0

我想将 DisplacementFieldTransform 保存为 SimpleITK 中的图像。

文档说：

位移场，例如存储在 DisplacementFieldTransform 对象中的位移场，也可以保存为图像（.nrrd、.nhdr、.mha、.mhd、.nii、.nii.gz）。

但是当我这样做时

demons = sitk.FastSymmetricForcesDemonsRegistrationFilter()
demons.SetNumberOfIterations(15)
# Standard deviation for Gaussian smoothing of displacement field
demons.SetStandardDeviations(1.0)

demons.AddCommand( sitk.sitkIterationEvent, lambda: command_iteration(demons) )

displacementField = demons.Execute(followup, baseline)

deformation_field = sitk.DisplacementFieldTransform(displacementField)

deformationFieldPath = os.path.join(destinationDataPath, str(patientId) + '_deformationField.nrrd')

sitk.WriteTransform(deformation_field, deformationFieldPath)

我收到以下错误：

RuntimeError: Exception thrown in SimpleITK WriteTransform: /tmp/SimpleITK-build/ITK/Modules/IO/TransformBase/include/itkTransformFileWriter.hxx:167:
itk::ERROR: TransformFileWriterTemplate(0x555a72b3e700): Could not create Transform IO object for writing file /home/amasson/fastai/EMISEP-differences/6_deformationField.nrrd
  Tried to create one of the following:
    HDF5TransformIOTemplate
    HDF5TransformIOTemplate
    MatlabTransformIOTemplate
    MatlabTransformIOTemplate
    TxtTransformIOTemplate
    TxtTransformIOTemplate
  You probably failed to set a file suffix, or
    set the suffix to an unsupported type.

如何将我的 DisplacementFieldTransform 保存为图像？

4

1 回答 1

1

DisplacementFieldTransform 有一个返回 Image 的 GetDisplacementField（和 GetInverseDisplacementField）方法。使用该 Image 对象，您可以调用 WriteImage 并将其导出为您喜欢的任何图像格式。

这是 DisplacementFieldTransform 类的文档：https ://simpleitk.org/doxygen/latest/html/classitk_1_1simple_1_1DisplacementFieldTransform.html

于 2020-05-11T15:37:20.533 回答