问题标签 [cowplot]

当我尝试使用cowplot 将条形图和点图拼接在一起时遇到错误。如果需要，我可以尝试整理一个工作示例，但我想我首先要看看是否有人能发现一个明显的问题。

条形图的代码和结果图如下：

条形图

点图的代码和结果图如下：

点图 我试图将两者与以下内容缝合在一起：

不幸的是，我收到一个关于“未知常量”的错误，我什至无法很好地查看该错误，因为它后面跟着大量的输出，使允许的控制台空间超载。

任何想法，将不胜感激。

我正在尝试使用 cowplot 来组合一些 ggplot2 图。它应该是直截了当的，但是我的 R 或 Rstudio surly 中的某些东西坏了。我不知道什么。我可以让它与 grid.arrange 一起工作，但我的 rmarkdown 文件中的输出并没有那么好。我将代码分解到最小数量以重新创建错误，并且超出了 rmarkdown

我收到此错误：

FUN("text"[[1L]], ...) 中的错误：

主题元素“文本”具有 NULL 属性：边距、调试

我必须分离cowplot，但可以使用以下代码与gridExtra接近：

此代码输出： grid.arrange plot

事实证明，如果我尝试在加载 ggplot2 和 cowplot 库的情况下制作任何 ggplot，我会收到“FUN 消息错误”。R 3.1.3，RStudio 0.99.903，cowplot 0.4.0，ggplot2 2.1.0

我至少重新安装了所有东西两次，并在另一台计算机上遇到相同的错误情况。我可以让它以有限的方式工作。如果我在运行除 plot_grid() 块之外的所有其他代码之后等待调用 cowplot 库，那么它将编织并给我 cowplot 输出。我不能仅在 Rmarkdown 中在 R 脚本中重新创建它，但是我必须让它成为 markdown 的最后一块，之后任何 ggplot 尝试都会导致编织失败。

短期我使用 grid.arrange() 并且只是接受结果，长期我希望有 cowplot 作为一个选项。

有什么想法或建议吗？

我最近安装了这个cowplot包。但是，在这样做之后，我注意到我的 ggplots 缺少它们的背景和网格线theme_grey()！

创建上述每个图的代码是：

在没有明确调用的情况+ theme_grey()下，我得到了左边的情节。

这里发生了什么？我认为这theme_grey()是默认值。如何查看我的默认主题是什么？

这是我的一个片段sessionInfo()：

我有两个ggplots 我正在尝试使用cowplot's组合在一起plot_grid：

首先data.frame和ggplot：

第二data.frame和ggplot：

我的plot_grid命令是：

因为我想要sub.plot一半的高度main.plot和底部对齐。这就是我得到的：

玩弄rel_heights似乎并没有改变任何东西。

我正在尝试使用Gviz'splotTracks函数生成轨迹图。

例如，我试图从gencode.v25.primary_assembly.annotation.gtf绘制这三个成绩单：

（全部来自基因ENSG00000161791.13：）

因此，我尝试使用仅包含以下三个成绩单记录的GeneRegionTrackdata.frame进行调用：GTF

并且（天真地）GeneRegionTrack尝试my.transcripts.gtf.df：

我有点乱：

那是因为它GTF比 CDS/exon/UTR 记录有更多的记录，这将使plotTracks更有条理。

我试过了：

我得到：

这仍然是一团糟。但我注意到的是 3'UTR 似乎与所有外显子具有相同的宽度。

因此，我尝试处理 myGTF以使其Gviz与其小插图中的内容兼容：

接着：

所以：

现在给出：

只有utr3中间的成绩单具有适当的较小宽度，而其他两个则没有。

据我检查my.transcripts.gtf.df是兼容的：

用在Gviz's小插图中。

所以我的问题是：

1. 有没有一种简单的方法可以从标准文件Gviz中绘制请求，而不必经历编辑它的麻烦。可能不是，因此需要与. 那么知道为什么utr3的行为不端吗？transcriptGTFGTFgeneModels data.frame

2. 哪个参数displayPars(gene.region.track)控制轨道之间的间距？如果我将displayPars(gene.region.track)$stackHeight <- 0.1轨道设置得更窄，从而在它们之间留下很大的空间，我想缩小那个空间。

我正在尝试gridGraphics::grid.echo根据此链接使用，因此我可以将Gviz plotTracks绘图与ggplotusing cowplot's结合起来plot_grid。

以下Gviz的小插图和这个链接，这就是我所做的：

我得到这个错误：

知道gridGraphics's grid.echowith Gviz' 的plotTracks情节有什么问题吗？

我有一个包含 5 个图和一个共享图例的面板，我想将其排列在（2 行，3 列）网格中。右下角的面板应该用于图例。

这遵循此处给出的教程： https ://cran.r-project.org/web/packages/cowplot/vignettes/shared_legends.html

现在的问题是，我在小插图中修改了最后一个绘图命令：

但我无法掌握 draw_grob 参数中给出的（明显？）坐标系的逻辑。有人可以澄清如何将图例导航到空白点吗？

请注意，我不能在“plot_grid”中使用对象“legend”，因为它会阻止对齐工作。

我想通过 for 循环将多个 ggplots 保存为 jpeg。但是当我尝试修改我为基本绘图命令编写的代码时，我没有得到任何输出（没有任何内容保存到我的工作目录中）。

例如，这很好用：

我最终将三个 jpeg 文件保存到我的工作目录中。

我不确定如何在此处正确索引 ggplot 调用 i，但即使这样也应该返回相同图的 3 个实例：

最后，我希望将多个图合并到一个 jpeg 上，然后像这样保存多个 jpeg：

所以这个图还应该返回同一个图的 3 个实例，它们都具有不同的索引文件名。但同样，我什么也没得到。

所以我的问题是为什么在这个 for 循环中通用绘图和 ggploting 之间存在差异。以及如何从上面的 ggplots 中保存多个 jpeg？

我想使用cowplot将一些图表组合在一起。但我无法更改边距大小。我只想使用一个 y 轴，但余量仍然很大，我想减少。我使用了 ggplot 中的 plot.margin 代码，虽然当我查看单个图时它有效，但当图合并时它似乎不起作用。

我做了一些示例代码：

我知道我可以通过使用构面来避免这个问题，但是我的真实情节比这张图要复杂得多。

我有不同的数据框提供相同因素的相同水平的信息。最终，我想要一个 pdf，其中包含每个页面的 ggplot2 图表、一个 gridExtra tableGrob 和作为标题的文本，来自不同的数据框。每个页面将显示 1 个因子水平的信息。使用 cowplot 我设法很好地组织了 1 页，但我找不到一种方法来制作 for 循环或其他任何东西自动完成约 1000 页。

这是我的数据的可重现示例：

这个最小示例的结果很丑陋，对此我深表歉意！在我的真实数据中，它达到了与cowplot如此美妙的“出版图质量”。

所以理想情况下，我能够做到这一点，因为我轮流考虑因素“事实”的所有级别（这里是 2 个级别，在真实数据中 ~ 1000）......这是我（非常有限）R 知识和对已回答问题的互联网探索结束。我应该使用 for 循环、制作列表、列表列表、使用 dplyr group_by 吗？

非常感谢任何帮助！