问题标签 [scalapack]

我在 OSX 10.8 上安装了 ifort composer 2013 SP1 update 1 (103)，但显然我没有 scalapack 库。OSX 上没有提供 scalapack（它在 linux/win 上）还是我做错了什么？

我正在尝试使用 BLACS/Scalapack（C 接口，英特尔 MKL 版本）进行一些测试，使用多个 MPI 通信器：特别是，我想要获得的是一组对应于（一对一）的 BLACS 上下文/网格一组（不相交的）MPI 通信器。虽然我在使用单个“全局”通信MPI_COMM_WORLD器（我希望你能给我一些关于以下问题的建议。

在调用 BLACS 上下文变量值更新后，我有点困惑Cblacs_gridinit：让我们假设从与通信器对应的“全局”上下文开始MPI_COMM_WORLD。我可以通过调用获得相应的 BLACS 上下文：

并在其上创建一个网格

与，例如，char c_blacsGridOrdering('R')。

本例中的 globalContext 值为 0。

在我的代码中使用 6 个 MPI 任务的某个时刻，正在创建一个localCommunicator对应于具有 id 的 4 个任务组的 MPI 通信器 () [0;3]：此时我想为此创建一个新的 BLACS 上下文 ( localContext) “本地”通信器和其上的本地网格。我可以用代码做到这一点

其中上述函数调用序列仅由本地通信器中包含的任务执行。

localContext在调用 之后，该值Csys2blacs_handle等于 1（对于本地通信器的每个任务），但随后的调用将其修改并设置为 0 Cblacs_gridinit。

显然，这会在我的其余代码中引起一些问题，因为例如，如果我尝试检索localContext与调用对应的 MPI 通信器，Cblacs2sys_handle我会得到一个与初始globalCommunicator.

很可能我犯了一些非常愚蠢的错误（缺少对某些 BLACS 函数的调用？？），或者我不清楚多个 MPI 通信器和 BLACS 上下文/网格之间的相互作用，但我找不到我的代码有什么问题。

您对上述问题有什么建议吗？非常感谢您的帮助！

更新 1

我的问题有一个更新，这可能有助于找到解决方案或至少解释观察到的问题：如果我在任务网格的大小使得所有可用的 MPI 任务都包括在内，例如MKL_INT i_nTaskRow(1)和MKL_INT i_nTaskCol(MPI_COMM_WORLD size)。BLACS 会出现这种行为吗？再次感谢您的支持！

我正在尝试从http://acts.nersc.gov/scalapack/hands-on/etc/pddttrdrv/pddttrdrv.c.html运行一个简单的 Hello World (MKL) ScaLapack 示例，但我偶然发现了一个问题（我正在使用MPICH2 和我的操作系统是 Windows）。

当我使用 MPI 标志运行代码时

-localonly 2

我得到：

和

PDDTTRF, D&C alg.: only 1 block per proc

我仔细检查了参数并与在线参考进行了比较，以查看值是否正确，我似乎没有发现问题。

代码是：

我想知道是否有人知道任何论文或工作笔记来计算 Scalapack 例程执行了多少操作，尤其是它们发送了多少消息以及多少字。

在操作计数方面，我总是可以浏览 Golub 和 Van Loan 的优秀矩阵计算或检查 Lapack 的 LAWN 41 并假设它们对于 ScaLapack 没有太大变化，但我找不到任何关于消息和字数的信息，这是我之前的最后手段通过代码。

我使用了Jonathan的代码并试图解决 A*X=B，但我的结果会根据处理器的数量而变化。任何人都可以在这方面帮助我。

矩阵 A 和 B 是 scalapack 示例。只是以二进制格式重写它们。所以它们可以被上述程序使用。

和乙

例如对于一个处理器：

mpirun -np 1 ./array 9 A.dat B.dat

对于 2 个处理器

对于 6 个处理器，我会收到一个错误

mpirun -np 6 ./a.out 9 A.dat B.dat

使用 scalapack 示例不会发生这种情况。

当我做：

我得到：

这可能与库链接的顺序有关吗？

如何使用 MPI 运行示例程序

我正在尝试调整以下示例程序，以在我的实验中用作粗粒度并行基准。

我在代码中添加了以下几行：

现在，我得到的经过时间似乎根本不一致 - 多次运行导致执行时间完全不同。

我正在使用 qsub 将其作为集群作业运行。有没有办法通过预订系统获取执行时间，而无需更改代码？

对于我的实验，我需要少量的大块。当我尝试增加 SCAEX.dat 中的块大小时：

例如来自：

至：

我得到：

我需要使以下程序（来自http://www.netlib.org/scalapack/examples/pblas.tgz）与 SGEMM 一起使用。我需要更改什么才能使其正常工作？我对 Fortran 的了解非常有限，我几乎将其视为黑盒并将其用作我的虚拟集群的基准。

我有一个巨大的矩阵，需要对该矩阵的巨大子矩阵执行矩阵运算。该矩阵存储在文件中的 CMOed 二进制文件中。使用 MPI_FILE_CREATE_DARRY() 将这个矩阵作为一个整体块循环读取没有问题，但我无法弄清楚如何在子矩阵上这样做，因此只有矩阵的一部分位于内存中的块循环......感谢您的建议！

我想知道是否存在任何可以将三角矩阵转换回一般矩阵的 Scalapack 例程，即将下/上部分复制到上/下部分 - 我还找不到。我知道使用 p?geadd 和对角线操作存在一个简单的解决方法，但是它消耗的内存是理论上需要的两倍，我买不起......所以对我来说这似乎很奇怪，Scalapack/PBLAS 没有'不提供任何解决这个相对简单问题的例程。如果有人知道的比我多，请告诉我！

-谢谢