问题标签 [rstudio-server]

每当我重新启动我的 RStudio Server 会话时，这最近开始出现：

它似乎与运行任何代码无关（我要重现它只是转到会话菜单，然后单击“重新启动 R”）。看来我们正在运行版本 0.97.551。

这是什么错误，我们该如何解决？

我只是想知道是否可以安排脚本在 RStudio 服务器上自动运行（例如每周一）？

我们在 AWS 托管的 CentOS Linux 服务器上运行 RStudio Server。我们在服务器上有多个用户，每个用户都使用 RStudio Server。我们希望为所有用户提供一个通用路径来安装软件包，以便：

1. 每个用户不需要为他们的 RStudio 用户配置文件安装每个包
2. 如果一个人更新一个包，每个用户都将使用更新的

执行此操作的最佳程序是什么？

我提出的解决方案如下，但失败了：

保存我现有用户包的列表：

删除用户包：

然后，我的想法是将软件包安装save.pkg.list到根目录下的文件夹中。在我的库路径中已经有一个似乎是一个共享文件夹/usr/share/R/library，其中包含一个包：

为了测试它，我尝试将一个包安装到共享文件夹中，并查看服务器上的其他用户是否可以在他们的 R 实例中使用它。安装失败，很可能是因为它在 root 下，我假设我需要使用 sudo 权限（我有）但不确定如何将这些权限传递给 R 以进行包安装过程：

最终，我假设需要对环境变量R_LIBS_SITE和R_LIBS_USER环境变量进行一些更改或类似的东西来控制默认的包安装/加载行为。但是，我还没到。

我在 aws 机器上安装了新版本的 R（由于某种原因，它总是带有旧版本，并且几乎不可能只使用 yum 或 apt-get 来工作）。我希望 rstudio 指向我从源代码构建的这个新版本，而不会丢弃旧版本。因此，我转到/etc/rstudio/rserver.conf（文档）并将内容更改为：

我可以确认在此位置安装了新版本的 R，但是在 rstudio-server 重新启动后出现错误。

我是什么做的？

我在 256GB RAM 服务器上运行 RStudio Server，在另一个服务器上运行 MS-SQL-Server 2012。该数据库包含允许我构建具有约 1 亿个节点和约 1.5 亿条边的图的数据。

我已经计算了从这些数据构建这个图表需要多长时间：

• 第一次 SELECT 查询 = ~22M 行 = 12 分钟 = df1 (dataframe1)
• 第二次 SELECT 查询 = ~30M 行 = 8 分钟 = df2
• 第三次 SELECT 查询 = ~32M 行 = 8 分钟 = df3
• 第 4 次 SELECT 查询 = ~63M 行 = 70 分钟 = df4
• edges = rbind(df1, df2, df3, df4)= 6 分钟
• mygraph = graph.data.frame(edges)= 30 分钟

所以两个多小时。mygraph由于我的数据非常稳定，我想我可以通过保存到磁盘来加快速度。但是当我试图加载它时，它就是不会。等了 4 个小时后，我放弃了，以为出了点问题。

所以我重新启动服务器，删除我的 .rstudio 文件夹并重新开始，这一次以edgesRData 和 RDS 格式（save()以及saveRDS()，compress = FALSE每次）保存来自每个 SQL 查询的数据帧和数据帧。每次保存后，我都会load()对readRDS()五个数据帧进行计时。load()和几乎相同的时间readRDS()：

• df1 = 1.1 GB 文件 = 1 分钟
• df2 = 1.4 GB 文件 = 2 分钟
• df3 = 1.7 GB 文件 = 6 分钟
• df4 = 3.1 GB 文件 = 13 分钟
• 边缘 = 6.8 GB 文件 = 21 分钟

够好了，我想。但是今天当我开始一个新的会话并尝试对其load(df1)进行一些更改时，我再次感到有些不对劲。在等待它加载 20 分钟后，我放弃了。内存、磁盘和 CPU 不应该是问题，因为我是唯一使用此服务器的人。我已经重新启动服务器并删除了我的 .rstudio 文件夹，我想也许里面的东西挂起了我的会话，但数据框仍然无法加载。虽然load()据说正在运行，iotop但没有显示磁盘活动，这就是我得到的ps

ps -C rsession -o %cpu,%mem,cmd %CPU %MEM CMD 99.5 0.3 /usr/lib/rstudio-server/bin/rsession -u myusername

我不知道接下来要尝试什么。加载 RData 文件比查询位于不同服务器上的 SQL 数据库需要更长的时间，这对我来说毫无意义。即使它确实如此，那为什么在我保存数据帧后计时load()和readRDS()时间时速度如此之快？

这是我第一次在 StackOverflow 上问一些问题，如果我忘记提及一些对您能够回答这个问题很重要的事情，非常抱歉。如果我这样做了，请告诉我。

编辑：布兰登在评论中要求的一些附加信息。操作系统是 CentOS 7。数据帧在前两列（col1=node1；col2=node2）中包含边列表，另外两列用于边属性。所有列都是字符串，长度在 5 到 14 个字符之间。我还在我的原始帖子中添加了每个数据帧的大致行数。谢谢！

我知道我可以通过将一些对象放在所有用户会话中共享它们server.R，但在调用之外shinyServer()。但是，即使没有人使用该应用程序，有没有办法将这些对象存储在内存中？我从磁盘加载这些共享对象需要很长时间，所以我想通过“永久”加载它们来为用户加快速度。

背景：我在 RHEL 5 机器上运行闪亮的服务器，它一直以不可重现的方式崩溃。似乎node.js与错误有关..

错误如下：

来自 /var/log/shiny-server.log 的日志

会话信息

类似问题：https ://groups.google.com/forum/#!topic/shiny-discuss/V5cv0f7Gmtk

任何帮助将不胜感激！在最坏的情况下，我将放置一个 cron 作业来监视服务并在失败时启动它。

我有一段时间在 ubuntu 上运行闪亮的服务器，但我无法让它在 debian 上运行，我在 google 上找到了一些教程，像这样

http://mars.wiwi.hu-berlin.de/mediawiki/sk/index.php/Shiny

但没有一个对我有用。在同一台服务器上，我的 Rsudio 服务器工作，我可以登录并在浏览器中运行闪亮的应用程序，有没有办法共享 Web 链接以通过 Rstudio 运行闪亮的服务器？

实际上我需要使用 https 运行 rstudio 服务器。

默认为http://server-ip:8787

我正在关注这个文件-（ssl-配置）

https://s3.amazonaws.com/rstudio-server/rstudio-server-pro-0.98.507-admin-guide.pdf

我有一个三层的多层应用程序，比如说公共、业务和工作区（都运行 apache）。客户端请求到达公共服务器，请求被处理并分派到执行“操作”的业务服务器，响应返回到公共服务器，然后公共服务器处理响应并将其传递给客户端。我有一个场景，其中我想要一个请求说 /rstudio 来到公共服务器，该服务器被分派到业务上，实习生反向代理到工作区服务器。这里有两个问题：

1. 工作区服务器因请求而异
2. 在工作空间服务器 (Rstudio) 上运行的应用程序使用 GWT 并在根 url 上引用资源（静态资源 js、css 等和 RPC coms）。所有应用程序内重定向也发生在域上。

从业务服务器，我已经从我的应用程序服务器设置了到 Rstudio 服务器的反向代理。

并且这项工作正常（参考https://support.rstudio.com/hc/en-us/articles/200552326-Running-with-a-Proxy）。为了处理动态工作区服务器，我可以执行以下操作，但 ProxyPassReverse 不支持值表达式，这种方法并不令人愉快。

我已经尝试使用 mod_rewrite 规则（以下）相同但没有 ProxyPassReverse 并且由于 GWT Rstudio 上的域重定向，这不起作用。添加 ProxyPassReverse 可以解决问题，但我发现值部分没有表达式来处理动态工作区服务器问题。

以下是使用 LocationMatch 和 mod_headers 解决此问题的第三种方法：

但这也不是一件好事，因为 header 指令的值没有针对环境变量进行评估（并且只有反向引用在这里起作用）。尽管如果我对business_server进行了编码，我可以使反向代理工作正常工作，即：

问题1：我想知道是否有更好的方法来解决这个问题，而无需在apache conf中对服务器DNS进行硬编码？

问题 2：使用硬编码服务器 DNS，反向代理对我有效（不完整但有效），但我遇到了根上资源引用的 GWT 问题，并且请求调度未完全正常工作。我进入登录页面，但找不到资源。

我想知道是否有更好的方法来处理它？

以下是来自浏览器的示例日志：