问题标签 [environment-modules]

我在这里扯头发，希望有人可以帮助我。

运行snakemake 4.8.0

我有一个蛇形管道，我使用两个 conda envs 和 --use-conda 运行它，当作为独立管道运行时它工作正常。

然而，当我在我们的集群上运行时，我得到了错误：

“'conda' 命令在 $PATH 中不可用。”

现在。Anaconda 安装在我们的集群上，但我们需要在节点上激活它：

另外，模块被定义为一个函数，所以我首先有一些东西。因此，在我的蛇文件的顶部，我有：

这并不能解决问题。

我什至放module load anaconda了我的.bashrc，但仍然不起作用。仅在集群执行时，我才收到有关未找到 conda 的错误。

我的其他更改.bashrc被snakemake拾取并被拾取，所以我不知道为什么它会出现conda问题。

我什至创建了一个 conda 环境，将 snakemake 和 conda 加载到该环境中，在提交脚本和 Snakefile 中激活环境：

它仍然显示“$PATH 中没有‘conda’命令。”

从字面上撕掉我的头发。

顺便说一句，我提交了 usingqsub -S /bin/bash和 useshell.executable("/bin/bash")但是创建的临时 shell 脚本由.snakemake运行/bin/sh- 这是预期的吗？

请帮我！

这是我的 .modulepath 文件，最后两行是我从另一个硬盘驱动器安装模块的路径。即使我添加了这些行，moduleavail 命令也不会获取这些文件夹中的任何模块。如果有人可以提供帮助，那将有很大帮助。

我什至尝试过使用module use /opt/apps/modulesfiles/Core

我寻找了 Linux 环境模块或 Conda 环境之间的区别，但我不清楚它们有何不同。基本上，我想在我的 Ubuntu 中安装 OpenMPI 和 Mpich，但它们共享几个编译器包装器。为了安全起见，我想隔离它们，那么我应该使用什么 - 模块或 Conda 环境或任何其他替代方案？

另外，如果我使用 Conda 环境，我可以将编译的软件二进制文件限制在环境中吗？我很惊讶我在基础环境中安装了一些软件，但我可以从另一个环境访问。

在 tcsh 中，我可以运行如下命令：

...使用这样定义的别名：

我正在尝试为 bash 获得与此等效的内容。

目前，我已经尝试为每个子命令创建一个单独的 bash 函数，如下所示：

我可以确定程序调用已经执行，因为不存在的模块（出于测试目的添加）gtk+/2.24.17 在 err.log 中创建了一个条目。

但是， java -version 仍然显示相同的旧版本，并且 module_list 不显示任何新模块。一切都在 tcsh 中运行良好（我使用模块添加别名代替）。我尝试了不同版本的模块命令。测试的最新版本是 3.2.10。结果在 RHEL6 和 RHEL7 上是一样的

任何想法如何解决这个问题？

编辑

基于一些聪明的评论，我尝试对 tcsh 使用完全相同的命令

它给出了相同的结果。任何知道该命令和命令之间区别的人

在tcsh？

所以我想问题是关于 modulescmd 与 tcsh 别名有何不同module add

BR帕特里克

我正在尝试在我的 Ubuntu 18.04 上复制教程。

有两行： module load dev/python/2.7.6 module load stats/R/3.2.1-Cairo

我不太确定如何加载模块。我尝试下载http://modules.sourceforge.net/。

我不知道该怎么做。如果我是正确的，我可能需要自己下载模块文件。有谁知道我在哪里可以这样做？

太感谢了！

我想在我们的集群环境中运行一个需要 python 2.7 的程序。问题是集群上安装的版本是2.6.6。因此，我尝试在我自己的文件夹中更新 python 版本。为此，首先我使用module avail python了命令，但没有任何显示！！！之后，我which python2.7在命令行上尝试了，我注意到它存在于/usr/bin/python2.7. 进入给定的子文件夹，我尝试过，module load python2.7但遇到以下错误：

ModuleCmd_Load.c(208):ERROR:105: Unable to locate a modulefile for 'python2.7'

如果有人能告诉我如何解决我的问题，我将不胜感激。

我最近在 Linux Mint 19 上安装了environment-modules软件包（版本4.1.1-1），我正在尝试弄清楚如何设置不同的环境。不幸的是，当您还不是该主题的专家时，文档只给出了很少的指示（我希望有一个简单的示例，但我发现大部分只是一个命令列表）。更具体地说，我有以下情况：

• 我在/usr/share/modules/.
• 我使用两种不同的编译器（GNU 和 Intel）编译了 OpenMPI。相应的二进制文件、库等分别位于/usr/local/modules/mpi/gnu和/usr/local/modules/mpi/intel中。
• 我想设置两个环境，一个用于 MPI 的每个编译版本，以便我可以轻松地在这些环境之间切换（module load mpi/gnu、module load mpi/intel或类似的东西）。

如果这个问题是微不足道的，或者之前已经发布过，我深表歉意。仅 Modules 包的名称就使得在网络上搜索支持变得异常困难（就像有人将他们的产品命名为Software；祝您在 Google 上找到您需要的东西）。您的帮助将不胜感激。

我目前正在使用 python 中的子进程模块进行脚本编写，尽管当我在 shell 中运行它并且尽管任何其他类型的命令在使用子进程模块执行时工作正常，但仍然无法执行命令“模块列表”命令。

我尝试过的两种变体：

和

对于诸如“echo hello world”之类的命令以及带有多个参数的更长命令，这些格式中的任何一种都可以正常工作。我运行命令的终端是否与用于使用子进程执行命令的 shell 不同？我得到的错误如下：

/bin/bash: line 1: module: command not found

我在将 bash 命令重构为 tcsh 友好命令时遇到问题。不太了解 tcsh 语法，所以我收到的错误不会给我任何线索。

整个 bash 脚本是关于在服务器上添加模块

我已经将前两个命令更改为 tcsh

但我不知道如何更改最后一个命令的语法。控制台返回错误“放置错误的 ()。”。

我可以问一点小教训，在这个命令中改变什么以使 tcsh 友好？

我经常需要创建包含命令module load的Linux 脚本。有没有办法在执行命令module unload之前测试模块是否已经加载？module unload

我需要这样做的原因是，如果我有一个module unload命令并且有问题的模块尚未加载，那么它将导致错误消息。我想通过测试已经加载的模块来避免这些错误消息，并且只有在这种情况下才卸载它。