基于这个问题Automatically curling an arc when it is overlap with another one，我试图在图中设置pos属性RGraphviz。

有人可以展示如何正确使用该pos属性或建议更强大的解决方法。谢谢。

例子

为了与上述链接的问题保持一致，以下示例从bnlearn网格布局中具有节点的图形开始。

帮助页面?GraphvizAttributes指示pos应设置为

节点的位置（对于neato 布局，这是节点的初始位置）。使用概念 val,val 指定，其中每个 val 都是双精度值。

再往下一点，neato仅用于属性

pin：如果 TRUE 并且节点在输入上具有 pos 属性，neato 会阻止节点从输入位置移动。此属性的默认值为 FALSE。

我找不到应用这个论点的正确方法。

我尝试过的各种事情都没有成功

我可以通过这种解决方法获得预期的结果，但它不会很强大。

给出预期的结果

我正在尝试自定义bnlearn使用RGraphviz. 当我有无向边时，RGraphviz当我尝试自定义图形的外观时，将它们变成两个方向的有向边。

一个可重现的例子可能是：

图表未自定义：

到目前为止，一切都很好。但如果我尝试自定义它：

自定义图表

无向边被变换。

即使我只使用 plot(g1)，我也会遇到这个问题。问题是这（保存 g1 然后使用绘图）似乎改变了图形的外观。

我想通过 Rgraphviz 绘制图表，但我无法处理我设置的集群的设计属性。

SO和其他地方已经有类似的问题，但没有一个真正的最小工作示例，并且没有一个得到回答。所以我想尝试提出一个完整的问题以获得完整的答案。作为对该软件包的介绍，我阅读了Gentry、Gentleman 和 Huber的论文“How To Plot A Graph Using Rgraphviz”。

我的示例网络：

如果我想绘制它，我可以很容易地通过列表给它一些属性：

通过绘制它plot(g1)会得到以下结果：

现在我想定义两个集群/子图。这可以通过以下方式完成：

现在再次绘制图形，包括一个subGlist参数：

因此，显然，设置发生了变化，即使将集群分开一点会很方便，但结果还可以。

现在，如果我想定义特定于集群的样式或尝试将它们框起来，我就会遇到问题。根据上述介绍性论文的第 4 页，可以简单地将一个名为的元素添加attrs到subGlist.

据我了解，它应该以这种方式工作：

不幸的是，事实并非如此。如前所述，我想构建我的集群（类似于this SO post），但由于我什至无法处理集群的字体颜色，我认为我犯了一个更根本的错误。

我的完整代码：

我希望有人能帮帮忙！谢谢

我需要安装 Rgraphgviz 包，为此我找到了这段代码

看来我也需要安装 BiocManager 包。谁能帮我这个？还是有其他方法？

我将以下图形对象保存为文件（“Test.txt”），我想用 Rgraphviz 可视化这个图形：

neato 布局工作正常，并给了我预期的结果。但是，如果我使用点布局，则节点大小太大

但是，如果我使用这个 graphviz网站在点布局中绘制完全相同的图形，则节点大小很好。

有没有办法手动调整 Rgraphviz 中的节点大小？

我想使用带有 R 的 DiagrammeR 节点和边功能创建流程图，而不是使用 graphviz 包装函数。

但是，我不知道如何使边缘笔直以使其美观。

这是看起来像我想要的graphviz解决方案：

这是我尝试使用节点和边解决方案重新创建相同的图：

我已经在 DiagrammR 中成功使用了 grViz，并在 R 版本 3.6.3 上使用了 R markdown（bookdown）文件，这导致另一台 R 版本为 4.0.2 的计算机上出现错误。我已经“尝试了一切”，包括重新安装 TinyTex 并遵循https://yihui.org/tinytex/r/#debugging中的所有选项

该文件在两个 R 版本中都可以编译为 HTML，但 PDF 在 R 版本 4.0.2 中导致错误

经过 3 小时的测试和搜索，我认为有一个错误。为了测试，我制作了一个小版本的 Rmd（见下文）文件，它在 R 3.6.3 中编译为 PDF，但在 R 版本 4.0.2 中编译为 PDF，并带有警告：

我无法从错误日志 Untitled4.log 中找到任何丢失的 LaTeX 包。！LaTeX 错误：环境 grViz 未定义。

错误：LaTeX 无法编译 Untitled4.tex。调试技巧见 https://yihui.org/tinytex/r/#debugging。有关详细信息，请参阅 Untitled4.log。执行停止

R 版本 3.6.3 的会话信息显示在此链接的 PDF 末尾： https ://uwmadison.box.com/s/xkim3gujwemrqau6bur7f8ckl35i9s9f

这是 RMD 文件：RMD 文件也在此链接上：https ://uwmadison.box.com/s/4knl7y3f7yti8ibivfjex7qdv3ez8a11

编辑#1

我检查了.tex创建的文件。似乎在 R 4.0.2 下，该.tex文件包含未在 R 3.6.3 中创建的命令。例如，这里是 R 4.0.2 的结果：

因此创建了 a\begin{grViz}和 an \end{grViz}，但在 2 之间没有任何内容。

我修改了 YAML 以在 R 3.6.3 中运行以保留.tex文件

在生成的.tex文件中没有命令\begin{grViz}，\end{grViz}因此问题似乎与该方面有关。在 R 3.6.3 中，代码更简单，只包含在Untitled4_files/figure-latex/flowofinformation-1可能是 PDF 的子文件夹中创建的文件，并且该文件夹必须是临时的，因为我找不到它：

因此，新添加的\begin{grViz}和 an\end{grViz}似乎导致了这个问题，但我不知道它们来自哪里。在像这样的一个简单示例中，没有preamble.tex任何类型的用户定义文件...

编辑 2

我想我必须在 GitHub 上向 Yihui 寻求进一步的帮助，所以这里是fun::session_infoR 4.0.2。首先只是为了Tinytex，然后是为了所有人：

对于所有人：

为了创建一个像下面这样的哈斯图

一个是使用以下库

一个是从一个人的数据中抽取一个小样本

然后创建首选项

还有比图更好（BTG）

为了显示包含相关值的节点的标签，一个是创建标签如下

然而，当一个人用

一个人只能看到第一个标签，而不是两个。这是一个人看到的

我正在试验 bnlearn R 库及其 DAG。我也是 R 新手。

我在这里尝试了代码示例

但后来我得到了这张图！

bnlearn.com/examples/graphviz-plot/

它缺少箭头和圆圈...我该如何解决？

sessionInfo() 输出：

我一直在尝试找到一种方法来使用 DiagrammeR/GraphViz 在 R 中复制以下网络图格式，但没有成功（忽略 N1 上的黑色粗箭头）：https://i.stack.imgur.com/oHpQz。 PNG

该图是一个有向图，如果边值为正，则某个方向上的每条边都以箭头 (-->) 结尾，如果边值为负，则以圆/点 (--o) 结尾。在一对节点（例如 N1 -- A1）之间，可以有一条边 N1 --> A1 和一条边 A1 --o N1，这些需要集中起来，使两条边看起来像一条带一端为箭头，另一端为圆头（如：o--->）。这些不能是平行的，也不能在理想情况下看起来像两条边。

另一个要求是节点必须位于非常特定的位置，并且在边缘可能发生变化的整个模型模拟中始终保持在那里。根据我的尝试和我阅读的文档，这不可能以 DOT 格式执行，但可以使用 neoto 格式。

这是我遇到问题的地方。在neato 中，我可以通过定义节点的x、y 位置将节点精确地对齐到我想要的位置。但是，当我使用 concent = true 从两个平行的边缘创建 o---> 边缘时，只剩下一种类型的箭头。因此，应该看起来像 o---> 的边缘最终看起来像 ---> 或 o---。

这在 DOT 格式中不是问题，因为 concent = true 可以满足我的要求，但在 DOT 中我无法分配确切的节点位置。我尝试过使用节点等级来解决这个问题，但运气不佳。似乎将我想要的节点堆叠在同一等级内的不同等级中。同样，concentrate = true 似乎不适用于同一等级内的节点之间的边缘，因为它将它们作为两个单独的弯曲边缘 ---> 和 o--- 而不集中它们。

我需要这个工作的原因是因为我正在运行边缘发生变化的模型模拟，并且我需要生成数百个这样的图表。为了便于比较，节点需要保持在同一位置以保持一致性。

这是我使用neato格式所能想到的最接近的格式（节点以我想要的方式定位，但它没有显示正确的o--->所有黑色边缘减去自身边缘；红色边缘是真正的单向链接） : https://i.stack.imgur.com/YJBY7.jpg

如果只有边缘显示为正确的 o---> 格式，这将非常适合我的需要。如果您知道使用 DiagrammeR/GraphViz 甚至其他程序解决此问题的任何方法，我将不胜感激。谢谢！