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我们在 AWS 托管的 CentOS Linux 服务器上运行 RStudio Server。我们在服务器上有多个用户，每个用户都使用 RStudio Server。我们希望为所有用户提供一个通用路径来安装软件包，以便：

  1. 每个用户不需要为他们的 RStudio 用户配置文件安装每个包
  2. 如果一个人更新一个包，每个用户都将使用更新的

执行此操作的最佳程序是什么？

我提出的解决方案如下，但失败了：

保存我现有用户包的列表：

> save.pkg.list <- installed.packages()[is.na(installed.packages()[ , "Priority"]), 1]
> save(save.pkg.list, file="pkglist.Rdata")

删除用户包：

> remove.packages(save.pkg.list)

然后，我的想法是将软件包安装save.pkg.list到根目录下的文件夹中。在我的库路径中已经有一个似乎是一个共享文件夹/usr/share/R/library，其中包含一个包：

.libPaths() [1] "/home/ursus/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/3.1" "/usr/lib64/R/library" "/usr/share/R/library"

为了测试它，我尝试将一个包安装到共享文件夹中，并查看服务器上的其他用户是否可以在他们的 R 实例中使用它。安装失败，很可能是因为它在 root 下，我假设我需要使用 sudo 权限（我有）但不确定如何将这些权限传递给 R 以进行包安装过程：

install.packages("dlm", lib = "/usr/share/R/library") Warning in install.packages : 'lib = "/usr/share/R/library"' is not writable

最终，我假设需要对环境变量R_LIBS_SITE和R_LIBS_USER环境变量进行一些更改或类似的东西来控制默认的包安装/加载行为。但是，我还没到。

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我从来没有试过这个，但我不明白为什么这不起作用：

您可以使用.libPaths()设置库目录（不仅仅是获取它），那么为什么不让每个人都使用每个人都可以写入的公共目录作为 libpath 呢？每个用户都可以放入他们喜欢的.Rprofile东西

.libPaths( c(.libPaths(), "/path/to/shared/lib") )

然后该路径将成为每个人安装/检索软件包的默认位置。

这种方法的一个问题是每个人仍然有他们原来的 libPath，所以如果他们试图更新一个现有的包，它会更新他们自己的版本。您可以通过将 libpath 设置为仅新路径而不是附加到它来克服这个问题。

请注意，这有时会产生不好的后果，有时 A 人的代码依赖于某个包的某个版本，然后 B 人更新包，然后 A 人在 5 分钟后再次运行他的代码，突然间它中断了，他们绝对不知道为什么。

于 2015-06-12T18:14:44.843 回答
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一个肮脏的技巧是将 /usr/share/R/library 的写入权限更改为所有用户所属的组。或者给所有人写权限。

于 2016-05-10T18:15:11.877 回答