问题标签 [rnw]

我下载了新版本的 knitr 包，但在尝试在 Rnw 文件中包含绘图时突然出现以下错误：

经过大量实验后，我发现问题出在命令 fig.height 上，显然它应该是数字。此代码产生错误：

此代码不会：

不幸的是，我不知道这个 6 的测量单位是什么。

这段代码：

产生不同的错误：

总而言之，似乎 knitr 真的期待 fig.height 的数值，这有点烦人，因为我已经fig.height='\\textheight'在整个文档中输入了很多命令（回到那些仍然有效的日子），我也没有真的知道Latex对应的数值\textheight是什么。

有什么建议吗？

更新：我做了一些更多的实验，结果发现你提供给 fig.height 的数字没有出现在 Latex 文件中，而是直接影响由 knitr 生成的 cat.pdf 图像的尺寸。这种暗示fig.height完全省略可能是最好的策略。但这并没有告诉我们如何[height=\textheight]在 tex 文档中获取 。

我正在准备一个要提交给CRAN的包。我使用R CMD build myPackagethen R CMD check myPackage --as-cran，它通过了所有检查，没有任何注释或警告。但是，每次我尝试提交时，我都会从 CRAN 维护人员那里收到以下错误消息：

包有一个 VignetteBuilder 字段，但没有预建的小插图索引。

首先，我希望能够在我自己的系统（R version 3.0.1）上重现上述错误消息。

小插图.Rnw文件如下所示：

我尝试INDEX在根目录中添加一个文件，其中包含这样的小插图条目：

同样，这通过了，R CMD check myPackage --as-cran但我收到了相同的错误消息。

我也试图R CMD build myPackage --md5强制创建MD5文件，但无济于事。

当我查看时，myPackage.Rcheck/00_pkg_src/myPackage/inst/doc我发现了小插图文件，.Rnw并且.pdf符合预期。

包DESCRIPTION文件具有以下条目：

当我查看时，myPackage.Rcheck/myPackage/Meta我看到一个条目vignette.rds。然而，这似乎是一个二进制文件，所以我无法理解它。

这是来自“编写 R 扩展”：

在安装时，包中所有小插曲的 HTML 索引会自动从 \VignetteIndexEntry 语句创建，除非目录“inst/doc”中存在文件“index.html”。该索引链接自该包的 HTML 帮助索引。如果您确实提供了“inst/doc/index.html”文件，它应该只包含指向已安装“doc”目录下文件的相对链接，或者可能（不是真正的索引）指向 HTML 帮助文件或“DESCRIPTION”文件的相对链接.

那么我是否需要手动创建index.html，任何人都可以指出一个应该是什么样子的例子吗？

这个问题似乎密切相关，但我（故意）没有.Rbuildignore文件。这也是相关的，尽管我不devtools用于创建包。我也看过这个问题，但没有看到一个简单的答案。

7 月 1 日更新

对于可重现的示例，该包可在 github 上找到。下载和安装（例如 withdevtools::install_github()应该允许重现此错误。

我希望共同作者编辑我创建的 lyx 文件。他没有安装 knitr，他将只编辑文档中不存在 knitr 生成的内容的文本和方程式部分。不过，我仍然希望他能够从 lyx 生成 pdf 文件。在 Documents / settings / modules 下，我可以删除 Rnw (knitr) 模块。但随后出现错误。

我在knitr_iris.lyx下发布了一个示例 lyx 文件。当 knitr 模块被激活时，Pdf 生成工作正常，但是当您在 Documents/settings/modules 下取消选择 knitr 模块时，会弹出以下错误：

这是由于在 R 中使用了 $ 和 #。如何告诉 Lyx knitr 块不是乳胶代码，而是它应该忽略的其他东西？

我想在两个位置运行 R 代码，在 Rnw 文件中和作为交互式闪亮 R 降价文档。

因此，由于交互式闪亮组件在 Rnw 文件中不起作用，我需要的是 R 中的一个代码片段，用于检测是否加载交互式代码。

这似乎可行，但感觉就像一个快速破解：

是否有一个稳定的解决方案或类似全局变量的东西，我可以访问它来说明闪亮是否正在运行？或者我应该检查shiny包是否已加载？

什么最安全？

我正在扩展我最近在这里发布的一个问题（将图直接放入 Knitr 文档中（不将其文件保存在文件夹中））。

我正在编写一个 R 包，它为输出数据摘要的用户生成一个 .pdf 文件。我在包中有一个 .Rnw 脚本（在这里，我的 MWE 称为 test.Rnw）。用户可以：

.Rnw 文件生成许多图像。最初，这些都保存在当前目录中。这些图像被保存到目录中（或者可能是在 .tex 文件上调用 pdflatex 时创建的 .aux 或 .log 文件）看起来并不整洁（因为用户必须记住删除这些图像文件） . 其次，我还担心当脚本多次运行时，这种不整洁可能会导致问题。

因此，在我之前的帖子中，我们通过将图像保存到临时文件夹来改进 .Rnw 文件。有人告诉我，每次打开新的 R 会话时，临时文件夹中的文件都会被删除。但是，我仍然担心某些事情：

1）我觉得我可能需要插入一行，比如第 19 行：

每次运行 .Rnw 文件时自动删除临时文件夹中的文件（这样图像不仅会在每次 R 重新启动时被删除）。这将使当前目录中的图像保持干净，并且用户不必记住手动删除图像。但是，我不知道这个“解决方案”是否会通过 CRAN 标准来删除临时文件夹中的文件。原因是它会删除用户系统中的文件，如果其他程序正在将文件写入临时文件夹，这可能会导致问题。我觉得我已经阅读了关于 CRAN 不允许出于明显原因从用户计算机中写入/删除文件的信息。CRAN 对这种做法有多严格？有安全的方法吗？

2）如果在临时文件中写入和删除图像文件不起作用，还有什么方法可以达到相同的效果（运行脚本而不在文件夹中创建繁琐的图像文件）？是否可以将图像直接嵌入到输出文件中（不需要保存到任何目录）？我很确定这是不可能的。但是，有人告诉我可以使用 .Rmd 来执行此操作，并且可以将我的 .Rnw 转换为 .Rmd。这可能很困难，因为 .Rnw 文件必须遵循某些格式（文本和边距）才能正确输出，而且它很长。是否可以仅对生成图像的块使用 .Rmd 功能（将图像直接插入输出），而无需重写整个 .Rnw 文件？

下面是我的 MWE：

据我了解，servr包允许对 Rmd 文件的编辑以 HTML 格式实时查看。

但是 servr 是否允许对 Rnw 文件的编辑以 PDF 格式实时查看？

在过去的几个月里，我一直在 Windows 中使用带有 Lyx (2.1.4) 的 knitr 。最近我转移到了 Ubuntu，为 Lyx 提供了相同的版本。我在使用 Knitr 模块时在编译过程中遇到错误。

1）错误消息的副本（来自消息窗格）：

2）转换器定义：

3）我的代码块是

请注意 .Rnw 文件是在 tmp 文件夹 (lyx_tmpbuf0 ) 中创建的，并且可以被 R studio 成功编译。我也可以使用 lyx 中的 sweave 模块成功编译 pdf。

更新 1： 根据 scottkosty 的建议，我检查了 R 和 RStudio 中的系统环境并发现了一些差异（尽管我不知道它们）。

这是R 的输出：

这是RStudio 的输出：

我需要更改我的 R Sweave 文档生成的所有 tiff 图像的背景，并且遇到了与此处描述的相同的问题：

尊重 knitr 中的全局选项

但是使用 par(bg = )，据推测它正在根据评论工作。

MWE：

（我不允许发表评论，否则我会留在那个帖子上。）

我还尝试使用挂钩，基于此处的示例： https ://github.com/yihui/knitr/blob/master/inst/examples/knitr-graphics.Rnw

但这也没有用。

唯一可行的是在每个块中设置参数，例如：

（我实际上想要白色背景，但用颜色测试更容易。不是我选择使用 TIFF 顺便说一句。）

关于发生了什么的任何想法？

出于教学目的，我想将purl我的.Rnw文件块分成单独的文件。这个答案解释了如何做到这一点：

如何使用 Knitr 将 .Rmd 文件中的每个块压缩到多个 .R 文件

但是该方法不保留块选项。由于我已经生成了图块，因此保留fig.widthandfig.height选项很重要。理想情况下，我想要一个看起来像这样的块：

成为一个plot.R如下所示的文件：

也就是将块选项和fig.width转换成一种fig.height可以被. 所有这些都本着创建用户友好的代码文件的精神。spin()purl()spin()out.width

我echo = false用 knitr 设置在 .Rnw 文件中。输出是一个图形，周围有很多空白。如何减少空白以使图形离正文不太远？