问题标签 [rpostgresql]

我有安装了 R (3.1.1) 和 RStudioServer (0.98.1062) 的 RHEL 6.5 服务器

我安装了 postgresql-9.3 并处理了一个大型数据库。为了将 R 连接到 PostgreSQL，我过去使用过 RPostgreSQL（仍然在我的 CentOS 7 工作站上使用）。但是，尝试在 RHEL 6.5 下编译时出现错误

该文件位于我的系统上：

Libpq 是 Postgres 安装的一部分，但 RPostgreSQL 找不到它：

有没有办法告诉 RPostgreSQL 在哪里看（符号链接？）或其他一些解决方法？这应该很简单，但我已经在这上面浪费了几个小时......

发现了一个奇怪的行为。我正在尝试使用 R 将一些行附加到现有的 postgresql 表中。新行将附加到表中。

它返回TRUE并且没有错误，因此我认为复制已经成功。但是，当我在打开的终端 ( psql) 中执行以下命令时：

它返回：

然后我回到 R 并进行测试

它正确显示了数据。

所以发生了什么事？Postgres 数据库中的数据是否正确？如果我手动插入行 ( INSERT INTO ...)，那么立即计数测试将按预期工作。

出于测试目的，我使用两个不同的 GUI（RStudio 和 SquirreLSQL）从同一个数据库中查询同一个表。

SquirreLSQL 控制台中的查询如下所示：

在 RStudio 中，我有以下代码：

在 SquirreLSQL 中完成的查询返回的行数几乎是在 RStudio 中完成的查询的两倍。什么可能导致相同的查询返回不同的值？表格和内容不变。

我正在使用RPostgreSQL包通过 R 访问我的 PostgreSQL 数据库（9.3）。我有一些非常长且很大的 sql 查询（几个 MB 大。从 raster2pgsql 生成）。

如何在 R 中将 sql 查询文件作为语句发送/执行？

正常的方式

似乎无法通过dbSendQuery. 我试图通过 读取整个 sql 文件作为字符向量readLines，但这也失败了，因为 dbSendQuery 显然只支持单个命令？

我有一个 R 脚本，我想从 MySQL 数据库中提取一些数据，然后从 PostgreSQL 数据库中提取。但是，从 RMySQL 加载 MySQL 驱动程序会阻止我从PostgreSQL.

我可以自己加载 Postgres 驱动程序：

然后我可以加载 RMySQL 驱动程序：

但是，如果我先加载 MySQL 驱动程序，则 PostgreSQL 驱动程序无法加载：

这对我来说似乎有点神奇：RMySQL 不应该改变 RPostgreSQL 命名空间中的函数。

有谁知道可能导致此问题的原因以及如何解决？我已经在两台不同的机器上复制了这个问题，结果完全相同。

机器 1：Mac OS 10.9.5：

机器 2：Fedora 发行版 20（Heisenbug）：

/edit：此外，即使我先加载 Postgres 驱动程序，仅加载 MySQL 驱动程序也会完全破坏 Postgres 驱动程序：

/edit 2：这是一个错误RMySQL 0.10；上面的代码在RMySQL 0.9.3. 从这个 20 个月的问题来看，RMySQL 中不时出现类似的错误。

我在使用 RPostgreSQL 导入表时遇到问题。我的意思是，一列是 bigint 格式，当我创建简单查询时：

我收到了

当然，我不想得到对数符号。而是与我在数据库中的相同 euid 编号。

当我使用options(scipen=999)我得到

但数据库中的真实euid号是

是否可以以字符格式导入所有列？

我在 AWS 上托管的 CentOS 6.5 机器上遇到了一个奇怪的问题，而我的 Windows 机器上没有。

发送大型 dbSendQuery（超过 15,000 个字节/字符的字符串）时，我收到错误消息。对于较小的查询，它运行良好。

最初，我认为这是我的 Postgres 安装的问题，所以我更新到 9.4，但 RPostgreSQL 仍然出现同样的错误。我的下一个想法是这是一个 SSL 问题，所以我尝试使用带有 sslmode=disable 标志的 RJDBC，但这也不起作用。

这是 RPostgreSQL 的错误消息：

这是 RJDBC 的错误：

这是我的 CentOS 6.5 上的 sessioninfo()

这是 Windows 7 上的 sessionInfo()：

我会附上一个导致这些错误的示例 dbSendQuery() 查询，但由于它们是 15,000 个字符，我不确定这是一个好主意。这个用例是自动生成一个 CREATE TABLE 语句，在我的例子中是 500++ 列。在我的 Windows 机器上，它在半秒内发送查询，而在 Redshift 端，几乎立即创建表，因此查询花费太多时间（并且超时..？）没有问题

谢谢！

我知道 PostgreSQL 数据库允许跟踪每个连接的应用程序名称，并且看起来 application_name 变量应该与 RPostgreSQL 一起使用，但我应该怎么做呢？将变量 application_name = "test" 添加到 dbConnect 不起作用。

我正在对存储在 PostgreSQL 数据库中的大量数据进行一些分析。出于速度和内存的原因，我正在使用该data.table软件包。目前我这样做是为了读取数据。

我想知道是否有更好的方法来做到这一点，它不涉及将整个内容读入 adata.frame然后将其复制到 adata.table中。

使用 RPostgreSQL 包，除了将凭据硬编码到dbConnect方法中之外，还有其他方法可以连接到远程 PostgreSQL 实例吗？

据我所知，这是唯一的方法：

当然有一种方法可以使用连接字符串或其他东西？

编辑：我的意思是引用一些文件（与源代码分开）或包含连接字符串的环境变量。有点像.pgpass在我的主目录或DATABASE_URLheroku 上。只是一些避免在源代码中包含数据库凭据的方法。