问题标签 [cdo-climate]

我正在与 MITgcm 合作进行一些模拟，特别是使用内波模型；我得到了带有结果的 .nc 文件，但有些变量的坐标并不完全相同。我自己解释一下：我想计算出速度的分量，但是由于一些我不完全理解的数字原因，水平速度坐标位于单元格的左侧，而垂直坐标位于单元格的 bot 侧. 要使用速度数据进行操作，我需要统一所有坐标的参考。

我想过做这样的事情

所以我将把我的坐标全部放在单元格的中心和同一个参考中。

我不知道该怎么做，使用 python，编辑 NetCDF 文件。我可以很高兴只提取所有u和v数据，像我说的那样进行编辑并使用这两个变量创建一个新的 NetCDF 文件。

那可能吗？我怎样才能做到这一点？

编辑：添加了 ncdump 信息

我正在使用 netcdf 文件，并且我一直在使用 CDO 进行一些分析，然后使用 R。我想知道是否可以在同一个脚本中直接从 R“调用”CDO . 我不确定如何（我一直在尝试使用 System() 来调用命令..但我不明白）。有人对此有想法吗？这有没有可能？？

提前谢谢了

我有一个时间序列值，我想在数据序列变为正数时找到第一个时间步的时间或日期。我知道我可以将它读入 python、R 或 Fortran 脚本来执行它，但我想知道我是否可以从 BASH 的命令行中执行它，也许使用 nco 或 cdo？

我想用

做一个面具，但这对我没有多大帮助。我需要以某种方式根据数据的符号拆分文件，然后我可以简单地使用

通过管道传输到 awk。

这里有一个小示例文件的链接：

http://clima-dods.ictp.it/Users/tompkins/se/trmm_per10_pc0_year2000_nc2.nc

有小费吗？

我正在使用 netcdf 运算符将两个 NCEP netCDF 文件附加在一起。这些文件大小不同，但它们代表相同的大气变量，即位势高度。一个是 1000 hPa，另一个文件是 925 hPa。它们具有相同的尺寸和相同的纬度和经度范围。两者都代表同一时刻

这是我正在使用的命令 - ncks -A hgt_1000.nc hgt_925.nc

该命令运行没有任何问题，但是当我查看 hgt_925.nc 的输出时，它看起来文件尚未合并。查看 NCO 文档，它们看起来必须具有相同的大小才能附加。还有其他方法吗，还是我应该编写自己的代码来追加？这些是使用 nccopy 下载的 netCDF4 文件经典文件。

假设有两个 netCDF 文件（在我的例子中是 nc4），每个变量都有 3 个维度：纬度、经度和时间（年）。它们具有不同的时间跨度（例如 1700-2005 和 2005-2100 - 它们在 2005 年重叠）。如何连接它们以获得一个跨越 1700-2100 的 nc4 文件？

简单地尝试 NCO 运算符 ncrcat file1.cn4 file2.nc4 result.nc4会给出一个跨越 [1700-2005, 1700-1795] 的文件。运行该行时会发出警告：nco_cln_clc_dff<><> failed to initialize UDUnits2 library. 根据这篇文章，我不应该担心。

我还使用了NCO 手册 中描述的附加功能ncrcat --rec_apn file2.nc4 file1.cn4。我得到一个结果时间跨度 [2005-2310,2005-2100] 和一个警告：（ncrcat: WARNING Intra-file non-monotonicity. Record coordinate “time” does not monotonically decrease between input file file2.nc4 record indices: 94,95 output file1.nc4 record indices 400,401 ...索引在这里不太重要，因为我收到了每个索引的警告）

请注意，我可以在没有时间跨度问题的情况下与Linux上的CDOcdo mergetime file1.cn4 file2.nc4 result.nc4连接：（或cdo -z zip_3 mergetime file1.cn4 file2.nc4 result.nc4获得 3 级压缩）。另请注意，为了处理重叠的 2005 年，我必须export SKIP_SAME_TIME=1在调用之前使用（仅第一次出现）。cdo mergetime

使用 RI 尝试了以下方法：

我让它运行了将近 2 个小时，然后我停止了运行。由于我必须为数百个 nc4 文件执行此操作，所以我不能等那么久。运行时没有大喊任何错误，但我不确定代码是否正确。

我使用 Windows 7、64 位、8Gb RAM。对于 R -“R 版本 3.3.0 (2016-05-03)”

更新：用 R 打印这两个文件的一些元数据

1）文件1.nc4

2）文件2.nc4

希望能帮助到你

我想替换所有的 -999.0 值。netCDF 文件由 0.0. 文件在这里： https ://www.dropbox.com/s/ohh7tntzm2pj1uw/all_SSP3_BaU_NoCC.nc?dl=0

这是我的功能：

但是，该功能似乎不起作用。没有 -999.0 值被替换。如何解决这个问题？

我在 R 中使用 for 循环从文件夹中读取 netCDF 文件并提取给定经度、纬度列表的值。它看起来像工作，除了一个问题。当循环根据日期返回值时，它会在 2 月 28 日之后创建 1 月 29 日到 31 日。像往常一样，我希望在 2 月 28 日或 29 日（闰年）之后的 3 月 1 日。这是我的 R 代码：

您可以通过此链接找到三个月的每日 netCDF 数据： https ://drive.google.com/open?id=0B8rqKaYt0VEaMWVGc1gzdXI1U28

我很困惑为什么 cdo 和 ncdump 显示不同的变量。我发现 WRF 数据没有时间坐标变量，如典型的 ncfile ( http://www.ncl.ucar.edu/Applications/wrfnetcdf.shtml )。所以我在我的所有 nc 文件中添加了一个时间变量，也许我添加这个时间变量的方式是它没有出现在 cdo showname 中的原因？（这和以前的问题一样，只是希望措辞更清楚）

使用 ncdump 在这里显示时间变量：

此处没有使用 cdo 显示时间变量：

我已经使用 grads 中的basemap.gs脚本屏蔽了 NetCDF 文件。这是我使用面具得到的结果：

所以，我想获得一个只包含大陆数据的 NetCDF 文件，有人可以帮我吗？

我在一个网格上有一个大约 100 个时间步长的 netcdf 文件，其中一个变量是在时间步长上累积的。我现在有兴趣计算每个时间步对变量值的贡献（即连续时间步的差异）。

目前我使用以下顺序：

1. 要将每个时间步提取到我使用的新文件cdo seltimestep,$i ...中，
2. 计算每个差异到一个新文件中cdo sub $i ${i-1} ...
3. 最后将这些新文件合并cdo mergetime ...到一个结果文件中。

在我看来，这对于性能来说非常繁琐且不理想。由于时间步长，我不能使用 cdo 管道，因此需要同时创建许多文件。

有没有一种更好的解决方案可以使用 cdo（或其他类似 nco/ncl 的东西）将累积变量转换为时间步长值？