问题标签 [sequence-alignment]

我们必须将 DNA 序列对齐更苗条地可视化，才能像下面这样爆炸可视化器 >我们的项目是一个基于 Web 的项目，它具有 Java 后端和 JSP、Struct

当前需要的可视化方法 http://eagle.fish.washington.edu/Arabidopsis/20110721%20PGS2%20BLAST%20Alignment.png

HTML 表格不能用来可视化动态内容。对齐信息已经生成，我们需要知道一种方法，即使使用 jQuery 或 flash 插件，也可以在图像中以更苗条的方式可视化。

大家好，我有 2d char 数组 opt[][] 并且我的数组中有 2 个序列，例如示例

我的

和

我目前有这个输出

我的问题是我如何使用动态编程

将此数组创建到此

http://i.stack.imgur.com/ViHc9.png

如果它匹配 0 罚分 如果它不匹配 1 罚分 如果它的差距它 2 罚分

我可以像这样比较我的数组的字符

但这只是我做的一个简单的测试，看看我是否可以比较，结果证明我可以。

我怎么能从这里到那里（到图片数组

我有 2 个序列AACAGTTACC和TAAGGTCA，并且我正在尝试查找全局序列比对。我设法创建了一个二维数组并创建了矩阵，我什至用半动态方法填充了它。

这是我填充矩阵的代码：

我的主要问题是这段代码生成了这个输出：

但我希望它看起来像这样（我只关心图片中的数字）：

我必须应用惩罚：每不匹配 1 和每间隙 2，如果匹配 0。

我有一对编码 DNA 序列，我希望通过Python执行成对密码子比对，我已经“完成了一半”这个过程。

至今..

• Biopython我使用package从 genbank 中检索了成对的直系同源 DNA 序列。
• 我将直系同源对翻译成肽序列，然后使用EMBOSS Needle程序对齐它们。

我希望..

• 将肽序列的缺口转移到原始 DNA 序列中。

问题

我将不胜感激有关程序/代码（从 Python 调用）的建议，这些程序/代码可以将比对的肽序列对中的缺口转移到相应核苷酸序列对的密码子上。或者可以从头开始执行成对密码子比对的程序/代码。

尝试实现用于生物序列比较的 Needleman-Wunsche 算法。在某些情况下，存在多个最佳编辑路径。

1. 处理此问题的 bio-seq-compare 工具的常见做法是什么？替代/插入/删除之间的任何优先级/偏好？

2. 如果我想在内存中保留多个编辑路径，建议使用任何数据结构吗？或者一般来说，如何存储带有分支和合并的路径？

任何意见表示赞赏。

我这学期要上生物信息学课，但我在书中的一个特定问题上遇到了麻烦。

*给定两个具有相同长度 n 的 DNA 序列 S 和 T，并让评分函数定义如下：匹配 = 1，错配 = -1，插入缺失（间隙） = -2。假设 G 和 L 分别是 S 和 T 之间的最佳全局对齐和最佳局部对齐的分数。

证明 L >= G。

我了解如何找到两个随机序列的各自比对，但我无法证明这一点。据我所知，这是真的。G 永远无法大于 L，因为 indel 惩罚太高了，而比赛无法弥补它。我还必须生成一个例子来证明它们可以相等，所以我知道这是真的。

所以，是的，任何关于如何去做的提示都会很棒。

我编写了这些函数来对基于序列的数据进行聚类：

然而，这里集群的数量是任意分配的。有什么方法可以证明一定数量的集群捕获的方差量（或某种类似的度量）在一定数量的集群上开始达到收益递减点？我正在想象类似于因子分析中的碎石图。

我试图解决这个问题有点困难。混乱的主要来源是不知道何时移除一个盒子。

这是我的方法：

我逐列查看容器。如果源框的最上面的框是空的，而目标框不是空的，那么我知道要添加那个框。如果反之亦然，我知道要移除顶盒。我认为当两个位置都有一个盒子但不同时我必须交换。但是我的问题出现在某些情况下，删除底部的框会将所有内容向下移动并使其更像目标框。或者可能在中心移除一个或移除两个，一个在底部，一个在中心。我怎么知道什么时候删除一个盒子？我可以删除所有组合，看看哪个组合最接近目的地，但这似乎效率不高。

我也可能认为这是一个明显的动态编程问题，这超出了我的想象。任何帮助，将不胜感激

在进行成对序列比对时，序列文件的典型大小是多少？我们可以对齐生物的整个基因组吗？

我不确定如何组合两个整数列表中的项目，以便保留项目的顺序，并且结果列表（如果连接成一个整数）尽可能小。

可能类似于这个问题，尽管给出的答案没有解决我的大小限制： Interleave different length lists, elimating duplicates and preserve order in Python

例如，给定：

这两个列表的最短可能组合是：

连接整数值为 34574928

在某些情况下，数字的顺序不会影响列表长度，但会影响连接整数的大小。在给出的示例中，可以交换 4 和 9，同时仍保持项目的顺序，但最终数字会比必要的大。

进一步澄清：

最终列表必须包含两个原始列表中每个数字的每个实例。为了更好地表示上述示例中两者的组合：

当然，它不会总是那么干净。在这种情况下，两个列表（3、5、7 和 2）中的四个数字可以完全合并。如果不创建更大的列表，则无法组合其中的四个数字（4、4、9 和 8）。例如：

在这种情况下，我只组合了 3 和 4 之一。当连接这两个示例结果中的项目时，我们得到：

它们都满足排序要求，但是因为有一个不同的结果满足排序要求但在连接成整数时小于 bad_c，所以 bad_c 是不正确的结果。