问题标签 [rowname]

我正在使用以下代码创建一个数据框：

结果是：

然后，我尝试使用以下代码按照此处的建议删除行名（1、2、3 等） ：

但是当我打印出来时，df它仍然显示行名。有没有办法在创建数据框时不包含行名？我找到了一个建议，row.name = FALSE但是当我尝试它时，我遇到了错误（我可能把它放在了错误的地方）。

编辑：我想要做的是将日期帧转换为 HTML 表，我不希望行名出现在表中。

我想知道如何从行号中提取行名？

我想查找特定行的行名是什么？例如 row=3 的行名

还有哪个rowname 包含值30？

谢谢

我在生物信息学方面相对较新，需要从 RNA-seq 结果生成覆盖图。

从基因组比对的 RNA-seq 结果（tophat比对）中，我能够生成一个 Bed（或 txt）文件，指示序列读取的基因组位置来自使用bedtools的coveragebed命令。在这种情况下，我专门为我的实验目的选择了外显子区域。

结果文件（约 4gb 大小的巨型表）现在已导入 R，使用data.table提供的fread函数作为“data.frame”

为了生成单个基因的覆盖图，我在第 8 列（V8）中搜索了一个名为“Actb”的基因作为示例，这就是数据的组织方式：

Actb.coverage <-["Actb"]

1：Actb chr5 142903116 142903797 uc009ajk.1 utr3 0 - NM_007393 1 0

2：Actb chr5 142903116 142903797 uc009ajk.1 utr3 0 - NM_007393 2 0

3：Actb chr5 142903116 142903797 uc009ajk.1 utr3 0 - NM_007393 3 0

4：Actb chr5 142903116 142903797 uc009ajk.1 utr3 0 - NM_007393 4 0

--

1879：Actb chr5 142906652 142906724 uc009ajk.1 utr5 5 - NM_007393 70 0

1880：Actb chr5 142906652 142906724 uc009ajk.1 utr5 5 - NM_007393 71 0

1881：Actb chr5 142906652 142906724 uc009ajk.1 utr5 5 - NM_007393 72 0

每行代表一个核苷酸

所以，在这个简化表中，第 0 列（没有标签）显示它总共有 1881 行（意味着 Actb 基因由 1881 个外显子核苷酸组成）

下一个V8列是基因名称，V1~V3是染色体ID以及V5和V6列中每个给定特征的起始和终止位点（即utr3，0表示第一个3'UTR外显子）。

V7 是 (-)，表示基因的方向是基因组中的 3' --> 5' 端。

V11 列包含在给定核苷酸中覆盖生成的读取计数信息（这是我想要的）。它们在此表中为 0，因为此处显示的前四个核苷酸和最后三个核苷酸没有覆盖。

问题1

因此，要生成简单的覆盖图，我可以绘制从 1 到 1881 的 x 轴数字，y 轴是对应于 V11 的值，如下所示：

plot(Actb.coverage[,V0], Actb.coverage[,V11]) 但如您所见，第一列 V0 没有列名，所以我需要替代解决方案

问题2

当此方法有效时，我想添加更多选项

是否可以根据第 5 列（V5）和第 6 列（V6）细分 x 轴？例如，1881 个核苷酸的长度被细分为
utr3(V5)-0(V6),
utr3-1
cds-0
cds-1
cds-2
。
.
.
utr5-0
utr5-1
utr5-2
utr5-3
utr5-4
utr5-5

每个特征长度是通过从 V3 的值到 V2 列的值的简单减法确定的。

结果图应与问题 1 中的图相同，但我想将这些细分特征与 x 轴一起添加

我觉得这应该是可能的，但我不知道如何实现这一点。我寻求你的帮助

非常感谢

gdy

有人可以解释一下为什么我在下面的最后两行代码（identical()调用）中得到不同的结果吗？这两个对象似乎是相同的对象，但是当我在应用函数中使用它们时，我遇到了一些麻烦：

我有一个 CSV 文件，看起来像这样：

我需要对“NoOffaces”进行聚类并计算有多少数据集有 1 张脸、2 张脸等等。

这是我在R中所做的：

这是输出：

但是，我想给前两行命名，使它看起来有点像这样

我无法命名行，如何访问列中的每个值？

我是R的初学者，将不胜感激。

谢谢：）

我丢失了数据的行名。在数据表上使用 rbind 函数时似乎会发生这种情况。

这是一个显示应该发生什么的示例

输出是

使用数据表时，行名丢失

输出数据表

应该如何修改代码以保留行名？

我的桌子看起来像这样。我需要按行或按列计算值。所以，我尝试使用符号作为新的行名。这样，我可以通过使用 sample[,"Hras"] 计算整行值尝试这样做时，我遇到了这个问题。

行名（样本）<-样本[,1]

错误row.names<-.data.frame（*tmp*, value = value) ：不允许重复的 'row.names' 另外：警告消息：设置 'row.names' 时的非唯一值：'A1CF'、'A2M'、'A2ML1'、'AAGAB'、' AAK1'、'AAMDC'、'AARS2'、'AASDH'、'AASDHPPT'、'AASS'、'ABAT'、'ABCA1'、'ABCA13'、'ABCA2'、'ABCA4'、'ABCA5'、'ABCA8' 、'ABCA9'、'ABCB1'、'ABCB11'、'ABCB4'、'ABCB5'、'ABCB6'、'ABCB8'、'ABCB9'、'ABCC1'、'ABCC10'、'ABCC11'、'ABCC12'、' ABCC13'、'ABCC3'、'ABCC4'、'ABCC5'、'ABCC6'、'ABCC8'、'ABCC9'、'ABCD3'、'ABCD4'、'ABCE1'、'ABCF2'、'ABCG1'、'ABHD1' 、'ABHD10'、'ABHD11'、'ABHD12'、'ABHD13'、'ABHD17B'、'ABHD2'、'ABHD5'、'ABHD6'、'ABI1'、'ABI2'、'ABI3BP'、'ABL2'、' ABLIM1'、'ABLIM2'、'ABO'、'ABR'、'ABRA'、'ABTB1'、'ABTB2'、'ACAA1'、'ACAA2'、'ACACA'、'ACACB'、'ACAD10'、'ACADL' , 'ACADSB', 'ACAN', 'ACAP1', 'ACAP2', 'ACAP3', 'ACAT1', �� [... 截断]

这是因为“NA”吗？其他选择？谢谢

这是一个微阵列数据集。我已经完成了标准化，并准备提取几个基因的值来执行绘图、互相关和 t 检验。事实上，不仅 NA，而且我将用于绘制图形的几个基因都有多行。所以，我需要将它们提取到另一个表中以备后用。

我想要做的是使用apply而不是循环来比较每行的两个字符串数组，例如x.str的第一行与y.str的第一行。

x.str

y.str

如果我要把它写成一个循环：

随着输出：

但是，实际数组的尺寸约为。

因此，我想使用 apply 来比循环快得多。我已经查看了这个站点和其他站点，并尝试了许多不同的方法，但无法弄清楚如何选择正在处理的当前行，以在函数中使用。类似的帖子建议使用：

我像这样使用它们：

但我一直得到的只是错误。我努力了：

它只是给出 NULL 作为它的输出。rownames、NROW、names 等也会发生类似的情况。我确信可能有一个非常简单的答案，但似乎找不到它。

任何建议/帮助将不胜感激。

我有一列包含值，'A1'，'A2'，'A3'，'A1'，'A3'等。我曾经rownames(mydf) = make.names(mydf$Data, unique=TRUE)将此列设置为row.names，但它将名称更改为'A1'，' A2.'，'A3.'，'A1..1'等。如果我不使用unique=TRUE它是不可能的。您对如何在不更改值/名称的情况下将此列设置为行名有什么建议吗？

谢谢！！！

我只是找不到删除特定行的方法，其中 ID 相同但日期是最旧的。在示例中，我想删除第 1 行，因为 ID 与第 2 行相同，但日期较旧。

简单的例子：

谢谢珍妮