问题标签 [cowplot]

I have a heatmap (gene expression from a set of samples):

(The left side gets cut off because of the plot.margin arguments I'm using but I need this for what's shown below).

Then I prune the row dendrogram according to a depth cutoff value to get fewer clusters (i.e., only deep splits), and do some editing on the resulting dendrogram to have it plotted they way I want it:

And I plot them together using cowplot's plot_grid:

Although the align='h' is working it is not perfect.

Plotting the un-cut dendrogram with map1.plot using plot_grid illustrates this:

The branches at the top and bottom of the dendrogram seem to be squished towards the center. Playing around with the scale seems to be a way of adjusting it, but the scale values seem to be figure-specific so I'm wondering if there's any way to do this in a more principled way.

Next, I do some term enrichment analysis on each cluster of my heatmap. Suppose this analysis gave me this data.frame:

What I'd like to do is plot this data.frame as a heatmap and place the cut dendrogram below it (similar to how it's placed to the left of the expression heatmap).

So I tried plot_grid again thinking that align='v' would work here:

First regenerate the dendrogram plot having it facing up:

Now trying to plot them together:

plot_grid doesn't seem to be able to align them as the figure shows and the warning message it throws:

What does seem to get close is this:

This is achieved after playing around with the scale parameter, although the plot comes out too wide. So again, I'm wondering if there's a way around it or somehow predetermine what is the correct scale for any given list of a dendrogram and heatmap, perhaps by their dimensions.

我用下面的代码做了一个图，但是，我最近注意到我的一些数据点没有包含它们应该包含的错误栏，所以我在编写它几个月后重新访问了这个代码。在这段时间里，ggplot2 得到了更新，现在我的代码中出现了我不知道如何修复的错误。下面详细介绍这些。

我的代码是：

当我运行这一切运行正常，直到我来到最后一行代码p13 <- ggdraw(switch_axis_position(p4, axis = 'x'))

然后我收到以下错误：

gt$grobs[[ixl]] 中的错误：尝试选择少于一个元素此外：警告消息：1：panel.margin已弃用。请改用panel.spacing属性 2：删除 1 行包含缺失值 (geom_errorbarh)。

我不是经验丰富的编码员，所以我不确定如何解决这些错误。我没有在我的代码中使用 panel.margin，所以不确定如何将其更改为 panel.spacing。如果有人可以为此提供任何帮助以及gt$grobs[[ixl]]错误，我将不胜感激！

我aes_string()在一个函数中使用来创建一些图表。我正在使用 cowplot 进行主题化，这会将轴缩放到所提供数据的最大值，并在最大值处切断点的顶部或侧面，如下例所示。

因此，我想为该列的最大数据添加 5% 以增加一点空间。如果我不写函数，我可以做类似的事情

但是，我不知道如何使用aes_string(). 谁能解释如何做到这一点aes_string()？

我有cowplot的以下命令

并得到下图

但我想把图表集中起来，特别是图表的第三个数字（MUFAt）。有人可以帮帮我吗？

我一直在尝试关注如何为多个 ggplot2 制作共享图例。给定的示例按原样完美运行，但就我而言，我正在使用 tikzDevice 导出tikzpicture环境。主要问题似乎是图例键的宽度未被正确捕获grid_plot。

我想出了一个重现问题的最小 R 代码：

生成的 PDF 文件（编译 tmp.tex 后）如下所示：

我们可以观察到，第一个图例键（四）仅部分显示，图例键（八）完全不可见。我尝试更改tikz命令宽度无济于事。

另外，我怀疑问题背后的原因是 grid_plot 命令错误地测量了图例键的长度，如果它们包含乳胶标记。为了表明这是问题的原因，请考虑将 mpg2$cyl 的级别更改为以下内容：

这应该会产生以下带有完美图例的图：

请注意，上面的示例只是为了重现问题，而不是我想要做的。相反，我有四个图，我试图为它们使用一个共享的公共图例。

任何人都可以告诉我如何解决包含乳胶标记的图例问题？

顺便说一句，这是我的sessionInfo()：

谢谢你们。

我的目标是在 R 中生成绘图，以便它可以很好地打印在信纸上。下面是我的例子：

它生成丑陋的情节，我似乎无法找到一种很好地格式化情节的方法，即调整轴和字体的大小。有什么建议么？

我正在尝试使用 cowplot 中的 plot_grid 函数制作一个自定义图，其中第一行有一个树状图，第二行有两个表（彼此相邻）。现在最终发生的是我的树状图和表格被绘制，但在两个单独的 PDF 上。有没有办法让它们都绘制在同一页面上？下面是我的代码片段：

用于聚类（hclust）的 dput 输出片段：

通过ggplot2 + ggExtra + cowplot组合图形时，我找不到不绘制外框的方法。我不确定我必须在哪里告诉 R，但怀疑问题出在 ggExtra 上。这是一个例子：

任何提示将不胜感激！

我并排绘制了两个具有相同 y 轴刻度的图，并使用cowplot 对齐它们。我想删除右侧图的 y 轴，但是当我这样做时，这个图变得比左边的更宽（我希望这些图的大小相同）。有谁知道我如何删除正确图的 y 轴但保持两个图的大小相同？任何帮助将非常感激。由于数据的性质，我不能使用分面。我无法分享实际数据，也不知道如何模拟任何数据，但我希望这个问题不需要，并且我已经尽可能多地分享了代码。如果可能的话，我也想坚持使用cowplot。谢谢你。

我喜欢 的默认主题cowplot，但我想做一些更改。例如，我希望能够调整legend.key. 一个MWE，

但是，这不起作用。

有什么方法可以调整cowplot主题而不必手动重新定义整个该死的东西？