问题标签 [environment-modules]

我正在熟悉conda和linux environment modules（lems此后），主要是为了实现可重复的研究。我知道这conda更适合于设置跨许多平台（HPC、笔记本电脑等）兼容的用户级环境，其中lems通常面向 HPC 并且通常部署在系统范围内。

但是，不清楚的是我是否可以使用conda大量替换lems，因为需要注意的是，conda如果每个用户管理自己的conda堆栈，则在使用许多二进制文件时会重复。

那么，从用户的角度来看，是否有任何明显的限制conda或者lems需要学习如何使用两者？

我正在尝试为我在集群上安装的应用程序创建一个模块文件。要运行该程序，我必须运行一个名为“phenix_env.sh”的脚本，其中包含以下内容：

而“setpaths.sh”包含以下内容

知道如何为它创建一个模块文件吗？

当我运行模块可用时，我得到：

我注意到人们使用模块来加载 gcc5 cuda10.0 module load gcc5 cuda10.0。就像这个人所做的那样： Slurm sbatch 用于 PyTorch 脚本耗尽节点；gres/gpu：节点 node002 的计数从 0 更改为 1

如何将 gcc5 和 cuda10.0 之类的内容添加到我的模块中？

我目前正在使用远程服务器（通过 ssh），我需要加载一些模块（模块加载 [package1][package2] ecc）。具体来说，它需要 numpy 版本 1.15.2，但在包含所有 numpy 版本的目录中，只有 1.14.0 版本。

无论如何，我能够得到包 numpy/1.15.2--python--3.6.4 （我显然没有权限在包含其他版本的 numpy 的目录中复制）所以我​​想知道我是否可以（以及如何）临时更改环境变量路径，以便仅在这种情况下指定“模块加载”应该查找的位置，而不是像其他模块那样的通常存储库。

最近，Spack 用于管理模块的机制（我指的是环境模块和 LMod）发生了一些变化，以允许更好地与 spack 环境集成（参见拉取请求 #23703）。

不幸的是，这也影响了 Spack 默认不再更新 MODULE_PATH 变量的事实；事实上，文档仍然报告说

如果您已经安装了支持的模块系统，您应该能够运行 moduleavail 或使用 -l spack 来查看已安装的模块文件。

但是，至少在我的机器上，在安装了几个包之后，moduleavail 命令没有显示任何新模块（我使用的是提交 9936182）。我想这是因为现在 Spack 想知道应该加载哪个环境。

当然，可以通过在 MODULE_PATH 环境变量中添加包含模块的目录来轻松解决问题，但我不确定这是最佳实践。有没有办法对spack说：“请加载默认环境的模块？”

谢谢

我已经安装了 numpy 使用

我现在可以导入 numpy 但 numpy 无法访问它的任何属性。

我不知道在 path/config 中设置什么以使其正常工作。

我在加载模块 python3.7.4 时尝试了设置

但没有任何效果，现在已经 2 天了。

我有这种错误

编辑：pythonpath 变量是错误的，现在，错误更新了

文件夹中的进一步调查

有一个文件叫

为什么找不到，名称是否正确或者是使用 pip 安装的错误？

我帮助维护一个 R 包，它自动生成 shell 脚本，以便使用 SlurmRscript在远程服务器上运行。有一个submit.sh脚本模板，其中填充了用户在 R 函数中提供的参数。module load R但是，有些系统配置了环境模块，因此在调用 shell 脚本之前需要有该行Rscript。

是否有一些我可以从 R 中执行的逻辑来检测是否module load R有必要将该行module load R包含在 shell 脚本中，以是否有必要为条件？

链接到我们的 R 包的源代码：rslurm
模板submit.sh：submit.sh.txt

我在尝试获取 .bashrc.user 文件时遇到了问题。当我在终端中获取文件时，它运行良好，没有任何抱怨。但是当我尝试在我的 bash 脚本中做同样的事情时，它给出了一些问题。这是我的代码的样子：

因此，每当我在脚本中执行此代码时，它都会给出错误并说module: command not found. 在 .bashrc.user 文件中，有一些模块命令执行诸如此类的操作module add git/2.22.0。正如我之前提到的，当我从终端获取它时它工作正常，但在脚本中使用相同类型的命令抱怨，这可能是什么问题？

setenv卸载模块时，使用该命令在环境模块中覆盖的环境变量未设置。文档中说可以恢复环境变量，但是没有提供方法。

我尝试使用条件执行，但以下模块 ( ~/privatemodules/test) 无法恢复环境变量FOO。

例如我得到：

有没有恢复原值的方法FOO。

我正在编写一个 bash 脚本来对文件执行一些命令。为此，我需要加载包含这些命令的模块。现在我可以从命令行很好地执行这些操作，但我想在脚本中实现检查以查看是否加载了这些模块，如果没有加载它们。这是我到目前为止所做的（我刚刚学习 bash 3 天，所以请原谅任何新手错误）：

它进入 if 语句，表示模块没有加载，然后说“正在加载 CDO...”，但是当我尝试使用来自该模块的命令时，它不起作用，因为模块似乎没有被执行. 但是“模块已加载”执行得很好。我究竟做错了什么？