首先让我抱怨 OP 没有提供所有必要的数据。该程序几乎完成,但它不是一个最小的、可重现的示例。这很重要,因为(a)它浪费时间,(b)它隐藏了潜在的相关信息,例如。关于矩阵初始化。其次,OP 没有提供有关编译的任何详细信息,这也可能是相关的。最后但并非最不重要的一点是,OP 没有检查状态代码是否存在来自 Lapack 函数的可能错误,这对于正确解释结果也很重要。
让我们从一个最小的可重现示例开始:
#include <lapacke.h>
#include <vector>
#include <chrono>
#include <iostream>
using Matrix = std::vector<std::vector<double>>;
std::ostream &operator<<(std::ostream &out, Matrix const &v)
{
const auto size = std::min<int>(10, v.size());
for (int i = 0; i < size; i++)
{
for (int j = 0; j < size; j++)
{
out << v[i][j] << "\t";
}
if (size < std::ssize(v)) out << "...";
out << "\n";
}
return out;
}
void matrix_inverse_lapack(Matrix const &F_matrix, Matrix &F_output, std::vector<int> &IPIV_buffer,
std::vector<double> &matrix_buffer)
{
// std::cout << F_matrix << "\n";
auto t0 = std::chrono::steady_clock::now();
const int N = F_matrix.size();
for (int i = 0; i < N; i++)
{
for (int j = 0; j < N; j++)
{
auto idx = i * N + j;
matrix_buffer[idx] = F_matrix[i][j];
}
}
auto t1 = std::chrono::steady_clock::now();
// LAPACKE routines
int info1 = LAPACKE_dgetrf(LAPACK_ROW_MAJOR, N, N, matrix_buffer.data(), N, IPIV_buffer.data());
int info2 = LAPACKE_dgetri(LAPACK_ROW_MAJOR, N, matrix_buffer.data(), N, IPIV_buffer.data());
auto t2 = std::chrono::steady_clock::now();
for (int i = 0; i < N; i++)
{
for (int j = 0; j < N; j++)
{
auto idx = i * N + j;
F_output[i][j] = matrix_buffer[idx];
}
}
auto t3 = std::chrono::steady_clock::now();
auto whole_fun_time = std::chrono::duration<double>(t3 - t0).count();
auto lapack_time = std::chrono::duration<double>(t2 - t1).count();
// std::cout << F_output << "\n";
std::cout << "status: " << info1 << "\t" << info2 << "\t" << (info1 == 0 && info2 == 0 ? "Success" : "Failure")
<< "\n";
std::cout << "whole function: " << whole_fun_time << "\n";
std::cout << "LAPACKE matrix operations: " << lapack_time << "\n";
std::cout << "conversion: " << (whole_fun_time - lapack_time) / whole_fun_time * 100.0 << "%\n";
}
int main(int argc, const char *argv[])
{
const int M = 5; // numer of test repetitions
const int N = (argc > 1) ? std::stoi(argv[1]) : 10;
std::cout << "Matrix size = " << N << "\n";
std::vector<int> IPIV_buffer(N);
std::vector<double> matrix_buffer(N * N);
// Test matrix_inverse_lapack M times
for (int i = 0; i < M; i++)
{
Matrix CO_CL(N);
for (auto &v : CO_CL) v.resize(N);
int idx = 1;
for (auto &v : CO_CL)
{
for (auto &x : v)
{
x = idx + 1.0 / idx;
idx++;
}
}
matrix_inverse_lapack(CO_CL, CO_CL, IPIV_buffer, matrix_buffer);
}
}
在这里,这operator<<
是一种矫枉过正,但对于任何想要半手动验证代码是否有效(通过取消注释第 26 和 58 行)的人可能有用,并且确保代码正确比测量其性能更重要。
代码可以编译
g++ -std=c++20 -O3 main.cpp -llapacke
该程序依赖于一个lapacke
需要安装的外部库,头文件+二进制文件,以编译和运行代码。
我的代码与 OP 的代码有些不同:它更接近“现代 C++”,因为它避免使用裸指针;我还添加了外部缓冲区来matrix_inverse_lapack
抑制内存分配器和释放器的持续启动,这是一个小的改进,可以以可测量的方式减少 2D-1D-2D 转换开销。我还必须初始化矩阵并找到一种方法来在 OP 的脑海中读取N
可能的值。我还添加了一些用于基准测试的计时器读数。除此之外,代码的逻辑没有改变。
现在在一个体面的工作站上进行基准测试。它列出了转换所用时间相对于 所用总时间的百分比matrix_inverse_lapack
。换句话说,我测量了转换开销:
N = 10, 3.5%
N = 30, 1.5%
N = 100, 1%
N = 300, 0.5%
N = 1000, 0.35%
N = 3000, 0.1%
正如预期的那样,Lapack 所花费的时间很好地缩放为 N 3(数据未显示)。对于 N = 3000,反转矩阵的时间约为 16 秒,对于 N = 10,约为 5 -6 s(5 微秒)。
我认为即使是 3% 的开销也是完全可以接受的。我相信 OP 使用大小大于 100 的矩阵,在这种情况下,1% 或以下的开销肯定是可以接受的。
那么什么 OP(或任何有类似问题的人)可能做错了以获得“不可接受的开销转换值”?这是我的短名单
- 编译不当
- 不正确的矩阵初始化(用于测试)
- 基准测试不当
1.编译不当
如果忘记在发布模式下编译,最终会导致优化的 Lapacke 与未优化的转换竞争。在我的机器上,当 N = 20 时,开销达到 33% 的峰值。
2. 矩阵初始化不当(用于测试)
如果像这样初始化矩阵:
for (auto &v : CO_CL)
{
for (auto &x : v)
{
x = idx; // rather than, eg., idx + 1.0/idx
idx++;
}
}
那么矩阵是奇异的,lapack 很快返回,状态不为 0。这增加了转换部分的相对重要性。但是奇异矩阵并不是人们想要反转的(这是不可能的)。
3. 标杆不当
下面是 N = 10 的程序输出示例:
./a.out 10
Matrix size = 10
status: 0 0 Success
whole function: 0.000127658
LAPACKE matrix operations: 0.000126783
conversion: 0.685425%
status: 0 0 Success
whole function: 1.2497e-05
LAPACKE matrix operations: 1.2095e-05
conversion: 3.21677%
status: 0 0 Success
whole function: 1.0535e-05
LAPACKE matrix operations: 1.0197e-05
conversion: 3.20835%
status: 0 0 Success
whole function: 9.741e-06
LAPACKE matrix operations: 9.422e-06
conversion: 3.27482%
status: 0 0 Success
whole function: 9.939e-06
LAPACKE matrix operations: 9.618e-06
conversion: 3.2297%
可以看到,第一次调用 lapack 函数所花费的时间可能是后续调用的 10 倍。这是一个相当稳定的模式,好像 Lapack 需要一些时间进行自初始化。它会严重影响小 N 的测量。
4. 还有什么可以做的?
OP 似乎认为他对 2D 数组的处理方法很好,而 Lapack 在将 2D 数组打包成 1D 数组时很奇怪且过时。不,Lapack 是对的。
如果将 2D 数组定义为vector<vector<double>>
,则可以获得一个优势:代码简单。这是有代价的。这种矩阵的每一行都与其他行分开分配。因此,100乘100的矩阵可以存储在100个完全不同的存储块中。这对缓存(和预取器)的利用率有不良影响。Lapck(和其他线性代数包)强制将数据压缩到单个连续数组中。这是为了最大限度地减少缓存和预取器未命中。如果 OP 从一开始就使用这种方法,他可能会获得超过他们现在为转换支付的 1-3% 的收益。
这种紧凑化可以通过至少三种方式实现。
- 为 2D 矩阵编写自定义类,将内部数据存储在 1D 数组中并方便访问成员函数(例如:)
operator ()
,或者找到一个可以做到这一点的库
std::vector
为(或查找库)编写自定义分配器。此分配器应从预先分配的一维向量中分配内存,该向量与 Lapack 使用的数据存储模式完全匹配
- 使用
std::vector<double*>
和初始化指针,地址指向预先分配的一维数组的适当元素。
上述每个解决方案都会强制对周围的代码进行一些更改,而 OP 可能不想这样做。一切都取决于代码复杂性和预期的性能提升。
编辑:替代库
另一种方法是使用以高度优化而闻名的库。Lapack 本身可以被视为具有许多实现的标准接口,并且可能会发生 OP 使用未优化的接口。选择哪个库可能取决于 OP 感兴趣的硬件/软件平台,并且可能会随时间而变化。
至于现在(2021 年年中),一个不错的建议是:
如果 OP 使用大小至少为 100 的矩阵,那么面向 GPU 的 MAGMA 可能值得尝试。
一种更简单(安装、运行)的方法可能是使用并行 CPU 库,例如 Plasma。Plsama 是符合 Lapack 的,它是由包括 Jack Dongarra 在内的一大群人开发的,它也应该很容易在本地编译它,因为它提供了 CMake 脚本。
一个基于并行 CPU 的多核实现可以在多大程度上优于 LU 分解的单线程实现的示例可以在这里找到,例如:https ://cse.buffalo.edu/faculty/miller/Courses/CSE633/Tummala -Spring-2014-CSE633.pdf(简短回答:大小为 1000 的矩阵的 5 到 15 次)。