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我在生物信息学方面相对较新，需要从 RNA-seq 结果生成覆盖图。

从基因组比对的 RNA-seq 结果（比对）中，我能够生成一个 Bed（或 txt）文件，指示序列读取的基因组位置来自使用命令。在这种情况下，我专门为我的实验目的选择了外显子区域。

结果文件（约 4gb 大小的巨型表）现在已导入 R，使用函数作为“data.frame”

为了生成单个基因的覆盖图，我在第 8 列（V8）中搜索了一个名为“Actb”的基因作为示例，这就是数据的组织方式：

Actb.coverage <-["Actb"]

  V8  V1    V2        V3     V4       V5 V6 V7   V9  V10 V11

1：Actb chr5 142903116 142903797 uc009ajk.1 utr3 0 - NM_007393 1 0

2：Actb chr5 142903116 142903797 uc009ajk.1 utr3 0 - NM_007393 2 0

3：Actb chr5 142903116 142903797 uc009ajk.1 utr3 0 - NM_007393 3 0

4：Actb chr5 142903116 142903797 uc009ajk.1 utr3 0 - NM_007393 4 0

--

1879：Actb chr5 142906652 142906724 uc009ajk.1 utr5 5 - NM_007393 70 0

1880：Actb chr5 142906652 142906724 uc009ajk.1 utr5 5 - NM_007393 71 0

1881：Actb chr5 142906652 142906724 uc009ajk.1 utr5 5 - NM_007393 72 0

每行代表一个核苷酸

所以，在这个简化表中，第 0 列（没有标签）显示它总共有 1881 行（意味着 Actb 基因由 1881 个外显子核苷酸组成）

下一个V8列是基因名称，V1~V3是染色体ID以及V5和V6列中每个给定特征的起始和终止位点（即utr3，0表示第一个3'UTR外显子）。

V7 是 (-)，表示基因的方向是基因组中的 3' --> 5' 端。

V11 列包含在给定核苷酸中生成的读取计数信息（这是我想要的）。它们在此表中为 0，因为此处显示的前四个核苷酸和最后三个核苷酸没有覆盖。



问题1

因此，要生成简单的覆盖图，我可以绘制从 1 到 1881 的 x 轴数字，y 轴是对应于 V11 的值，如下所示：

plot(Actb.coverage[,V0], Actb.coverage[,V11]) 但如您所见，第一列 V0 没有列名，所以我需要替代解决方案



问题2

当此方法有效时，我想添加更多选项

是否可以根据第 5 列（V5）和第 6 列（V6）细分 x 轴？例如，1881 个核苷酸的长度被细分为
utr3(V5)-0(V6),
utr3-1
cds-0
cds-1
cds-2
。
.
.
utr5-0
utr5-1
utr5-2
utr5-3
utr5-4
utr5-5

每个特征长度是通过从 V3 的值到 V2 列的值的简单减法确定的。

结果图应与问题 1 中的图相同，但我想将这些细分特征与 x 轴一起添加

我觉得这应该是可能的，但我不知道如何实现这一点。我寻求你的帮助

非常感谢

gdy

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