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我试图用一些真实数据制作火山图，使用 log2(ratio) 与 Z 值显着性。然而，与“正常”火山图相反，点的分散太少了，我得到了一个尖锐的“V”形图。

我知道，如果相同的 X 值具有不同的 Y 值，则会发生分散。但是我在这里缺少什么？

情节看起来很奇怪：http: //img402.imageshack.us/i/volcanoi.jpg/

数据（比率）可从 pastebin 或附件中获得：http: //pastebin.com/m2Jss3qF

R代码：我在这里做错了吗？

data <- read.table("data.txt",header=FALSE)
ratio <- data$V1
ratio.mean <- mean(ratio)
ratio.sd <- sd(ratio)
ratio.log <- log2(ratio)
z <- (ratio-ratio.mean)/(ratio.sd)
z.sig <- 2*pnorm(-abs(z))
z.tsig <- 2*pt(-abs(z),df=length(ratio)-1) ## sig from t-dist

op <- par(mfrow=c(1,4))
plot(ratio.log,-log10(z.sig))
plot(ratio.log, -log10(z.tsig))
plot(ratio.log,z.sig)
plot(ratio,z)
par(op)
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1 回答 1

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我对您的数据的含义以及为什么以这种方式生成 p 值感到有些困惑。

无论如何，火山图通常在 x 轴上具有倍数差异，在 y 轴上具有 p 值。你得到了一个奇怪的形状，因为本质上你是根据它与数据平均值的距离来生成特定数据点的 p 值（这有点奇怪）。

考虑高于平均值的数据。随着数据点越来越接近平均值，相关的 p 值单调增加。相反，倍数变化也单调减少。

于 2011-01-20T15:20:10.873 回答