直到今天，我一直在将 knitr 与 Rstudio 中的 .Rnw 文件结合使用来生成 pdf 和 docx 文件，没有任何问题。pdf 转换使用 Rstudio 本地运行，对于 docx 转换，我只需通过将 .tex 文件提供给“编织”.Rnw 文件而在后台调用 pandoc。到目前为止，我一直在使用 pandoc 版本 1.19.2.1 并且工作得很好。但是，在与同事分享我的一些代码以执行此操作后，我意识到在使用更新版本的 pandoc (2.7.3) 时该策略会失败。

到目前为止，我已经尝试更新 knitr 并理解错误，但没有取得多大成功。该问题似乎仅在需要生成的 .tex 文件的阴影区域时出现，通常是在设置 echo=TRUE 之后。

这是我的 Rnw 文件 (min_reproducible_example.Rnw)

在 Rstudio 中点击“编译 PDF”后会生成文件：min_reproducible_example.pdf 和 min_reproducible_example.tex。

以防万一，.Rnw 文件 (min_reproducible_example.tex) 的 .tex 输出为

接下来，我可以调用一个在命令行中运行以下代码的包装函数来生成 docx 文件：

我在 Windows 中工作，因此，我没有检查此问题是否仍然存在于其他操作系统中。

我认为有几行可以提供信息：

这条线是罪魁祸首，我相信：

其中，我一直在挖掘的“kframe”来自于 knitr 在进行“编织”时创建的乳胶环境。此行从 pandoc 生成以下错误：

我不知道这个错误代码 65 是什么意思。我已经从 pandoc 的先前问题中看到了建议直接查看代码以了解错误的线程。如果需要，我可以这样做，但对我来说，以前的 pandoc 版本可以正常工作而新版本正在崩溃对我来说很奇怪。我决定在这里发布这个，想知道是否有人遇到过同样的问题。

简而言之，我想为异常值着色，但前提是它们属于特定类别，即我想要

但red 仅适用于那些mydata[,1] 为M.

这是一个 .Rnw 文件，其中包含一个随机代码块，即当编织成 pdf 时，打印在两页上。我注意到代码块突出显示在分页后停止。

1. 这是为什么？
2. 我如何解决它？

.Rnw 文件

分页符的屏幕截图，分页符后缺少代码突出显示。

我想在我的文件中加载和使用同位素包：.Rnw

但是当我将它渲染到 Moodle 的 XML( exams2moodle) 中时，它会\isotope消失并只出现Foo bar。我正在使用 MathML 渲染。

如何正确加载和使用？

我是 R 新手，我在 R-Studio 中制作了一个 rnw 文件来为 MikTex 创建一个 PDF 文件。该文件由分块的 Latex-Code 和 R-Code 组成，并且以前运行良好。昨天，我更新了一些软件包和 R-Studio，现在我遇到了一个通用错误。即使在网上搜索了很长时间，我也找不到解决方案。例如，我的第一行以“\”开头，\documentclass{article}我得到错误“意外输入”。即使我打开一个全新的 R-Sweave 文件（.Rnw），\documentclass{article}它也会给我与意外输入相同的错误。

同样，当我插入一个以 R-Code 开头的块时<<>>=，它会带来相同的错误“ “<<”中的意外输入。

有没有人有想法，这可能是什么原因？

将 knitr 与 Rnw 文件一起使用时，在块内创建的字幕的字体颜色变为 fgcolor。

这个问题类似于knitr kable: Text color in PDF from RNW is gray。这种解决方案在这种情况下没有用。

有没有办法解决这个问题？破解 knit_hooks$set(plot = myfunction)？如何？谢谢你。

编辑我：

我发布了一个工作解决方案以供将来参考。Benoit 指出了关键的勾号fig.show='hide'。不幸的是，它没有编写图形环境。所以我创建了一个名为 的新钩子colorcaption，它解决了这个问题。使用您想要的颜色 ( black, red, green,...) 调用此选项。

可重复的纵向报告写作

我正在尝试编写一份查看纵向数据的报告，并且每次都以相同的方式分析这些数据。由于我的数据的性质（它们包括在 中生成的网络对象igraph），我不能/不将它们组合成一个以年份为列的数据结构。我正在尝试生成一份报告，而且我取得了一定的成功。这是我到目前为止的方法

首先，我创建分析模板

这是我称之为的MWE templateSection.Rnw：

接下来，我做一个循环来遍历所有这些年

generateSections.R我为此目的创建了一个我有权使用的脚本。

然后我把它们放到我的主报告文件中

我有这个权利masterReport.Rnw

问题：

当我在 RStudio 中编织Ctrl-Shift-K主文档时，它失败了。我得到的错误是：

LaTeX 错误：找不到文件“year2.tex”。

确实，只有year1.tex生成了，如果我只包含该文件，它就可以工作。

到目前为止，我的解决方法是在generateSections.R编写文档之前获取脚本。然后编织工作。但我真的更喜欢运行一件事。我的部分计划是研究年度数据的趋势，因此我计划进一步编辑主报告文档并在最后添加一些块。

我试过的东西和其他系统信息：

• 我已经opts_knit$set(self.contained=FALSE)在很多地方添加了这条线，但我不确定它应该去哪里。我在R Studio Docs中发现了这一点。（它应该在主文档中吗？子文档？两个文档？代码中的位置是否重要（它必须是第一个块的第一行）？

我的系统信息是：

• R 版本 3.6.3 (2020-02-29)
• packageVersion("knitr") '1.28'</li>
• RStudio 版本 1.3.1073
• Ubuntu 18.04.5 LTS

我会觉得有帮助的其他答案：

• 你为什么要对Rnw文件这样做？ Rmd文件有一个更优雅的解决方案，你可以这样做......
• 您无需手动输入要输入的文件。你可以这样做...

我正在寻找很长一段时间来简化将 ar sweave 文件编织成 pdf 的过程。我使用以下流程为我的员工生成工资单。数据位于 excel 文件中。到 rnw 文档中，然后在脚本中对数据进行一点转换，以便计算小时数、工资和所有扣除额。在 rnw 文件中，每个月只需更改两个日期和月份的参考，以保持最新的 pdf 渲染。

我正在尝试通过 ar 脚本找到一种使其更容易的方法。因此，我的问题如下。

r 中是否有一个函数可以加载 rnw 文件（R weave）的内容，然后更改其中的字符串，然后保存修改后的内容？

感谢您的建议！

我花了很多时间寻找解决方案，但无济于事。

我必须使用 R studio sweave 生成​​一份 Latex 报告，并希望包含一些参考资料。我准备了一个带有以下内容的围兜文件

我如何引用这个以及如何在文档中包含参考列表？

谢谢你！

我想在 R Sweave 文档中写一些东西，以便在编译的 PDF 中出现以下内容：

当您编写“\beta”并编译文档时，您会看到“β”。

但是，当我为 beta 转义反斜杠时，我得到了一个换行符，这是不希望的。

如何获得“\ beta”而不是换行符？

来自文件 test.rnw 的示例：

结果：

设置：

安装了 Macbook Pro、R 4.1.0、RStudio 1.4.1717、rmarkdown 2.9 和某些版本的 MacTex。RStudio 设置为使用 knitr 和 pdflatex 进行编译。