问题标签 [rjags]

我正在使用 RJAGS 从一些数据中推断均值和协方差矩阵，我注意到每当我在精度矩阵中放置一个约束时，我都会收到以下错误消息

jags.model(file = "model.tmp", data = data) 中的错误：节点 B 中的错误无法找到合适的采样器

这是一个最小的示例，其中我将均值和精度矩阵乘以常数向量。请注意，仅当重新调整精度矩阵时才会出现错误消息。出于某种原因，RJAGS 可以仅重新调整平均值。在这个简单的情况下，显然我可以先用 A0 重新调整数据，但是我希望能够在事先不知道 A0 的情况下做到这一点。有任何想法吗？

我使用这两个包来进行贝叶斯分析，但有一些我不明白的区别：

首先包rjags允许适应阶段，带有jags.model函数，而包r2jags没有这个阶段，并且带有函数jags（或jags.parallel）开始从后验分布中采样。自适应阶段是否包含在该功能中，或者包r2jags不考虑它？

其次，在 中rjags，我可以说这两段代码是相似的吗？

和

也就是有function的burn-in阶段update也可以在coda.samplesfunction中做？谢谢你。

我需要做两件事。首先，我希望能够在codamcmc 对象中创建从现有变量计算的新变量，以便我可以对新变量运行链诊断。其次，我希望能够在某些 coda plot 函数中索引单个变量，同时仍然查看所有链。

玩具数据。JAGS使用和对睡眠数据进行贝叶斯 t 检验rjags。

问题一

如果我将coda对象转换为数据框，我可以计算两组估计值之间的差异并绘制这个新变量，就像这样......

...但是我如何获得跟踪图？我可以像这样为 coda 对象中的现有变量获取一个...

...但我希望能够为新diff变量获取它们。

问题二

这让我想到了第二个问题。我希望能够获得单个变量的跟踪图（除其他外）。如上所示，如果我只想查看一个链但我想查看所有链，我可以为单个变量获取它们。我可以使用简单的方法查看模型中所有变量的所有链

情节（codaSamples）

...但是如果我不想或不需要查看所有变量怎么办？如果我只想查看一个甚至两个变量（但不是所有变量）的轨迹图和/或密度图，但图中的所有链都包含在内，该怎么办？

有人可以为具有一个分类 X 变量（Dirichlet 先验）的贝叶斯多项逻辑模型提供 JAGS 代码吗？我的代表性示例是下面代码中的矩阵“z”，它代表 3 个结果，而代码底部的“站点”是分类 x 变量。

我可以获得估计这 3 个结果中的每一个结果的代码，但我对如何添加分类 X（医院站点）感到困惑。

我想使用第一个结果 z[, 1] 作为参考，使用“a”作为“站点”的参考。

这是估计结果的示例代码（没有分类 X）。这就是我到目前为止所拥有的。任何有关使用 X 扩展此模型的帮助将不胜感激。

我正在尝试在 R（5.1.2 版）上使用 rjags（4.6 版）和 JAGS（4.2.0 版，随 JAGS-4.2.0-Rtools33.exe 一起安装）。我有 Windows 10 企业版 2016 LTSB。

安装 JAGS 和 rjags 时没有任何错误消息。

install.packages("rjags", 依赖项 = TRUE)

但是当我尝试做 library(rjags) （或 library("rjags")）时，我收到以下错误消息：

我安装的所有其他软件包都可以正确加载。我看到 rjags 安装在其他库 (C:\Users\Océane\Documents\R\win-library\3.5\rjags) 的相同位置，它位于 R 中由 installed.packages() 返回的列表中。

当我在朋友的 Windows 10 计算机上安装相同的软件和版本（R、JAGS 和 rjags）时，我没有遇到问题，rjags 已加载并链接到 JAGS。

有谁知道问题是什么以及如何解决？

非常感谢！

我在使用以下代码编译 Jags 模型时遇到问题。似乎正在尝试重新定义参数 delta （第 17 行： delta[i, si[i, k], hh] ~ dnorm(md[i, si[i, k], hh], taud[i, si[i, k], hh])) 在模型内第三个循环的开头，但我不确定为什么？

型号为：

数据文件可以在这里获取： 数据和模型文件

JAGS 的输入：

错误信息是：

任何提示将不胜感激。谢谢丽索

我正在尝试在 R 中运行 rjags（通过 Rstudio）来估计tau.nu以下模型的参数 alpha&beta 和超参数：

有我的代码：

我得到奇怪的输出，我不知道我哪里出错了。MCMC 在这个模型中不起作用吗？或者我只是在编码中做错了什么？

我在从 rjags 上的 winbugs 重新实现模型时遇到了麻烦。我收到Invalid parent values错误，这是您在未正确设置审查时遇到的错误，但我看不到我的错误。

这是 WinBugs 上的原始模型：

设置可重现的示例：

这是 rjags 部分：

输出：

这是我的 MCMC 示例的快照：

虽然以 的形式按列进行子集化很直观，但samples[,1:15]显然我想从对列号进行硬编码转变为公式化的子集化。

例如，这是我（成功）按 beta 进行子集化的方式：

问题是，我无法弄清楚如何通过迭代列名以公式化的方式对这些样本进行子集化，这与我的y后验分布相关：

这是我尝试通过nand进行子集化时发生的情况p：

子集未能选择所有y的，因为1:n不重复 for 1:p。

如何对所有后y[1:n,1:p]验分布进行子集化？

样本数据：

模型图像

我正在尝试使用 rjags 对图像文件中的模型进行 Gibbs 采样。我写的模型如下。

但是，在我获得的样本中，伽玛值都为零。有没有办法修复我的模型以获得不同的结果？