当我使用 R 笔记本并总是收到错误消息时

并且代码块似乎冻结并且无法执行。有人可以告诉我它是如何工作的以及为什么会发生吗？我试图用谷歌搜索解决方案。似乎不是那么明显。我想知道是否有任何简单的方法可以增加“笔记本内存大小”。我的 ram 上还有足够的空间...谢谢。

有没有办法在 Rnotebook 中设置全局数据库连接，这样您就不必为每个 SQL 块设置数据库连接？

目前我必须为每个 SQL 块设置如下：

我希望能够做到以下几点：

There doesn't seem to be a problem when I add a table of contents to an r markdown file but nothing happens when I add this to an r notebook:

Is it possible to add a table of contents to an R notebook or do I have to make this into a markdown file too?

我正在尝试将 .RData 文件加载到 DSX 中的 R Notebook 中。我已按照此笔记本 ( https://apsportal.ibm.com/exchange/public/entry/view/90a34943032a7fde0ced0530d976ca82 ) 中的说明进行操作，但仍然无法加载我的数据。到目前为止，我已成功完成以下步骤：

1. 我已将数据集加载到对象存储中。
2. 我使用 Insert to code -> Insert Credentials 按钮插入了我的凭据。这似乎按预期工作。
3. 在下一个单元格中，我选择了 Insert to code -> Insert textConnection object 选项。这似乎也按预期工作。
4. 第 3 步的输出如下：

您的数据文件已加载到 textConnection 对象中，您可以使用您选择的包处理数据。

data.1 <- getObjectStorageFileWithCredentials_xxxxxxxxxx("projectname", "file.RData")

5. 在此之后，由于我的文件是 .RData 文件，我输入了以下命令：

数据 <- 加载（“文件.RDA”）

当我运行这个单元格时，我得到了以下输出：

readChar(con, 5L, useBytes = TRUE) 中的警告消息：“无法打开压缩文件'file.RDA'，可能的原因'没有这样的文件或目录'”</p>

readChar(con, 5L, useBytes = TRUE) 中的错误：无法打开连接 Traceback：

1. 加载（“文件.RDA”）

2. readChar(con, 5L, useBytes = TRUE)

3. 当我输入以下命令来打印数据集时：

数据

我得到以下输出：

X.html..h1.Forbidden..h1..p.Access.was.denied.to.this.resource...p...html。

请问有人可以帮忙吗？

谢谢，文奇

我在 python 搁置文件中提供了一些数据，我想将其传递给 R 进行绘图。我提取它的代码如下所示：

尝试通过单击块中的“运行”按钮或将光标放在其中并按Ctrl+Shift+Enter来执行此块。

我现在想将这些对象传递给 R。有没有办法在 Rnotebook 中做到这一点？我知道 SQL 块可能会发生类似的事情。

我正在使用 rmarkdown 执行 5 个主要步骤：阅读、清理、转换、分析和即。

我的计划是将每个步骤的代码分成一个或两个降价文件（.Rmd）。每个后续的 .Rmd 都将作为外部文件调用到下一个 .Rmd 中（即我想将每个步骤的 .Rmd 嵌套到下一个步骤中）。

我通过替换嵌套 .Rmd 文件：

和：

这一直有效，直到我的第 3 次嵌套，当我在knitr::knit行出现错误时：

注意：每次我引用任何东西都是用绝对路径完成的，所以这不应该是问题。

谁能指出我将 .Rmd 嵌套到彼此中的正确方法？

最后，如果这个工作流程看起来很野蛮，我欢迎任何其他关于架构的建议！我嵌套的原因（而不是把所有东西都放在一个大的 R Notebook 中）是：

1. 我想在 .Rmd 'pages' 中工作，以便拥有需要滚动浏览的代码更少的单独选项卡（并且可能会意外搞砸）。
2. 我可以将数据从一个步骤传递到另一个步骤，而不会浪费时间将其写入磁盘的某个位置。（基本上我希望能够评估和使用之前 .Rmd 的结果）
3. 我可以为流程的每个步骤制作一个干净的 html 或 pdf 页面。

我无法在笔记本中内联显示乳胶数学符号：

html输出：

如何在倒数第二个条目中显示内联“小于或等于”符号？

请注意，出于这个问题的目的，我想在块中使用 results="asis" 。

我有一个名为“test.Rmd”的 R 笔记本，内容如下：

然后 rstudio 将自动创建“test.nb.html”。但是，代码块在 html 中显示错误：

它只显示bit，而不是整行 ( faToTwoBit dmel-all-chromosome-r6.04.fasta dmel-all-chromosome-r6.04.2bit)。我的 .Rmd 有问题吗？

非常简单的问题：我喜欢写 R 笔记本/降价，highlight: tango当我将笔记本编成 pdf 时，我可以给代码添加背景颜色。

但是，我不知道如何为 R 中的打印输出提供彩色背景或彩色字体。例如，假设我有以下块。

我想看到“帮助”这个词被突出显示，用灰色背景的红色字体说。我怎样才能做到这一点？

提前谢谢了。

我正在尝试使用RMarkdown（使用 RStudio 中的示例 .Rmd）创建一个 html 文件。当我单击Knit时，我收到以下消息：

错误：找不到 html_dependency 的路径：执行已停止。

我已经尝试卸载并重新安装 R 和 RStudio，以及 Markdown 所需的所有包。我正在运行最新版本的 RStudio (1.1.383) 和 R (3.4.2)，并且我的所有软件包都是最新的。

这不是我第一次使用 RStudio 或 markdown，但我还没有在这台计算机上进行 markdown 工作。我没有对默认的降价文件进行任何更改。