r - 与稳定版本一起运行 R 的开发版本

Question

我想在 Ubuntu 下用 R-devel 检查一个 R 包。

我根据 http://www.personal.psu.edu/mar36/blogs/the_ubuntu_r_blog/2012/08/installing-the-development-version-of-r-on-ubuntu-alongside-the-current安装了 R-devel -version-of-r.html

我找到了 Mac OS 的指南。 http://www.nicebread.de/how-to-check-your-package-with-r-devel/

我试过R CMD check pkg --as-cran了，但它仍然是用于检查的稳定 R 版本。如何让R-devel用来检查？

提前致谢！

Answer 1

可能您忽略了链接到的博客文章中提到的最后一步。您需要更改一些环境变量以指向新的 R 开发版本。帖子建议创建一个脚本来运行 R 的开发版本：

#!/bin/bash
# This assmues the dev version of R is installed in /usr/local/

export R_LIBS_SITE=${R_LIBS_SITE-'/usr/lib/R-devel/lib/R/library:/usr/local/lib/R/site-library:/usr/lib/R/site-library::/usr/lib/R/library'}
export PATH="/usr/local/lib/R-devel/bin:$PATH"
R "$@"

您可以将其保存在您的某个位置$PATH，并为其命名，例如R-devel. 确保使用 . 使脚本可执行chmod。然后你可以像这样启动 R-devel：

R-devel CMD check pkg --as-cran

Answer 2

根据 bioc-devel 邮件列表中的建议，我有另一种方法。假设你想在你的主目录中安装 r-devel，比如说 in ~/R-devel/，你可以这样做：

首先，设置环境变量，这样我们就不需要重复目录的名称了。源目录和已编译发行版的目录。当然，它们可以在任何地方，无论您喜欢它们在哪里：

export RSOURCES=~/src
export RDEVEL=~/R-devel

现在，获取源 + 推荐包：

mkdir -p $RSOURCES
cd $RSOURCES
svn co https://svn.r-project.org/R/trunk R-devel
R-devel/tools/rsync-recommended

接下来，构建 R 和包：

mkdir -p $RDEVEL
cd $RDEVEL
$RSOURCES/R-devel/configure && make -j

就是这样，你完成了。只需将以下内容保存在某个可执行脚本中即可运行开发版本：

#!/bin/bash
export R_LIBS=~/R-devel/library
R "$@"

这是一个自动将脚本保存到您的 ~/bin/ 目录的脚本：

cat <<EOF>~/bin/Rdev;
#!/bin/bash

export R_LIBS=$RDEVEL/library
export PATH="$RDEVEL/bin/:\$PATH"
R "\$@"
EOF
chmod a+x ~/bin/Rdev

现在您可以像在运行Rdev一样简单地运行R，您将拥有 R 的开发版本，它将在$RDEVEL/library.