r - 测试是否需要Linux环境模块的逻辑

Question

我帮助维护一个 R 包，它自动生成 shell 脚本，以便使用 SlurmRscript在远程服务器上运行。有一个submit.sh脚本模板，其中填充了用户在 R 函数中提供的参数。module load R但是，有些系统配置了环境模块，因此在调用 shell 脚本之前需要有该行Rscript。

是否有一些我可以从 R 中执行的逻辑来检测是否module load R有必要将该行module load R包含在 shell 脚本中，以是否有必要为条件？

链接到我们的 R 包的源代码：rslurm
模板submit.sh：submit.sh.txt

Answer 1

从 shell 脚本中，您可以检查是否module定义了 shell 函数，然后检查R模块是否存在，在这种情况下应尝试加载此模块：

type module >/dev/null 2>&1
if [ $? -eq 0 ] && module is-avail R; then
    module load R
fi

如果R模块已经加载，该module load命令将不执行任何操作。所以即使R模块已经加载，使用它也是安全的。