问题标签 [hazard]

For questions regarding programming in ECMAScript (JavaScript/JS) and its various dialects/implementations (excluding ActionScript). Note JavaScript is NOT the same as Java! Please include all relevant tags on your question; e.g., [node.js], [jquery], [json], [reactjs], [angular], [ember.js], [vue.js], [typescript], [svelte], etc.

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r - 删除虚线置信区间线并修改图例

如何从图中删除置信区间虚线?

对于图例,为什么第 2 行是虚线,而第 1 行是实线?有没有办法让两条实线?我不确定这段代码的作用 - lty=1:2, cex=0.8

图形

我在下面附上了我的一个数据集和相应的命令。谢谢!

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spss - SPSS中使用参考组的cox比例风险回归

我在 SPSS 中运行 cox 比例风险回归,以查看“预测因子”与 10 年随访中疾病风险的关联。我有另一个变量“age_quartiles”,其值为 1、2、3、4,并希望使用“1”作为参考来获取相对于“1”的 2、3 和 4 的 HR。当我把这个变量放在 Strata 中时,我仍然得到一个“HR”,如下所示(“S_URAT_07”是具有连续值的预测变量);

在此处输入图像描述

问题:如何根据“age_quartiles”2,3 和 4 获取事件预测变量的 HR,并将 1 作为参考组?'age_quartile' 在这里不是预测变量。我应该选择一种特定的方法吗?

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r - 在减少值的条件下,R中的子集数据

找不到类似的问题,所以我们开始吧:我在 R 中有一个大型数据集,我想为危害分析做准备。因此,我想创建一个二分法生存变量。但是,我的危险事件有一个相对的解释,而不仅仅是某个值为 0。数据集的形式为:

加上一堆自变量和控制变量。ID 输入适合生存分析的子集,因为 y > 0。回到危险变量:我希望它取“1”,因为 y 的减小值低于阈值,即 y 达到的最大值的 75%关于 ID 组。因此,该危害必须满足两个条件:

  1. 值低于阈值(相对于它们的 ID)
  2. 值正在减少。因此,如果存在与上述类似的列,对于 ID 2 的前两个值,危险变量不应编码为“1”,因为这些值可能低于阈值但高于前一个值。

有人有解决方案吗?提前致谢?

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r - 在 r 中使用 predict.coxph 预测基线累积危险

我的目标是预测(从下面的拟合模型预测新观察的累积风险)从时间尺度 0 到拟合模型的开始时间的累积风险值。

我已经使用 2 次拟合了 cox 模型(开始时间不等于 0 和结束时间)。因此,我可以找到结束时间的累积风险(即从 0 到结束时间的累积风险,我已经使用相同的拟合模型计算)和开始时间的累积风险(即从 0 到结束时间,我想在这里计算),这最终将给出每次观察的开始时间和结束时间之间的 cum haz。

因此,为了获得我使用的预期事件数量predict(coxph(), newdata, type= "expected")

我使用的数据如下:

预测代码是:

pred2唯一的结果是“NA”值。有人可以指出我的想法或代码中是否有任何错误

如果需要进一步澄清,请告诉我。

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r - 类似于cox回归风险模型,我们可以使用survivalsvm得到生存曲线和风险比吗?

我是一个初学者,尝试使用机器学习对肺癌数据集进行生存分析。我知道如何使用 Cox 比例风险模型进行生存分析。Cox 比例风险模型为我们提供了风险比,它只是回归系数的指数。我想知道,我们是否可以使用机器学习来做同样的事情。作为初学者,我正在尝试survivalsvm使用 R 语言。请参阅此链接。我正在使用内置的癌症数据进行生存分析。以下是此链接中给出的 R 代码。

谁能帮我得到这个数据集的风险比或生存曲线?另外,如何解释这个函数的输出

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r - 如何在R中的ggplot中绘制风险比+ CI随时间的生存数据?

背景

我想绘制生存数据集随时间变化的风险比,包括其置信区间。作为示例,我将从survival包中获取一个简化的数据集:冒号数据集。

数据集包含接受治疗的患者(即“Lev+5FU”)和未接受治疗的患者(即“Obs”)。生存曲线如下:

在此处输入图像描述

试图

使用该cox.zph函数,您可以绘制 cox 模型的风险比。

在此处输入图像描述

但是,我想使用ggplot.

问题)

  1. 如何从 cox.zph 对象中提取风险比数据和 95% CI 以绘制它们ggplot
  2. 是否有其他R软件包可以更方便地做同样的事情?
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survival-analysis - 危险函数到 PDF 计算之间的转换

我正在尝试制定危险函数和概率密度函数之间的计算。

举个例子:pdf_arr = [0.2, 0.2, 0.2, 0.2, 0.2]

我的计算与以下内容不匹配:PDF -> Hazard -> PDF。

所以我正在尝试从转换PDF -> CDF -> Survival Function-> Cum Hazard -> Hazard -> PDF

以下是我计算的值: PDF to CDF 给了我 CDF: [0.2, 0.4, 0.6, 0.8, 1. ]
CDF to Survival 给了我 Survival: [1. , 0.8, 0.6, 0.4, 0.2].
Survival to Cumulative Hazard Func 给了我[0, 0.223, 0.511, 0.916, 1.609]
对危险的累积危险函数给了我[0, 0.223, 0.287, 0.405, 0.693])。
PDF 的危害给了我[0.2, 0.205, 0.213, 0.228, 0.277]

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python - 推断一定时间后的生存概率

我有不同时间段的危险率,我估计了不同时间段的生存概率。我想估计未来时间段的生存概率。

这是我在 Excel 危险率和生存概率上创建的表格:

数据

对于第一年的生存概率,我使用了以下公式

Q(1) = exp(-h(1)*dt), dt = 1

其中 h(1) 是第 0 年和第 1 年之间的危险率

Q(2) = Q(1)*exp(-h(2)*dt)), dt = 1,

其中 h(2) 是第 1 年和第 2 年之间的危险率

在我没有未来几年的危险率的情况下,如何估计未来几年的生存概率?

任何帮助将不胜感激 - 即使它在 python/R/excel 中。提前致谢

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r - 累积危险曲线的多状态建模和比较

如何使用多态方法将两条累积风险曲线与总体四个过渡态进行比较?我有从(下面)的过渡,我想比较 1 和 2 的累积危害,因为从视觉上看,从未经治疗到死亡 #1 从未经治疗到出院 #2 从治疗到死亡 #3 从治疗到出院 #4 存在一些差异

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python - 找到生命线危险函数的局部最大值

我正在尝试找到一种方法来检测危险函数的局部最大值点(使用生命线库绘制)。

Lifelines 库使您能够直观地绘制危害函数( plot.hazard() ),但是 - 如上所述 - 它只是函数的视觉表示,而不是函数本身。这意味着您显然不能将此函数作为参数传递给方法(即:来自 scipy.signals 库的 find_peaks)。

我想知道是否有人有解决方案来检测这些问题,请在下面找到我如何计算我的危险函数(在我突出显示局部最大值的最右边的图):

在此处输入图像描述

感谢任何会帮助我的人。

斯特凡诺