问题标签 [hierarchical-bayesian]
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r - 用于几个参数的 Metropolis Hastings 采样器
我有具有 32 个未知参数(alpha_1、alpha_2、...、alpha_30、mu、.sigma^2)的分层贝叶斯模型。mu 和 sigma^2 的条件后验分布具有封闭形式,但 ( alpha_1, alpha_2,..., alpha_30 ) 的条件后验分布不是封闭形式,因此我需要在 Gibbs 采样器中使用 Metropolis Hastings 采样器。我的问题是 30 个参数的 Metropolis Hastings 采样器的算法和 R 代码是什么?
python - Python -- PYMC beta-binomial with shrinkage
我正在努力实现贝叶斯层次模型。
基本上,我正在尝试建立一个具有这种结构的模型......
我有关于个人在将球扔给他们时能够击球多少次的数据(建模为二项式)。击中每个球的个人机会 (theta) 是从所有可能的 theta 的 beta 分布中得出的。这种个人级别的贝塔分布的模式本身是从更高级别的“玩家位置”贝塔分布中得出的,它代表了在该位置上玩的所有个人的可能模式。这个想法是将所有这些都放入一个层次模型中,以允许在单个级别的分布上进行收缩。
我已经尝试像这样使用 pymc 来实现它,但它似乎没有正确采样(即,所有东西都保持在起始值)。任何帮助表示赞赏!
r - 难以调用文件='var.dat'
我浏览了帮助文件,但没有找到答案。
我有一个 .dat 文件,其中列出了变量并包含它们的数据。
在“var.dat”文件中,第一行如下所示:(为了便于查看,我已将其删减)
这是我的问题。
在下面的代码行中,我需要引用 var.dat 文件。
此代码如何调用文件?我需要将它保存在哪里,以便代码可以访问 file= 函数?我需要先加载它吗?
谢谢。
hierarchy - 审查模型 JAGS 计数数据
我正在 JAGS+R 中为删失数据的计数数据编写分层泊松模型。
A是一个矩阵,行是不同的地方,列是我计算下雨天的不同时间间隔。作为协变量,我有一组 X_k$ 矩阵。对于每个地点和时间间隔,我都有协变量,例如平均温度(存储在 X_1)、刮风天数(在 X_2 中)、平均湿度(在 X_3 中)。
我应该将审查数据与非审查数据分开吗?我如何用矩阵做到这一点?
谢谢你的帮助!
更新:
我在一个循环中直到最后但一个注册的时间间隔(对于每个地方都可能由于设备故障而受到审查)
mu[i,j]<- a[1]*x[i,1]+a[2]*x[i,2]+ b[1,j]*varx[i,j]+b[2, j]*varx[i,j]
N[i,j] <- dpois(lambda[i,j])
log(lambda[i,j]) <- mu[i,j] + alpha[i]
alpha[ i]<- G0[latent[i]]
潜在[i]~ dcat(prob[])
在最后一个时间间隔重复此操作。在最后一个时间间隔位中添加
了censoor[i]<-step(-censored[i])
,censored[i]是一个vec,表示是否有设备故障
我是新手,它不起作用,有什么帮助吗?谢谢
r - MCMCglmm 中的错误
我在 MCMCglmm 中运行混合模型时遇到了一些麻烦。当我尝试将其作为线性回归运行时,它工作正常:
但我似乎无法让它运行逻辑或序数回归:
它给了我以下错误消息:
sort.list(y) 中的错误:对于 'sort.list','x' 必须是原子的 你是否在列表中调用了 'sort'?另外:警告消息:未知或未初始化的列:'family'。
提前致谢!
r - 贝叶斯 rhierNegbinRw 函数中的错误:
我正在尝试用贝叶斯拟合分层负二项式模型。尽管我的数据是专有的,但我能够使用人造黄油数据集重新创建相同的错误。我得到的错误如下:
我按如下方式设置了模拟数据(回归完全是荒谬的——只是想让它工作):
我将非常感谢对此问题的任何见解。
bayesian - rjags 错误 igit 的向量参数无效
我想比较 betareg 回归与使用 rjags 的相同回归
下面我试图用 rjags 做同样的回归
我在这条线上得到一个错误
你能建议吗
(1)如何修复错误
(2)如何设置beta回归的先验
谢谢你。
hierarchical-data - stan 有效样本数量
我使用 rethinking 包和 rstan() 复制了分层模型的结果,我只是好奇为什么 n_eff 不接近。
这是使用 rethinking 包对 2 个组 (intercept_x2) 进行随机截距的模型:
代码:
现在这是 rstan() 中的相同模型:
我的问题:
- 使用 rethinking() 时 n_eff 更大。存在模拟差异,但您认为这里发生了其他事情吗?
- 除了 n_eff 不同之外,后验分布的百分位数也不同。我在想 rethinking() 和 rstan() 应该通过 5000 次迭代返回相似的结果,因为 rethinking 只是调用 rstan。两种实现之间的差异是正常的还是不同的?
- 我创建了 data$GROUP_ID 来指示分类分组。这是将分类变量合并到 rstan() 中的层次模型中的正确方法吗?我有 2 个组,如果我有 50 个组,我使用相同的 data$GROUP_ID 向量,但这是标准方式吗?
谢谢你。
r - brm回归参数的含义
我正在使用 brms 包在预测变量 x 上构建具有高斯过程的多级模型。该模型如下所示: make_stancode(y ~ gp(x, cov = "exp_quad", by= groups) + (1| groups), data = dat) 所以 x 预测变量上的 gp 和多级组变量。就我而言,我有 5 个组。我一直在查看代码(如下),并且试图弄清楚一些参数的含义和维度。
我看到 M_1 是组数
我的问题是:
- N_1是什么意思,和观察次数N一样吗?此处使用:vector[N_1] z_1[M_1]; // 未缩放的组级效果
对于 Kgp_1 和 Mgp_1(int Kgp_1; 和 int Mgp_1;),如果我有 5 个组,Kgp_1 和 Mgp_1 是否都等于 5?如果是这样,为什么要使用两个变量?
// 使用 brms 1.10.0 函数生成 {
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