r - 为什么 R 笔记本在“html_notebook”输出中显示截断的行？

Question

我有一个名为“test.Rmd”的 R 笔记本，内容如下：

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title: "R Notebook"
output: html_notebook
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```{sh}
faToTwoBit dmel-all-chromosome-r6.04.fasta dmel-all-chromosome-r6.04.2bit
```

然后 rstudio 将自动创建“test.nb.html”。但是，代码块在 html 中显示错误：

它只显示bit，而不是整行 ( faToTwoBit dmel-all-chromosome-r6.04.fasta dmel-all-chromosome-r6.04.2bit)。我的 .Rmd 有问题吗？

Answer 1

我不熟悉您正在运行的 shell 命令，但是，语言引擎似乎对显示它的方式感到困惑。

鉴于表单是faToTwoBit in.fa [in2.fa in3.fa ...] out.2bit，我建议明确说明引擎。

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title: "R Notebook"
output: html_notebook
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```{test1, engine="sh"}
faToTwoBit dmel-all-chromosome-r6.04.fasta dmel-all-chromosome-r6.04.2bit
```

您也可以在github上提出问题，他们可能会提供更持久的解决方案。