很长一段时间以来，一直在 Shiny 服务器站点上的 Shiny 应用程序中使用 rstanarm 包，并使用了我编写的许多应用程序。最近，Shiny 在尝试上传使用 rstanarm 的新应用程序时出错。如果我不使用 rstanarm 就没有问题。带有 rstanarm 的 Shiny 应用程序在本地运行良好，只是无法构建到 Shiny。下面是代码和部署日志的结尾：
BEGINNING OF CODE
library(shiny)
library(shinyWidgets)
library(rstanarm)
library(readxl)
library(tidyverse)
ui <- fluidPage(
titlePanel("Check AV22"),
sidebarLayout(
sidebarPanel(
fileInput('path', 'Choose file to upload',
accept = c(
'application/vnd.ms-excel',
'application/vnd.openxmlformats-officedocument.spreadsheetml.sheet',
'application/vnd.ms-excel.sheet.macroEnabled.12'
)
),
),
mainPanel(
plotOutput("Plot")
)
)
)
server <- function(input, output) {
df <- eventReactive(input$path,{
inFile <- input$path
if(is.null(inFile))
return(NULL)
read_excel("./grbg.xlsx",sheet=2,skip=3)
})
prior <- reactive({
prior <- read.csv("./coefficients.csv")[20,]
})
stan_data <- reactive({
list(N=nrow(df()),x=df()$conc,y=df()$ds,mnint=prior()$mean_intercept,
sdint=prior()$sd_intercept,mnslope=prior()$mean_slope,
sdslope=prior()$sd_slope)
})
post <- reactive({
as.matrix(stan_glm(ds~conc,
data=df(),
family="binomial",
prior_intercept=normal(prior()$mean_intercept,
prior()$sd_intercept,
autoscale=TRUE),
prior=normal(prior()$mean_slope,
prior()$sd_slope,
autoscale=TRUE)))
})
q <- reactive({
pred <- matrix(rep(NA,4000*1000),nrow=4000)
x <- seq(0,max(df()$conc),length=1000)
for(i in 1:1000) {
pred[,i] <- 1 / (1 + exp(-(post()[,1] + post()[,2]*x[i])))
}
pred_quantiles <- t(apply(pred,2,function(x) quantile(x,c(.1,.5,.8))))
pred_quantiles <- data.frame(x,pred_quantiles)
names(pred_quantiles) <- c("x","q1","q5","q8")
pd90 <- (log(0.9/0.1) - post()[,1])/post()[,2]
pd90_quantiles <- quantile(pd90,c(0.1,0.5,0.8))
list(pred_quantiles=pred_quantiles,pd90_quantiles=pd90_quantiles)
})
output$Plot <- renderPlot({
ggplot() + geom_point(data=df(),aes(x=conc,y=ds),shape=4,col="black",size=2) +
geom_line(data=q()$pred_quantiles,aes(x=x,y=q1),col="slategray3",size=1) +
geom_line(data=q()$pred_quantiles,aes(x=x,y=q5),col="mediumblue",size=1) +
geom_line(data=q()$pred_quantiles,aes(x=x,y=q8),col="violet",size=1) +
geom_vline(xintercept=q()$pd90_quantiles[2],linetype="dashed") +
theme_classic()
})
}
shinyApp(ui = ui, server = server)
ENDING OF CODE
FINAL PART OF DEPLOYMENT LOG SHOWING ERROR
Eigen::Product<Eigen::CwiseBinaryOp<Eigen::internal::scalar_product_op<double, double>, const
Eigen::CwiseNullaryOp<Eigen::internal::scalar_constant_op<double>, const
Eigen::Matrix<double, 1, -1> >, const Eigen::Transpose<Eigen::Matrix<double, -1, 1> > >,
Eigen::Matrix<double, -1, -1>, 0>; Rhs = Eigen::Matrix<double, -1, 1>]’
/opt/R/4.0.4/lib/R/library/RcppEigen/include
################################# End Task Log #################################
Error: Unhandled Exception: Child Task 905587151 failed: Error building image:
Error building rstanarm (2.21.1). Build exited with non-zero status: 1
Execution halted
当工作中的 IT 团队使用最新的 Microsoft 补丁更新我的 Windows 10 计算机时，问题就开始了。这可能是一个巧合，我所知道的是，直到此时我能够将使用 rstanarm 的应用程序部署到 Shiny 服务器。我还在一台非工作计算机上使用最新下载的 R、RStudiortools和所有相关软件包进行了尝试，但我得到了同样的错误。但这并不排除它是 Windows 的东西，因为非工作计算机也有所有最新的 Windows 更新。
版本：Windows 10、R 4.0.5、RStudio 1.4.1106、rstanarm 2.21.1、rstan 2.21.2、shiny 1.6.0、shinyWidgets 0.6.0、rtools 4.0、Rcpp 1.0.6、RcppEigen 0.3.3.9.1、 rsconnect 0.8.17。
到目前为止我已经尝试过：
- 在截至 2021 年 4 月上旬从未安装过 R/RStudio 的 Windows 10 计算机上安装所有最新版本。
- 在部署到 Shiny 时回滚到早期的 R 版本在
rstanarm4.0.3（我认为）和 3.6.3 等版本中运行良好。 - 安装
rstanarm并rstan从源代码而不是编译版本。 - 编写一个新的、非常简单的应用程序，带和不带.
rstanarm时都会出现相同的错误rstanarm。
刚刚开始的另一件奇怪的事情 -rstan当我从 Shiny 应用程序中调用 r 会话时，它甚至在本地运行时崩溃。Rstan 在 RStudio 脚本中运行时不会使 R 崩溃，但在 Shiny 应用程序中运行时确实会崩溃。与 rstanarm 不同，带有 Rstan 的应用程序将构建到 Shiny 服务器，但随后 Shiny 服务器上的 rstan 应用程序在运行时出错，可能是因为它使 R 崩溃。
如果我在错误的地方发布了这个，请原谅我，并将我重定向到正确的地方发布这样的问题。
谢谢你。