问题标签 [rstanarm]

我正在 rstanarm 中创建一个贝叶斯多级模型，以通过人口控制来预测每年政党身份的满意度（使用年份作为第二级）。（我是 rstanarm 的新手，所以我的语法可能会关闭）。公式为：

响应变量“nhssat”采用李克特 5 点量表。因为我删除截距是为了预测实际的满意度（即 3.5），所以我的先验是系数将接近 3，并且绝对不会高于 5 且低于 1。

鉴于这是一个多级模型，我无法理解有关指定先验的小插曲。考虑到响应变量的李克特性质，我需要使用什么代码来指定更准确的先验？

我正在尝试为stan_glmer.nb( rstanarm) 输出创建一个表，但从model_parameters包中parameters抛出一个奇怪的错误，我不确定如何解决。也许这是一个错误。

版本信息的缩短sessionInfo()输出：

一个可重现的例子：

我将在这里为您省去输出，因为它并不重要，但该功能有效。现在负二项式模型：

现在出现错误消息：

尽管使用parameters0.10.1 版，@BenBolker 得到一个空白输出，而不是错误（见评论）。无论哪种方式，这个函数似乎都不适用于rstanarm离散分布（见评论）。据我在帮助文档中看到的，没有任何迹象表明需要指定负二项式模型。此外，该功能适用​​于lme4模型：

此模拟数据存在一些模型收敛问题等，但model_parameters适用于glmer.nb模型，但不适用于stan_glmer.nb模型。知道这里发生了什么吗？

我在使用完全不同的数据集时遇到了同样的问题，但仍然无法弄清楚为什么“替换”比“数据”多 2 行parameters::model_parameters（参见上面的错误）。另一行可能是reciprocal_dispersion函数不期望的参数，但不确定为什么该函数会出现负二项式 glmms 的错误，这很常见。

请注意，包中的tidy_stan功能sjPlot仍然适用于这些模型，但会发出警告：

然而，parameters::model_parameters()如上所述，它还不起作用。

我正在使用tab_model包sjPlot（https://cran.r-project.org/web/packages/sjPlot/vignettes/tab_model_estimates.html）创建一个表。

但是，当我使用负二项式rstanarm模型对象时，会tab_model重新运行 MCMC 链。我的实际模型需要很多小时才能运行，所以这样做并不理想tab_model，但它似乎不适用于其他模型（例如 with glmerin lme4）。

现在创建模型表：

输出很快，正如预期的那样（虽然原始模型也运行得很快，所以也有可能tab_model在这里重新运行模型）。

现在当我尝试

它开始重新运行 MCMC。这是正常行为吗？如果是这样，是否有人熟悉关闭它的方法，只使用已经创建的模型对象，而不是重新运行模型？

rstanarm::posterior_predict() 创建类“ppd”“矩阵”“数组”的对象。我想将这些对象转换为干净的小标题。我试过了：

^{由reprex 包于 2020-10-16 创建(v0.3.0)}

我希望每一列都是一个 dbl，如果 pp 是一个简单的矩阵，我们会得到。但是，如您所见，每一列本身就是 ppd 类的对象。如何将“ppd”“矩阵”“数组”类的对象转换为带有简单数字列的小标题？

我正在尝试从bayesplot一个对象的包中实现函数，INLA并且有点不确定如何从后验预测分布中提取。我想我几乎拥有它，但rstan 平局比平局更具可INLA变性。

在rstan中，使用bayesplot 小插图中的简化示例，我可以：

我想在一个INLA对象上复制该图。根据bayesplot小插图，您可以这样做，因为他们提供了代码来定义一个简单的pp_check方法来创建类的拟合模型对象，例如foo：

要使用pp_check.foo，我们可以用y和yrep组件创建一个列表，并给它类 foo：

英拉

inla_object_name$marginals.fitted.values返回每个 的后验预测分布y：

我认为从这个重复采样会给我我需要的东西，但只有 75 个值（dim(fitted.Predictor.1)每个观察值用于创建这个分布，而实际上我想从全范围的值中采样。我认为我们可以做到这一点（部分4.3这里）通过inla.tmarginal使用线性预测器：

我的问题是我如何正确地从这个inla( fit_poisson_inla) 对象的后验预测分布中获取一个绘制矩阵以传递到pp_check？ yrep_poisson产生离散值，同时yrep_poisson_inla产生连续值。rstan平局的变化比INLA（第二个情节）要多得多。我所做的是否正确，这只是一些抽样问题，还是不同方法的产物？在更复杂的示例中，差异可能很大。

谢谢

我正在尝试开发一个线性回归模型，用于从手印测量中估计身高。我想采用贝叶斯方法并从以前的研究中定义信息先验。我有一个包含几个预测变量（几个线性测量）和身高测量（作为目标变量）的数据集。

从以前的研究中，有关于线性回归模型的相同变量和公式的描述性统计（均值和标准差）的信息。所以，我的问题是，我如何使用这些信息来为我的研究提取信息先验？例如，我从之前的研究中获得了变量 HL 和身材的数据：

平均值 (HL) = 17.94, SD (HL) = 0.94, 平均值 (STATURE) = 178.5, SD (STATURE) = 7.05, 范围 (STURE) = (162.4–200.5)

身高估计模型 = 69.723 +5 .567 x HL, SEE = 4.83, r = 0.73

我如何使用它们在我的模型中构造prior和prior_intercept

此外，由于我的人口和先前研究的人口中的输出变量（身高）可能存在差异，有没有办法根据其他研究的结果来构建目标变量的先验。例如，如果我知道我的人口中的平均身高是 180 +/- 5 厘米。

我一直在寻找各种来源的解释（例如http://mc-stan.org/rstanarm/articles/priors.html），但是没有指南如何从以前的研究中构建信息先验。

当我使用 stan_glm() 时，我不知道如何更改间隔。

我的代码：

我得到如下图所示的结果： 在此处输入图片描述

我们如何将间隔从 10% 更改为 2.5%，另一个从 90% 更改为 97.5%？

我目前正在尝试使用 rstanarm 拟合贝叶斯多级模型。我预计——并且文献中有证据——我的主要预测因子的系数介于 0.15 和 0.65 之间。因此，我想设置一个信息先验，但仅针对此变量，并为其他变量保留信息量较弱的默认值。到目前为止，我有：

但是通过这种方式，它在我的所有协变量之前应用了信息。是否可以只为一个预测变量指定一个信息先验？

谢谢

很长一段时间以来，一直在 Shiny 服务器站点上的 Shiny 应用程序中使用 rstanarm 包，并使用了我编写的许多应用程序。最近，Shiny 在尝试上传使用 rstanarm 的新应用程序时出错。如果我不使用 rstanarm 就没有问题。带有 rstanarm 的 Shiny 应用程序在本地运行良好，只是无法构建到 Shiny。下面是代码和部署日志的结尾：

当工作中的 IT 团队使用最新的 Microsoft 补丁更新我的 Windows 10 计算机时，问题就开始了。这可能是一个巧合，我所知道的是，直到此时我能够将使用 rstanarm 的应用程序部署到 Shiny 服务器。我还在一台非工作计算机上使用最新下载的 R、RStudiortools和所有相关软件包进行了尝试，但我得到了同样的错误。但这并不排除它是 Windows 的东西，因为非工作计算机也有所有最新的 Windows 更新。

版本：Windows 10、R 4.0.5、RStudio 1.4.1106、rstanarm 2.21.1、rstan 2.21.2、shiny 1.6.0、shinyWidgets 0.6.0、rtools 4.0、Rcpp 1.0.6、RcppEigen 0.3.3.9.1、 rsconnect 0.8.17。

到目前为止我已经尝试过：

• 在截至 2021 年 4 月上旬从未安装过 R/RStudio 的 Windows 10 计算机上安装所有最新版本。
• 在部署到 Shiny 时回滚到早期的 R 版本在rstanarm4.0.3（我认为）和 3.6.3 等版本中运行良好。
• 安装rstanarm并rstan从源代码而不是编译版本。
• 编写一个新的、非常简单的应用程序，带和不带.rstanarm时都会出现相同的错误rstanarm。

刚刚开始的另一件奇怪的事情 -rstan当我从 Shiny 应用程序中调用 r 会话时，它甚至在本地运行时崩溃。Rstan 在 RStudio 脚本中运行时不会使 R 崩溃，但在 Shiny 应用程序中运行时确实会崩溃。与 rstanarm 不同，带有 Rstan 的应用程序将构建到 Shiny 服务器，但随后 Shiny 服务器上的 rstan 应用程序在运行时出错，可能是因为它使 R 崩溃。

如果我在错误的地方发布了这个，请原谅我，并将我重定向到正确的地方发布这样的问题。

谢谢你。

我想知道是否有人对显示 rstanarm 输出的最佳方式有任何建议。我通常喜欢 texreg::screenreg 和 stargazer，但没有一个接受 rstanarm 对象。如果它需要一个常规的 lm 对象以及直接将两个输出与外观相似的表进行比较，那么奖励！谢谢！