r - 通过 ggplot2 抑制小提琴图中的分散抖动点

Question

以下用于在 ggplot2 中生成小提琴图：

ggplot(violin,aes(x=variable,y=log(value+0.5),color=Group)) + 
  geom_violin(scale="width") + 
  geom_jitter(aes(group=Group), position=position_jitterdodge()) + 
  stat_summary(fun.y="mean",geom="crossbar", mapping=aes(ymin=..y.., ymax=..y..), 
     width=1, position=position_dodge(),show.legend = FALSE) + 
  theme(axis.text.x = element_text(angle = 45, margin=margin(0.5, unit="cm")))

结果图如下所示；

正如你所看到的，有些点在小提琴形状的边界之外抖动，我需要这些点在小提琴的内部。我玩过不同程度的抖动，但都取得了成功。我将不胜感激任何实现这一目标的指针。

Answer 1

该软件包ggbeeswarm具有 geoms quasirandom 和 beeswarm，它们完全符合您的要求：https ://github.com/eclarke/ggbeeswarm

Answer 2

这是一个有点老的问题，但我认为有更好的解决方案。

正如@Richard Telford 在评论中指出的那样，geom_sinaIMO 是最好的解决方案。

模拟数据

df <- data.frame(data=rnorm(1200), 
                 group=rep(c("A","A","A", "B","B","C"),
                           200)
                 )

制作情节

ggplot(df, aes(y=data,x=group,color=group)) +
  geom_violin()+
  geom_sina()

结果

希望这会有所帮助。

Answer 3

选项1

使用 geom_beeswarm 包中的 geom_quasirandom 函数：

quasirandom geom 是一种在类别内偏移点以减少过度绘制的便捷方法。使用 vipor 包。

library(ggbeeswarm)
p <- ggplot(mpg, aes(class, hwy))
p + geom_violin(width = 1.3) + geom_quasirandom(alpha = 0.2, width = 0.2)

选项 2

不是一个令人满意的答案，因为通过限制水平抖动我们破坏了处理过度绘图的目的。但是您可以扩大小提琴图的宽度 ( width = 1.3)，并alpha调整透明度并限制水平抖动 ( width = .02)。

p <- ggplot(mpg, aes(class, hwy))
p + geom_violin(width = 1.3) + geom_jitter(alpha = 0.2, width = .02)