在进行成对序列比对时，序列文件的典型大小是多少？我们可以对齐生物的整个基因组吗？
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有两种类型的成对序列比对，局部和全局。
局部成对比对试图仅定位两个相似序列的部分。由于存在巨大差异，因此没有典型的序列大小。对于人类来说，它是 10-15kb（10000-15000 个碱基对），根据这个：http ://bionumbers.hms.harvard.edu/bionumber.aspx?&id=104316&ver=1 。
在全局比对的情况下，我们尝试比对两个序列的所有残基。使用全局比对方法，我们可以比对生物体的整个基因组，但这仅在密切相关的生物体的情况下才有用，其中基因组没有太大的分歧。有关如何完成的示例，请参见：http ://genomewiki.ucsc.edu/index.php/Whole_genome_alignment_howto
此外，这描述了可能更有用的多个全基因组比对： http ://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3157923/
于 2014-04-12T01:27:29.130 回答