问题标签 [genetic]

For questions regarding programming in ECMAScript (JavaScript/JS) and its various dialects/implementations (excluding ActionScript). Note JavaScript is NOT the same as Java! Please include all relevant tags on your question; e.g., [node.js], [jquery], [json], [reactjs], [angular], [ember.js], [vue.js], [typescript], [svelte], etc.

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python - 如何在 Python 中实现与子进程的连续交互对话?

也许持续交互不是正确的短语。我想知道是否有人可以帮助我理解从 Python 程序调用程序作为子进程的基础知识?我一直在破解,但我一直遇到令人沮丧的错误。我最好用简单的例子来理解。我有一个名为 square.py 的程序保存到我的桌面,它使用以下代码:

有人可以简单地向我解释一下如何在 IDLE 中调用这个程序并与它保持持续的交互对话(让它保持打开并在后台运行)直到它自行终止?

最终,我将需要使用这些知识从 Python GUI(使用 tkinter)调用用 C 编写的遗传算法程序。遗传算法输出一组值,用户使用这些值做某事,并就这些值的效用向用户提供反馈。用户反馈的形式为 0-100。当遗传算法接收到输入时,它会施展魔法并输出另一个数字数组,希望它有更好的效用。所以我想在一个看起来很吓人的 C 程序周围包装一个 Python GUI,为 C 程序提供一个反馈值并接收一个数字数组。

我希望我解释了我正在努力做的事情;如果有人可以帮助我使用 subprocess 调用 square.py,传递一个值并取回它的输出,我会非常高兴。干杯!

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r - 如何将基因名称(hgnc_symbol)转换为 R 中的 Ensemble ID?“生物导体-biomart”

我有一个基因列表作为我的 eset 的行名,我想将它们转换为 Ensembl 基因 ID。我在 bioMart 包中使用了 getGene,但对于某些基因,它使用了两次相同的名称!这是我的代码的一个小例子:

如您所见,hgnc_symbol 列中有两个“IL10RA”条目;但我在行名(eset)中只有一个“IL10RA”;当我想将 Ensembl_ID 添加到 fData(eset) 时,这最终会导致问题!我怎么解决这个问题?得到这样的结果:

提前致谢,

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java - Java遗传算法中的一阶交叉

所以基本上我正在创建一个遗传算法,但是在实现交叉代码时我被卡住了。任何人都可以伸出援助之手,让我知道我的代码在实施订单一交叉时是否朝着正确的方向迈出了一步。或者任何人都可以给我订购一个交叉的伪代码吗?

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random - 尝试编写c++代码生成随机遗传密码

我编写了这个简单的程序来生成包含 ATGC 的随机遗传密码。我很确定代码是正确的;但是,它不会在我的系统上编译。如果有人可以调试它,将不胜感激。

这就是我想出的。

生成随机遗传密码的最简单代码

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algorithm - EvoSuite 的实现细节

我正在使用 EvoSuite,生成测试套件一切正常。但我需要知道它是如何工作的。我知道它使用 GA,但我对实现细节很感兴趣。1. 是否使用 AST(抽象语法树)来实现 GA?2. 有字节码;为了获得生成测试套件的所有必要信息,接下来要执行哪些步骤?

有没有关于这些问题的参考?谢谢你!

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c - 为什么我的遗传算法不会收敛,或者至少不会好一点?

首先,我讨厌问这样一个含糊不清的问题,但我到此为止。我正在尝试为旅行商经典 CS 问题制作遗传算法。

我试图很好地评论我的代码,例如让每一步都清楚地表明我正在尝试做什么。

我有一个结构节点对象,其中包含一个城市索引和 x,y 坐标。我正在从文件中读取城市列表并将结构节点的数组和它们的数量传递给我的函数。

如果您有任何问题,请询问。gui 每隔约 1000 次迭代就会更新一次,它肯定会发生变化,但似乎从来没有变得更好,即使我运行了很长时间的代数!

另外,如果您感到困惑,我将距离作为 uint64_t 返回,以获得比 double 更好的准确性和可移植性,但在执行适应度函数时将它们转换为 double 类型。(这一切都有效,我已经验证过了)

你能发现为什么它不会变得更好的任何错误吗?

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python-2.7 - 如何使用 DEAP 创建人口的三个互斥子集

我正在使用 Python 和 DEAP 遗传编程库。我有一个人口集,但我需要创建三个相互排斥且共同详尽的人口子集。这是 DEAP 本身支持的,还是我需要自己创建这些子集?

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algorithm - 如何使用遗传算法找到位于多边形边界内的最大圆?

我想实现代码,用遗传算法找到位于多边形边界内的最大圆。

有人知道吗?

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python-2.7 - 计算每个基因座的最大等位基因数的python程序

我正在尝试创建一个 python 程序,该程序将从我创建的文本文件中计算每个基因座的最大等位基因数。这是我正在使用的文本文件的示例。

在这个例子中,我有两个样本,其中有四个基因座的遗传数据(我的文件包含大约 500 个样本)。遗传数据是出现在每个基因座的等位基因。每个等位基因由三个数字组成。例如,在 sample1 和 locus1 中,代表了三个等位基因(102、222、245)。Sample1/Locus2 有两个等位基因(111 和 166);sample1/Locus3 有一个等位基因(234);和 sample1/Locus4 有两个等位基因(111 和 234)。

在下一个样本 sample2/Locus1 中有两个等位基因 (156,199);sample2/Locus2 有四个等位基因(111、229、233,289);sample2/Locus3 有两个等位基因(177、189),sample2/Locus4 有四个等位基因(227、233、299、303)。

我正在尝试创建一个 python 程序,该程序将找到在该样本中表达最多等位基因(最大数量)的基因座。在sample1中,表达的等位基因最多的是Locus1,因为它有3个等位基因,而Locus2和Locus4只有2个等位基因,Locus3只有1个等位基因。所以,我的输出数应该是 3。在 sample2 中,表达的等位基因最多的是 Locus2 和 Locus4。在这两个基因座上,它们有 4 个等位基因。所以我的输出数应该是 4。理想情况下,我的最终输出文件应该是旁边有最大等位基因数的样本列表。例如,

样品1 3

样品2 4

ETC....

此外,每个基因座由 7 个标签分隔,并且在每个基因座内,等位基因由一个标签分隔。

对于任何混淆,我深表歉意。我似乎无法弄清楚如何沿一行计算一组特定的数字(以文本文件中 7 个选项卡的倍数计算)并找出哪一组数字具有最高的这些数字集。 我会很感激任何想法。

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c# - 错误 CS0246:找不到类型或命名空间名称“AForge”。您是否缺少 using 指令或程序集引用?

我正在尝试在 Unity3D 中使用遗传算法制作一个 n-Queens,但每次都会出现此错误......

代码: