这是我的第一篇文章，所以如果我听起来很傻或者我正在寻找的答案已经存在，请原谅我。
我的主要问题是：我创建了一个包含 4 列（一个字符列、两个数据列和一个包含字符列每个级别的距离矩阵的列）的小标题，我正在尝试创建一个使用第四列的距离矩阵作为因变量，第二列的一些自变量。问题是 R 一直警告我它找不到因变量。
我使用的包如下：
library(easypackages)
libraries('tidyverse', 'broom')
包含我的 IV 的小标题如下所示：
IVs_tibble
# A tibble: 175 × 8
Site Region IV.1 IV.2 IV.3 IV.4 IV.5 IV.6
<chr> <chr> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl>
1 Site.1 A 387 169 460 234 137 445
2 Site.2 A 197 172 449 192 141 422
3 Site.3 A 86 179 432 78 147 398
4 Site.4 A 14 183 404 4 152 375
5 Site.5 B 86 179 407 80 148 382
6 Site.6 B 18 175 422 154 146 397
7 Site.7 C 132 172 429 211 142 413
8 Site.8 C 99 178 404 120 147 385
9 Site.9 D 73 177 409 150 146 382
10 Site.10 D 77 175 417 182 145 383
# ... with 165 more rows
然后我嵌套它：
by_region <- IVs_tibble %>% group_by(Region) %>% nest()
这是它的外观：
by_region
# A tibble: 6 × 2
Region data
<chr> <list>
1 A <tibble [60]>
2 B <tibble [84]>
3 C <tibble [10]>
4 D <tibble [6]>
5 E <tibble [13]>
6 F <tibble [2]>
随后，我创建了另一个包含原始存在/不存在数据的小标题：
regions
# A tibble: 175 × 984
Region Site Taxon.1 Taxon.2 Taxon.3
<chr> <chr> <dbl> <dbl> <dbl>
1 A Site.1 1 1 0
2 A Site.1 0 1 0
3 B Site.1 1 1 1
4 B Site.1 0 0 0
5 C Site.1 1 0 1
6 C Site.1 0 0 1
7 D Site.1 1 0 0
8 D Site.1 1 1 0
9 D Site.1 0 0 0
10 F Site.10 0 1 0
# ... with 165 more rows, and 982 more variables: (these contain taxa names)
然后我也嵌套了那个小标题：
rg <- regions %>% group_by(Region) %>% nest()
它看起来像：
rg
# A tibble: 6 × 2
Region IVs
<chr> <list>
1 A <tibble [60]>
2 B <tibble [84]>
3 C <tibble [10]>
4 D <tibble [6]>
5 E <tibble [13]>
6 F <tibble [2]>
我重命名数据列，以便将它与包含 IV 的小标题连接起来：
rr <- rg %>% rename(Communities = data)
rr
# A tibble: 6 × 2
Region Communities
<chr> <list>
1 A <tibble [60]>
2 B <tibble [84]>
3 C <tibble [10]>
4 D <tibble [6]>
5 E <tibble [13]>
6 F <tibble [2]>
作为下一步，我构造了一个函数来计算矩阵：
betamatrices <-function(df){vegan::betadiver(df, method='sim')}
rr <- rr %>% mutate(model = map(data,betamatrices))
rr 小标题现在看起来像这样：
rr
# A tibble: 6 × 3
Region Communities Dist.matrix
<chr> <list> <list>
1 A <tibble [60]> <S3: dist>
2 B <tibble [84]> <S3: dist>
3 C <tibble [10]> <S3: dist>
4 D <tibble [6]> <S3: dist>
5 E <tibble [13]> <S3: dist>
6 F <tibble [2]> <S3: dist>
然后，我加入了两个 tibbles：
my_tibble <- by_region %>% left_join(rr)
小标题看起来像这样：
my_tibble
# A tibble: 6 × 4
Region IVs Communities Dist.matrix
<chr> <list> <list> <list>
1 A <tibble [60]> <tibble [60]> <S3: dist>
2 B <tibble [84]> <tibble [84]> <S3: dist>
3 C <tibble [10]> <tibble [10]> <S3: dist>
4 D <tibble [6]> <tibble [6]> <S3: dist>
5 E <tibble [13]> <tibble [13]> <S3: dist>
6 F <tibble [2]> <tibble [2]> <S3: dist>
我要应用的功能如下所示：
mrm_model <- function(df){ecodist::MRM(Dist.matrix~dist(IV.1) + dist(IV.2),data = (df))}
当我尝试使用以下代码计算它时：
my_tibble <- my_tibble %>% mutate(mrm = map(IVs,mrm_model)),
我收到此错误消息：
Error in mutate_impl(.data, dots) : object 'Dist.matrix' not found.
你知道为什么这会不断弹出吗？
当我尝试使用 $ 符号“更正”函数时：
mrm_model <- function(df){ecodist::MRM(my_tibble$Dist.matrix~dist(Area),data = (df))},
我收到以下警告：
Error in mutate_impl(.data, dots) :
invalid type (list) for variable 'my_tibble$Dist.matrix'.
在这种类型的数据操作方面，我绝对是新手，所以显然我已经过头了，我将非常感谢我能得到的所有帮助。