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在 Rstudio 0.96 中的 R Markdown 文件上按“Knit HTML”时会运行哪些命令？

我的动机是，当我在另一个文本编辑环境中时，我可能想运行相同的命令，或者我可能想将命令合并到一个更大的makefile.

在 R markdown（knitr 包）中，我可以访问在代码块中计算的文档正文中的变量吗？

根据RStudio 团队的回复，“标准”解决方案是按照“将 R Markdown 与 RStudio 一起使用”的说明进行操作，并注意第三个屏幕截图中带有“发布”按钮的按钮。我非常感谢他们建立了一个非常简单的解决方案。

但是，带有漂亮箭头和地球图片的“发布”按钮不会出现在我的预览窗口中，无论我多么想要它。

我RStudio.version()在 Mac OS X Lion (10.7) 中使用 RStudio (0.96.231)，带有最新的 R 版本和更新markdown包knitr。我有一个 RPubs 帐户，并按照RPubs 说明从 RStudio 中创建和预览从 R markdown 文件呈现的 html。

这似乎与RStudio 支持博客上关于 not-seeing a Publish button的帖子有关。

但是，这个问题是不同的，因为它实际上需要将内容放到RPubs上。我在 RStudio 支持博客上发布了一个类似的问题。

Rstudio 团队已经回答了如何从 R Markdown 源代码中获取嵌入在 RStudio 渲染的 html 中的图形；特别是通过将我指向这个非常有用的页面来解释 RStudio使用knitr呈现和打包R Markdown的方式：

使用 RStudio 渲染 R Markdown

最后，如果您还没有听说过 R-markdown（我刚刚听说过），请访问此处了解有关 R-markdown的详细信息。

我之前询问过将 R Markdown 转换为 HTML 的命令。

将 R Markdown 文件转换为 PDF 文档的好方法是什么？

一个好的解决方案会尽可能多地保留内容（例如，图像、方程式、html 表格等）。该解决方案需要能够从命令行运行。一个好的解决方案也是跨平台的，理想情况下最小化依赖关系，以便更容易共享 makefile 等。

具体来说，有很多选择：

• 是否将RMD转MD转HTML转PDF；或 RMD 到 MD 到 PDF；或 RMD 转 PDF
• 如果markdown在 R 中使用包，需要指定哪些选项
• 是否使用pandocR 中内置的包或其他

这是一个示例rmd 文件，它可能为任何提议的解决方案提供了合理的测试。它被用作这篇博文的基础。

从 github 下载所需的软件包后，我正在尝试 slidify，如本文档中所述，开始使用 Slidify。在使用 create_deck() 创建了卡片组后，我在网上找到的测试代码上使用了函数 slidify()。这是代码：

我将上面的代码保存为 test_slidify.Rmd 并使用 slidify("test_slidify.Rmd") 调用它。但是，我一直遇到以下错误，在下面的末尾：

我已经下载了最新版本的 slidify 和其他必需的软件包，但仍然遇到此错误。感谢任何帮助。最后，slidify 是否只创建一个 .md 文件或一个 html 文件，就像在带有 knitr 的常规 Rmarkdown 中一样。我们如何将生成的 .md 文件转换为 html 文件。

使用时，pairs()我喜欢使用建议的函数panel.cor和panel.hist（在示例中建议）来消除重复的上三角空间或下三角空间并提供额外信息。

我想使用类似的东西来获取这些功能

并且没有得到任何输出（包括：）Error in readLines(file, warn = FALSE) : 'con' is not a connection，并且没有打印示例图。这可能吗？

正如我旁注的那样，我不想打印这些图的原因是我想在R Markdown 文件中使用它，而不必查看example(pairs)我的文档中的图。

我是使用 Markdown 的新手。

尽管我已经设法在 CSS 中设置了很多样式选项，但我不知道如何更改任何项目符号的样式。

常规的：

• 普通子弹

或者

• 块报价项目符号

和嵌套的

• 块报价项目符号 1
  • 块引用项目符号 2

我正在成为可重复分析和 Sweave、Beamer 以及特别是 knitr 包的粉丝。

RStudio 允许一键编织和编织文档，但 RStudio 虽然易于安装，但相当不稳定，不具备 Eclipse 的 StatET 插件的成熟度和灵活性。大多数教程或列表服务器在询问有关 knitr 和 RMarkdown 的问题时倾向于参考 RStudio IDE，但是关于如何安装 Markdown 文件并将其转换为.Rmd使用 knitr 包的内容很少。Jeffrey Horner 在宣布 R 降价包时说：

“与 RStudio 合作创建的将 Markdown 文档转换为 HTML。它在其同类最佳的 IDE 中提供了完整的 R Markdown 功能集，但用户可以将 Markdown 集成到他们自己选择的工具链中。”

最后一句话是我一直无法弄清楚的。在其他地方，我看到有人建议使用 knitr 手动编织library(knitr); knit('myfile.Rmd')，但是，在尝试执行此操作时，我收到一个错误：

我能够My file.md使用以下方法将文件转换为 html：

但是，R 代码没有运行，我怀疑我需要先编织.Rmd文件。任何有关如何在 StatET 或 Rstudio 以外的地方编写 markdown 文件的帮助或指导将不胜感激。

我在 Windows 7 Professional 操作系统上使用 R 版本 2.15.1 (2012-06-22)。Eclipse 版本：3.8.0 和 StatET 3.0。

当转换为 html 幻灯片或 pdf 时，R 在 R markdown 文件中生成的正常图chunks完全存在。但是，当它们通过 转换为投影仪幻灯片时pandoc -t beamer ex.md -V theme:Warsaw -o beamer.pdf ，绘图会变得非常大，特别是对于由 生成的那些par(mfrow=c(n,m))，在这种情况下仅显示一小部分绘图。

我试图通过设置块选项来修复dev='pdf'，但它没有成功。

html中的情节是

投影仪中的情节是

我一直在通过 R-Studio 使用 Knitr，并且认为它非常简洁。不过我有一个小问题。当我在 R-Chunk 中获取文件时，knitr 输出包括如下外部注释：

我试图以各种方式设置 R-chunk 选项，但似乎仍然没有避免这个问题：

有没有办法评论这些消息？