问题标签 [runumap]
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python - Can I save the coordinates for a UMAP embedding?
I am running a UMAP model as follows:
And plotting:
This generates a nice looking graph. I'd like to get the coordinates of the points plotted, to move to a different visualisation. I don't fully understand what is stored in the embedding object.
有没有办法可以导出到类似的东西：
还是类似的？
python - UMAP / HDBSCAN 增强集群 - 官方教程 - 错误：“工人的退出代码是 {EXIT(1)}”
- 我将通过官方教程。
- 我有 256 GB 内存，所以应该没问题。
- 它只是在启动 HDBSCAN 部分后 1 秒内死亡。
a.) CODE = 官方教程，官方数据集
a.) ERROR = 官方教程，官方数据集
b.) HDBSCAN官方文档的代码
b.) HDBSCAN 错误
类似问题
- 他有一个代码非常相似的工作代码，我有一个错误 -使用 UMAP 和 HDBScan 进行聚类
matplotlib - 我的 mac 没有显示 seaborn 情节而没有错误消息？
它没有给出任何错误，就像我的 iPython 中一样。UMAP 是一样的。如果我将代码放入 python 文件并运行它，它也不会显示任何可视化，也不会出现错误。
我的操作系统：macOS Big Sur，11.6
这是第一次尝试seaborn和UMAP库，没有成功。
python - 使用 umap 进行降维过程中丢失的信息
我正在使用spotify 曲目数据库并试图了解列可舞性、活力和能量如何影响流行度（使用离散流行度：-1、0、1）。我想从三列降维到两列。这是片段：
但是这段代码向我显示了流行和不流行的曲目相同的数据（图 1），而我需要获取具有 3 个不同集群的数据（图 2）。 图 1 图 2
我认为问题可能出在 umap 参数中，或者可能是糟糕的集群化任务。我试图以某种方式改变它，但它没有用。
python - UMAP 不适用于 Jupyter（通过 Anaconda）
我正在尝试在 Jupyter 中使用 UMAP（在 Anaconda 的环境中），但有些东西无法正常工作。下面是我使用的代码。
错误信息如下。
r - 为什么最适合我的 scRNA-seq 数据集的 UMAP PC 只有三台？
起初我们知道UMAP生殖细胞的图 ( scRNA-seq) 总是出现连续的，像这样：
我有一个鱼睾丸（几乎是95%生殖细胞）的单细胞转录组数据集，我应该将 PC 设置为UMAP仅以3确保绘图正常连续。当PCs达到4或更高时，拓扑结构将被扭曲和破裂，因此根本无法提供生殖细胞发育的伪时间知识。
这是情节，当PCs=3：
第一个图表示3组成数据集的样本（m10、m30、m60）。
这是情节何时
PCs=4和10：：
谢谢您的帮助！