2

我想用它来转换一堆标识符，但我需要确切地知道为每个分类代码分配了哪个分类等级。下面显示的是一个有意义的转换示例，但我不知道如何标记一些分类调用。基本分类等级是：（域、界、门、类、目、科、属和种） https://en.wikipedia.org/wiki/Taxonomic_rank。

在大多数情况下，这很容易，但如果有细菌的亚种和菌株，这可能会让人感到困惑。

如何让 ete3 指定谱系 ID 在分类等级中对应的等级？ 

import ete3
import pandas as pd

ncbi = ete3.NCBITaxa()
taxon_id = 505
lineage = ncbi.get_lineage(taxon_id)
Se_lineage = pd.Series(ncbi.get_taxid_translator(lineage), name=taxon_id)
Se_lineage[lineage]


1                       root
131567    cellular organisms
2                   Bacteria
1224          Proteobacteria
28216     Betaproteobacteria
206351          Neisseriales
481            Neisseriaceae
32257               Kingella
505          Kingella oralis
Name: 505, dtype: object
4

1 回答 1

1

用来ncbi.get_rank()获取字典{id:name}然后做一些基本的转换来获取{name:taxonomy}

于 2017-09-11T18:20:43.590 回答