525 浏览

java - ImageJ Rotation Macro 调用会因每次调用而减慢

我一直在做一个项目,我试图通过 ImageJ 宏旋转图像,基本上相关部分如下所示:

因此,当我对运行上述方法的方法进行角度为 20、30、40、50、60 的 5 次调用时,执行此操作的时间越来越长(对于线程和单线程应用程序)所以大约处理时间为:

那么,当连续调用特定宏时,为什么 ImageJ 上的宏调用会变慢?

0 投票
1 回答
1835 浏览

java - 方向加权中值滤波器(图像处理)

我需要在 Java 中实现一个方向加权中值滤波器来消除随机脉冲噪声。我不知道如何/从哪里开始。算法如下:

  1. 创建一个 5x5 窗口
  2. 从中心像素(每个方向 5 个像素)考虑 4 个方向(垂直、水平、左对角线、右对角线)
  3. 计算加权差并取最小值
  4. 最小值与阈值进行比较:
    如果值 > 阈值:它是噪声像素
    else:它不是噪声像素
  5. 计算每个方向5个像素的标准差
  6. 对标准差最小的方向给予额外的权重,计算加权中位数
  7. 嘈杂的像素被这个中值替换
  8. 在整个图像中移动窗口
  9. 重复步骤 8 到 10 次

任何人都可以指出我应该如何实现这一点的正确方向吗?任何示例或实现的代码都将受到高度赞赏。我正在使用 ImageJ,所以任何实现了这个过滤器(或它的变体)的插件都会非常有帮助。谢谢。

0 投票
2 回答
3365 浏览

java - ImageJ 静音模式 - 无需打开图像即可处理

我需要运行宏,但我不想显示图像。如果我不调用 imp.show(),ImageJ 将打印到控制台没有打开的图像。那么如何在不显示图像的情况下运行宏呢?提前致谢。

0 投票
1 回答
1061 浏览

java - ImageJ 覆盖 ROI 缩放

使用 ImageJ,我想为给定位置的 ROI 创建缩放功能。到目前为止,我有这样的事情:

我有一个像素数组,现在我想创建一个 ROI,其中包含在图像角落放大的这些像素。我一直在研究 ImageJ 的 ROI api,但似乎无法找到正确的方向。任何指导都会很棒。我正在寻找一个可以用我拥有的像素值填充 ROI 的函数。提前致谢。