从Writing R Extensions Manual，我读到
从 R 2.14.0 开始，Sweave 源的首选位置是源包的子目录 vignettes，但为了与 R 的早期版本兼容，如果 vignettes 不存在，则将在 inst/doc 中查找 Vignette 源。
但是，当我创建vignettes包源的子目录时，当我运行devtools::check()或R CMD check收到Package vignette(s) without corresponding PDF. 如果我将小插图（.Rnw 和 .pdf）放入inst/doc检查中，则无需投诉即可完成。我尝试在已安装打包的库中查看我的库，但没有看到任何名为vignettes. 我还应该使用已弃用的位置吗？
您照原样放入.Rnw资源vignettes/，但错过了关键步骤；不要检查源代码树。预期的工作流程是构建源 tarball，然后检查该 tarball。构建 tarball 将创建小插图 PDF。
R CMD build ../foo/pkg
R CMD check ./pkg-0.4.tar.gz
例如，将在当前目录中../foo/pkg创建包时从源代码构建一个源包 tarball，并附加包名称和版本。.tar.gz然后你R CMD check在那个源包上运行。
如果您想为您构建小插图，请将其放入vignettes/并构建源包。在未来的某个日期，R Core 可能会移除构建小插图的功能，inst/doc因此请立即使用建议的位置并避免直接检查源。
我也很难解释这一点。
我相信您的意图是您应该将.Rnw文件vignettes/和 PDF（适当压缩）放入 中inst/doc/，如果您仔细阅读，这在技术上与文档一致。（也就是说，它说来源应该进入vignettes/。我看不出它在哪里说了这么多话，你应该把相应的 PDF 放进去inst/doc/，但它没有说，而且这种解释似乎让人R CMD check高兴...)
解决方案在@GavinSimpson 的回答中（即需要构建tarball 然后检查它，而不是检查源目录本身）。（我的两分钱是，如果 R-core 正式弃用（并最终删除）直接源代码检查，而不是混淆我们所有的基础知识，这可能是最好的......）