r - 是否有 R 函数将单个变量绘制为热图？

Question

我已经生成了一些 RNA-seq 数据，并在两组和倍数变化 (log2FC) 之间列出了我的 DE 基因列表。

我希望能够在类似于此图中的单个条形图中为该组比较绘制 log2FC 的摘要热图

.

有人会碰巧知道我如何为此编写一个 ggplot 脚本吗？

谢谢你。

Answer 1

geom_tile()您可以使用ggplot实现非常相似的效果。

library(ggplot2)
library(tidyr)
library(dplyr)

# generate random fold changes
df <- data.frame(
  group1 = rnorm(100),
  group2 = rnorm(100)
)
# get order by first group
df$pos <- rank(df$group1, ties.method="first")

# convert from wide to long for ggplot
df.long <- pivot_longer(
  df, c("group1","group2"),
  names_to="group", values_to="logFC"
)

ggplot(df.long, aes(x=pos, y=reorder(group, desc(group)), fill=logFC)) +
  geom_tile() +
  scale_fill_gradient2(low="blue", mid="black", high="yellow", midpoint=0) +
  theme_void() +
  theme(
    legend.position="top",
    axis.text.y=element_text()
  )

产生的情节：